Первый период пребывания Вашингтона в должности проходил под знаком дискуссий о национальной экономической и финансовой программе, которую Гамильтон представил Конгрессу. Президент почти не вмешивался в законодательную работу, однако не допускал сомнения в том, что разделяет взгляды своего секретаря по финансам на финансовую независимость федерального правительства от штатов, на обеспечение государственных долгов и единую денежную систему. Ядром программы Гамильтона было создание национального банка, который должен был управлять государственными финансами и предоставлять инвестиционный капитал для экономического развития. Это дало повод для первых значительных разногласий по конституции, так как министр иностранных дел Джефферсон в своем заключении для Вашингтона оспаривал право Конгресса на создание банка. Гамильтон приводил аргументы в пользу того, что компетенции Конгресса не должны ограничиваться задачами, однозначно указанными в конституции. Более того, Конгресс мог бы опираться в вопросе о банке на оговорку конституции о необходимом и надлежащем, которая дает ему право на широкие, не явно выраженные компетенции во имя общего блага. Когда Вашингтон присоединился к такой "широкой интерпретации" конституции и в феврале 1791 года подписал закон о банках, успех пакету мероприятий Гамильтона был практически обеспечен. Финансовое наследие Войны за независимость было урегулировано, правда, односторонне, в пользу имущих, состоятельных кругов, что дало толчок для оппозиции республиканцев. Зато федеральное государство имело, благодаря пошлинам и налогам на ввоз, а также единой валюте в виде доллара, солидный фундамент, на котором, несмотря на бремя долгов, могло постоянно развиваться. Вашингтон поддерживал также желание Гамильтона стимулировать отечественные мануфактуры, чтобы сделать Соединенные Штаты экономически независимыми от Европы. В этом пункте они оба далеко опередили свое время, чтобы успешно противостоять аграрным интересам и интересам отдельных штатов.
Следующим большим достижением была декларация прав (Билль о правах), проведенная Мэдисоном через Конгресс и добавленная в 1791 году в форме первых десяти поправок к конституции. выполнение обещания, данного во время дебатов по ратификации, полностью соответствовало линии Вашингтона, направленной на то, чтобы парализовать критиков конституции и достигнуть широкого конституционного согласия. Снова и снова президент почти скрупулезно показывал свое собственное уважение к конституции, предполагая, что тем самым можно способствовать выработке конституционного сознания в государственном масштабе. На начальной фазе французской революции он надеялся на сдерживание и самообладание народа. Своему другу Лафайету, вручившему ему символическим жестом в подарок ключ от Бастилии, подробно разъяснял значение конституции для работоспособного правительства и для защиты от демагогов и господства черни.
Большую озабоченность вызывало у Вашингтона неясное отношение к индейцам, которые искали защиты от надвигающихся переселенцев на юго-западе у испанцев, а на северо-востоке у британцев. Президент неоднократно выступал за справедливое обращение с коренным населением, верил в его способность к ассимиляции и лично вел переговоры с вождями. Однако также говорил и об "искоренении", когда его представлениям об империи угрожали отдельные племена. Как главнокомандующий он чувствовал себя непосредственно ответственным за поражения, которые недостаточно вооруженные и плохо руководимые американские экспедиционные войска потерпели от индейцев в долине Огайо в 1790 и 1791 годах. Поэтому он почувствовал гордость и облегчение, когда генерал Энтони Уэйн несколько лет спустя победил союзные северо-восточные индейские племена на озере Эри, и Соединенные Штаты смогли осуществить свое притязание на суверенитет в регионе Огайо при заключении мира в Гринвилле в 1795 году.
В своих посланиях к Конгрессу Вашингтон был подчеркнуто оптимистичен и регулярно делал положительные выводы. В частной жизни он был менее уверенным, такому подавленному настроению способствовало обострение политического положения в Европе и, прежде всего, появление в конце первого срока пребывания на посту президента напряжения и трещин в собственном правительстве. Хотя Вашингтон до самоотречения старался сохранить мир в своем кабинете, он все менее мог преодолевать идеологические противоречия между Джефферсоном и Гамильтоном, накаленные событиями во Франции. Аграрно-уравнительно настроенный министр иностранных дел все больше укреплялся во мнении, что Гамильтон взял курс на аристократию или монархию и хочет использовать Вашингтона как вывеску. Джефферсон вдохновил Мэдисона начать борьбу против этих опасных тенденций в форме анонимных статей в газете. В свою очередь, Гамильтон обвинил противников в намерении создать в Соединенных Штатах "французские обстоятельства". Это опасение полностью разделял "не сильно загруженный" работой вице-президент Адаме. Одновременно все сильнее проявлялись секционные разногласия, потому что позицию Джефферсона разделяли многие жители южных штатов, в то время как Гамильтон и Адаме находили поддержку прежде всего в Нью- Йорке и Новой Англии. При таких обстоятельствах неудивительно, что Вашингтон иногда с трудом сохранял вошедшее в поговорку самообладание и серьезно сомневался, выдвигать ли еще раз свою кандидатуру на выборы. Опять потребовалось много уговоров друзей, чтобы переубедить его. Для самого Вашингтона, который чувствовал, как постепенно тают его силы, эта уступка означала действительную жертву, которую мог оправдать только грозящий развал союза. Его популярность не уменьшилась, и свидетельством тому служило единогласное утверждение его в должности членами выборной коллегии на рубеже 1792-93 годов.
В своей второй инаугурационной речи 4 марта 1793 года - несколько недель спустя после казни Людовика XVI - Вашингтон обещал содействовать тому, чтобы конституционная форма правления пустила корни "в девственной почве Америки". Весь срок пребывания в должности проходил под знаком войны в Европе, которая обостряла конфликты во внутреннем положении США. В вопросах внешней политики и дипломатии Вашингтон с самого начала отвоевал преимущество исполнительной власти перед законодательной и оставил за собой большое пространство для действий. Теперь требовались благоразумие и надежное руководство, потому что война заставила по-настоящему осознать американцев их щекотливое положение: торговля со странами Карибского моря и Европой будет зависеть от благополучия британского и французского флота. На границах, недостаточно обеспеченных войсками, наметились конфликты с испанцами в дельте Миссисипи и с британцами в долине Огайо. На этом фоне Вашингтон, не колеблясь, провозгласил 22 августа 1793 года нейтралитет Соединенных Штатов, хотя симпатии большинства его соотечественников были на стороне французской "сестры-республики". Одновременно он дал понять, что США признали французское революционное правительство и считают действительным американско-французский союз 1778 года. Сначала с этим согласились все министры, но в последующее время кабинет все больше распадался. В то время как Гамильтон ставил на британскую карту, Джефферсон склонялся к французам, посланник которых Жене решительно потребовал поддержки и через голову президента апеллировал к солидарности американцев. Только сам Вашингтон твердо и последовательно придерживался намеченного нейтралитета. В конце концов Джефферсон ушел в отставку с поста министра иностранных дел и начал вместе с Мэдисоном собирать оппозицию против тех сил, которые воспринимал как "монархическую", подчиненную Англии, партию.
Так как возрастающее число британских нарушений нейтралитета вызвало опасность войны с Англией, Вашингтон послал Джона Джея в мае 1794 года как посла по особо важным вопросам в Лондон - еще один прецедент, на который ссылались многие из его последователей. В то время как Джей вел переговоры в английской столице, президент столкнулся с тяжелым кризисом в собственной стране. На западе Пенсильвании и в некоторых соседних штатах фермеры отказались платить налог на виски, который Конгресс ввел как часть финансовой программы Гамильтона. Вашингтон не только опасался за с трудом завоеванный авторитет федерального правительства в налоговых вопросах, но и, казалось, уже видел сепаратистские устремления в западных областях. В отличие от Гамильтона, настаивающего на широкой демонстрации военной силы, президент исчерпал сначала все возможности на пути переговоров. Только когда крепкое ядро сопротивления было политически изолировано, Вашингтон вместе с Гамильтоном направился в .октябре 1794 года во главе 3-тысячного войска (по дороге оно увеличилось, благодаря присоединению милиции штатов, до 13 000 человек) из Филадельфии на запад. Ввиду такого военного набора так называемое восстание из-за виски закончилось прежде, чем дошло до настоящих боев. Предводители были приговорены к смерти, но позже помилованы и отпущены Вашингтоном. Это было сделано, чтобы смягчить внутренние политические вол нения, вызванные самим предприятием, а в большей степени последующим обоснованием Вашингтона перед Конгрессом: в своей речи от 19 ноября 1784 года президент объявил, что около 30 демократических обществ, возникших между тем по образцу якобинских клубов в США, являются ответственными за восстание и угрозу "неделимому союзу". Оппозиция, которая называла себя республиканской партией, поняла эту атаку как недопустимое вмешательство во внутреннюю политику и резко критиковала ее. Таким образом, концепция политически сбалансированного правительства Вашингтона потерпела практически крах, так как президент односторонне зависел теперь от поддержки федералистов и должен был учитывать этот факт при раздаче административных должностей. Таким образом, администрация все больше принимала характер федералистского партийного правительства, в котором доминируют политики северных штатов. Наиболее спорный сотрудник, Александер Гамильтон, подал в январе 1795 года в отставку, но это только усилило в Вашингтоне чувство одиночества.