В 1904 г. из Петербурга Самокиш уезжает на фронт русско-японской войны, где он работает в качестве художника журнала «Нива». Лучшей работой из написанных в результате фронтовой поездки стала картина «Ляоян. 18 августа 1904 г.» Полотно, посвященное одному из наиболее ожесточенных боев русско-японской войны, в 1910 г. было помещено в военную галерею Зимнего дворца.
Другим результатом поездки на фронт стал альбом Самокиша «1904-1905. Война из дневника художника» – выдающееся явление в искусстве русского батального жанра начала XX века. Рисунки и акварели альбома – стали правдивым художественным документом исторических событий русско-японской войны, непревзойденный образец русской батальной графики своего времени. По разносторонности изображения действительности, мастерству ее художественного воплощения он является лучшим произведением Самокиша дореволюционного периода творчества.
1912 год был годом юбилейным для России. Отмечалось 100-летие Отечественной войны 1812 года. К этому юбилею Н.С. Самокиш создал серию рисунков пером для журнала «Нива» – целый ряд последовательных эпизодов освободительной борьбы русского народа, главнейших сражений и походов русской армии: от «Перехода через Неман 12 июня 1812 г.» до «Наполеон оставляет армию в Сморгони 3 ноября 1812 г.»
В годы Первой мировой войны, 13 апреля 1915 г., Н.С. Самокиш и художественный отряд из пяти учеников батального класса Академии художеств получил разрешение выехать на театр военных действий. Это был первый случай не только в истории русской Академии, но и в истории искусства вообще, чтобы студенты Батального класса во главе со своим профессором выехали на художественную практику непосредственно на фронт. Бригада работала сначала на Западном фронте, затем на Кавказском. Всего было сделано около 400 работ. А в 1916 г. состоялась выставка фронтовых работ в залах Академии художеств. Рисунки Самокиша были отданы в издания Д. Маковского «Великая война в образах и картинах» (1915) и «Русским героям Сербии и Черногории» (1915).
Н.С. Самокиш много преподавал. Уже в 1894 г. Общество поощрения художеств пригласило Самокиша на работу в Рисовальную школу, где он преподавал рисунок и живопись в течение 23 лет. В 1910 г. Н.С. Самокиш был приглашен преподавать в Академию художеств, и с 1911 по 1918 гг. он был ее профессором. В апреле 1918 г. Совнарком РСФСР опубликовал декрет об упразднении старой Академии. На ее базе создавались Государственные свободные художественные мастерские. Самокиш стал их профессором. Но вскоре выехал в Крым.
Н.С. Самокиш не эмигрировал, он остался в России и поселился на Украине. Советская власть отметила заслуги художника в развитии российского искусства, поздравив его сначала с 40-летием творческой деятельности, затем 50-летие. Ему было присвоено звание заслуженного деятеля искусств РСФСР, а в 1940 г. он был награжден орденом Трудового Красного Знамени.
Художник скончался в январе 1944 г., оставив после своей смерти огромное художественное наследие, среди которого огромную часть составляют графическое наследие и особое место занимают иллюстрации к стихотворению Л. Мея «Избавитель».
Если бы за всю творческую жизнь Н.С. Самокиш создал только иллюстрации к «Великокняжеской, царской и императорской охотой», то только за этот труд он остался бы в истории русского искусства и мировой книжной графики.