Замечено, что гармония Малера сама по себе менее хроматична, менее «современна», чем, например, у Р.Штрауса. Квартовые последовательности на грани атональности, которые открывают Камерную симфонию Шёнберга, имеют аналог в малеровской Седьмой симфонии, однако подобные явления для Малера – исключение, а не правило. Его сочинения насыщены полифонией, все более усложняющейся в поздних опусах, и созвучия, образующиеся в результате сочетания полифонических линий, могут казаться часто случайными, не подчиняющимися законам гармонии. При этом малеровская ритмика в основном довольно проста, очевидное предпочтение отдается метру и ритму, типичным для марша и лендлера. Пристрастие композитора к сигналам труб, и вообще к военно-духовой музыке, легко объясняется детскими воспоминаниями о воинских парадах в его родной Йиглаве. По словам Малера, «процесс сочинения напоминает детскую игру, в которой из одних и тех же кубиков возводятся каждый раз новые постройки. Но сами эти кубики лежат в сознании с детства, ибо только оно есть время собирания и накопления».
Оркестровое письмо Малера вызывало особенно яростные споры. Он ввел в симфонический оркестр новые инструменты, такие, как гитара, мандолина, челеста, коровий колокольчик. Он применял традиционные инструменты в нехарактерных для них регистрах и достигал новых звуковых эффектов необычными сочетаниями оркестровых голосов. Фактура его музыки очень изменчива, и массивное тутти всего оркестра может внезапно сменяться одиноким голосом солирующего инструмента.
Хотя в течение 1930-х и 1940-х годов музыку композитора пропагандировали такие дирижеры, как Б.Вальтер, О.Клемперер и Д.Митропулос, настоящее открытие Малера началось только в 1960-х годах, когда полные циклы его симфоний были записаны Л.Бернстайном, Дж.Шолти, Р.Кубеликом и Б.Хайтинком. К 1970-м годам сочинения Малера прочно вошли в репертуар и стали исполняться во всем мире.