Несколько месяцев спустя разгорелся спор вокруг договора с Англией, который Джон Джей выторговал в Лондоне. Чтобы сохранить мир, посол по особым вопросам во многих пунктах пошел навстречу британцам, например в определении контрабанды и в регулировании некоторых еще открытых вопросов договора 1783 года. Когда сенат после ратификации опубликовал договор Джея в июне 1795 года, разразилась буря негодования, которая могла бы смести менее сильного президента, чем Вашингтон, вместе с его правительством. Республиканцы обвинили правительство в подчинении британцам и измене французскому союзнику. Даже сам Вашингтон начал колебаться, но к середине августа добился подписания договора. Его недоверие, однако, уже зашло так далеко, что он начал подозревать министра иностранных дел Рэндольфа в тайном сговоре с французами. На самом же деле Рэндольф, ушедший сразу в отставку, стал жертвой интриг, которые не смог разглядеть и сам Вашингтон. Спор партий приобрел резкий тон, и личность самого президента все чаще становилась мишенью для враждебных нападок республиканских газетчиков, вплоть до обвинения, что Вашингтон регулярно превышает свое годовое жалованье в 25 000 долларов и обогащается за счет государства. В действительности же президент платил из этой суммы не только жалованье своему секретарю и всем служащим в доме, но и оплачивал все расходы на поездки и приемы. Вашингтон утешал себя мыслью, что такая клевета является ценой за "безграничные преимущества", которые несет в себе свободная пресса.
В феврале 1796 года дискуссия вокруг договора Джея вспыхнула еще раз, потому что республиканское большинство в палате представителей отказалось предоставить необходимые деньги на исполнение отдельных оговорок договора. Требование депутатов, чтобы президент огласил всю дипломатическую корреспонденцию, касающуюся договора, Вашингтон отклонил, ссылаясь на свои привилегии исполнительной власти и предварительное информирование сената. Из этого последующие президенты, кончая Ричардом Никсоном, вывели для себя далеко идущие права неразглашения тайны. В действительности же речь шла об исключении, так как отношение Вашингтона к Конгрессу характеризовалось откровенностью. В этом случае он принял пробу политических сил, потому что на карте стояло не менее чем постоянно используемая им конституционная привилегия президента определять направления внешней политики. Конфликт был смягчен, когда республиканский спикер палаты, немец по происхождению, Фредерик А. Муленберг, в решающем голосовании 28 апреля 1796 года при равенстве голосов отдал свой голос за предоставление денег. После того как договор окончательно вступил в силу, парижская Директория расторгла альянс 1778 года. Эта негативная реакция была, однако, предварительно уравновешена тем, что другой посол Вашингтона по особым делам Томас Пинкни заключил в октябре 1795 года выгодный договор с испанским правительством, обеспечивавший американцам свободное судоходство по Миссисипи и беспошлинный вывоз их товаров через Новый Орлеан.
Второй срок пребывания на посту был, главным образом, "управлением кризисами". Трезво рассчитанный, осторожный курс Вашингтона на нейтралитет сохранил американцам мир, укрепив позицию Соединенных Штатов на американском континенте и стимулировал экономический подъем. Страсть, с которой американцы следили за французской революцией, остыла, и в Конгрессе, как и прежде, тон задавали федералисты. Вашингтон заранее дал понять, что о третьем сроке не может быть и речи, хотя конституция не предусматривала каких-либо временных ограничений. С весны 1796 года он занимался своим прощальным обращением к американскому народу. Исходным пунктом служили сделанные еще в 1792 году к концу первого срока Мэдисоном, наброски текста, который Вашингтон переработал и актуализировал с помощью Гамильтона. Окончательное прощальное обращение, появившееся в газетах 19 сентября 1796 года, полностью соответствовало собственным убеждениям и ценностям Вашингтона. Его главным стремлением было предостережение от партий и партийного духа, которые, подстрекаемые иностранными державами, ставят под угрозу выживание нации. Чтобы отразить эту опасность, президент рекомендовал соблюдать основные принципы религии и морали как "великих столпов человеческого счастья". Учебные учреждения должны способствовать действительно просвещенному общественному мнению, а все взятые финансовые обязательства вознаграждаться, чтобы сохранять доверие к новой правительственной системе. Забота Вашингтона о национальном единстве и общественной гармонии была обоснованна; при оценке партийной сути, однако, президент умышленно упускал из виду, что сам управлял, в конечном счете, как "член партии". Здесь проявляется тайная позиция, которую Вашингтон разделял со многими современниками: он претендовал на служение общему благу, а этикетку "партия" оставлял для политических противников. На практике же первая американская двухпартийная система сложилась во время его правления. Тем не менее его прощальное обращение имело отклик: совет Вашингтона как можно больше торговать с Европой, не втягивая себя во внутри европейскую торговлю, заключать союзы только при необходимости и ни в коем случае на длительный срок, оставался до XX века основным направлением внешней политики всех американских правительств. (Предостережение от запутанных союзов, на которое часто ссылаются в этой связи, заимствовано из первой инаугурационной речи Томаса Джефферсона 1801 года.)
Вашингтон мало влиял на выборы своего преемника, однако с удовлетворением отметил, что вице-президент Адаме сумел противостоять Джефферсону, бывшему другу и доверенному лицу, ставшему вождем оппозиции. После восьми лет президентства Вашингтон с полным правом подвел положительные итоги. Конечно, далеко не все надежды осуществились. Например, президент постоянно призывал к созданию национального университета, но Конгресс не реагировал на это. Многим он был обязан и сотрудникам, в первую очередь Гамильтону. Его консультативный стиль руководства не скрывал того, что все важные решения, особенно во внешнеполитических вопросах, он принимал сам и что таланты его советников раскрывались только благодаря ему. Недостаток блеска он восполнял солидным, методичным стилем руководства, сознанием долга, предсказуемостью и надежностью. По своим качествам, способностям и духовным предпосылкам он был наиболее способен перебросить мостик от старой колониальной Америки через революцию к новому, конституционно-демократическому федеральному государству. Он персонифицировал власть правительства, ограниченную правом и законом, создал предпосылки для интеграции и экспансии континентальной американской республики и еще при жизни стал символом "национального характера", формированию которого придавал большое значение. Историческое величие он доказал не традиционным способом узурпирования или расширения власти, а ответственным, умеренным использованием демократически легитимной власти и созданием возможности для упорядоченной, мирной смены ее.
После прощания с Филадельфией в марте 1797 года Вашингтон продолжал жить и работать как первый экс-президент вместе со своей женой в Маунт Верноне. Он часто посещал город - или, лучше сказать, большую стройку, которая носила его имя. Когда летом следующего года США оказались под угрозой войны с Францией, заявил о своей готовности взять на себя командование и создание войска. Но кризис стих прежде, чем он вступил на пост. Его последнее публичное высказывание было направлено против резолюций Виргинии и Кентукки, предложенных Джефферсоном и Мэдисоном, которые давали право отдельным штатам аннулировать законы союза.
Вашингтон умер 14 декабря 1799 года в возрасте 67 лет от острого воспаления гортани, от которого при тогдашнем уровне медицины не было эффективных средств. На одной из многочисленных траурных церемоний, проходивших повсюду в Соединенных Штатах, его друг Генри Ли превозносил его как "первого в войне, первого в мирное время и первого в сердцах его соотечественников". Завещание президента предусматривало освобождение всех рабов, которые ему принадлежали, после смерти его жены. Вашингтон отвергал рабство как несовместимое с принципами Декларации независимости, а его быструю отмену считал практически неосуществимой. Этим распоряжением в завещании, которое Марта Вашингтон исполнила сама еще до того, как умерла в 1802 году, он смог, по крайней мере, облегчить свою совесть. Большинство же бывших рабов осталось на плантациях, так как законы южных штатов предоставляли афро-американцам мало возможностей целесообразно воспользоваться своей свободой.