Во внешнеполитической области министр финансов был сторонником мирных методов финансово-экономической экспансии, прежде всего на Дальнем Востоке. По существу впервые в истории отечественной внешней политики он предложил целостную программу проникновения и закрепления России в зоне Азиатско-Тихоокеанского региона (АТР), прозорливо отводя ему роль «Средиземного моря будущего», т.е. центра мировых торговых коммуникаций. Именно по его инициативе началось строительство Китайско-Восточной и Южно-Китайской железных дорог, Порт-Артура, Дальнего, активное проникновение в Манчжурию и Квантунский полуостров. Вместе с тем экспансию здесь Витте связывал в качестве обязательного условия с достижением договоренности с Японией о разграничении сфер влияния и категорически отрицал силовые методы, предлагаемые группой А. М. Безобразова. В конечном счете разногласия по этому вопросу с Николаем 11 предопределили его отставку с поста министра финансов в августе 1903 г., а затем и поражение России в войне с Японией в 1904–1905 гг.
Тем не менее С. Ю. Витте удалось заключить в Портсмуте мир на сравнительно благоприятных условиях, за что он высочайше был пожалован графским титулом. Вместе с князем А. Д. Оболенским и Н. И. Вуичем он написал знаменитый манифест «Об усовершенствовании государственного порядка» и по сути дела заставил царя подписать его 17 октября 1905 г. Этот шаг спас тогда страну от хаоса гражданской войны, а самодержавие от краха. Через два дня Витте назначается председателем только что созданного Совета Министров. В этом качестве он выступил организатором подавления революции, а для стабилизации внутреннего положения добился получения от Франции и ряда других европейских стран крупных займов. В конечном счете спад революционного движения предопределил устранение первого российского премьера. Он просто стал ненужен и 14 апреля 1906 г. подал прошение об отставке, которое сразу же было удовлетворено. 22 апреля специальным рескриптом император отметил заслуги нашего героя в искоренении «крамолы», наградил его одним из высших российских орденов — Александра Невского с бриллиантами и солидным денежным вознаграждением. Отставной сановник вплоть до своей смерти 28 февраля (13 марта нового стиля) 1915 г. оставался членом Государственного Совета и председателем его комитета финансов.