Больших успехов добился Ушаков в организации бдительного несения службы на судах и в приморских крепостях, для чего широко использовал петровские традиции - обмен условными сигналами при встрече кораблей в море и при подходах кораблей к крепостям. Много внимания уделял Ушаков организации разведки на театре и изучению противника.
Расцвет военно-морского искусства в России во второй половине XVIIIвека закономерно совпадал с расцветом в этот период всего русского военного искусства. С момента организации регулярной армии и флота при ПетреI развитие военного искусства шло параллельно с военно-морским, выражая собою рост регулярной вооруженной силы русского государства. В этой обстановке Ушаков показал правильное понимание значения флота для России и его места в системе вооруженных сил.
Это позволило Ушакову стать большим мастером организации взаимодействия флота с сухопутными войсками. Особое значение придавал Ушаков организации при флоте штатных формирований сухопутных войск (морской пехоты). Федор Федорович Ушаков посвятил флоту всю свою жизнь. Если благодаря Румянцеву и особенно Суворову русская армия не только сохранила славные боевые традиции, но и значительно приумножила их, то во флоте эта заслуга принадлежала Ушакову.
Ушаков не проиграл ни одного морского сражения, и главным фактором своих побед он считал прежде всего стойкость и мужество матросов эскадры. Сам Ушаков неустанно заботился о команде и часто в период перебоев снабжения эскадры тратил на питание и нужды команды свои личные средства. Гуманное отношение к матросу и продуманная система воспитания личного состава эскадр во многом роднили Ушакова с Суворовым. Ушаков, так же как и Суворов, высоко ценил моральные качества русских воинов.
Суворовские и ушаковские принципы воспитания и обучения личного состава армии и флота в тот период находили известную поддержку лишь среди наиболее дальновидных представителей высшей придворной знати, какими, например, являлись Румянцев и Потемкин. Они прекрасно понимали, что для борьбы с внешними врагами нужна сильная армия, которая не могла держаться только на одной палочной муштре. Потемкин и его единомышленники понимали, что уверенно вести личный состав в бой мог только авторитетный начальник. Таким начальником на флоте был Ф.Ф.Ушаков, имевший огромный авторитет и заслуживший безграничное доверие и преданность личного состава эскадр.
Характеристика флотоводческой деятельности адмирала Ушакова будет неполной, если не упомянуть о его дипломатических способностях и политическом кругозоре, которые он с особой силой проявил в период 1798-1800гг.
Деятельность Ушакова на Средиземном море сильно осложнялась враждебным отношением к нему со стороны командующего "союзной" английской эскадры адмирала Нельсона. Последний стремился отвлечь русских от Мальты и от Адриатического моря и направить русскую эскадру к Леванту, чтобы тем самым обеспечить себе свободу действий против Мальты и помешать русским укрепиться на Ионическом архипелаге. Нельсон рассчитывал таким образом высвободить английские силы, действовавшие у Леванта, и направить их на усиление более важного для Англии в этот период мальтийского направления. Нельсон пытался использовать для этого любые бесчестные способы. С одной стороны, он льстил императору ПавлуI, как "гроссмейстеру мальтийского ордена", посылал ему почетные рапорты и подарки. С другой стороны, он постоянно требовал от командиров своих кораблей ни в коем случае не допускать водружения русского флага на Мальте, старался вызвать недоверие к русским со стороны турецкого адмирала, действовавшего вместе с Ушаковым.
Ушаков не поддался на хитрые уловки английского адмирала, он смело и честно выражал ему свое несогласие и вел твердую и последовательную линию, направленную на защиту интересов России в Средиземном море.
Флотоводческое искусство Ушакова могло бы получить еще большее развитие, если бы не многочисленные интриги со стороны отдельных чиновников и бездушных представителей бюрократического самодержавного режима.
По возвращении на родину Ушаков не получил со стороны царя и правительства настоящего признания. В начале 1802г. он был назначен командующим Балтийским галерным флотом, что по существу означало отстранение знаменитого флотоводца от боевых дел, так как значение галерного флота в тот период становилось второстепенным. В 1807г. Ушаков был вовсе уволен в отставку, а спустя десять лет, 4октября 1817г. умер в своей усадьбе в Темниковском уезде Тамбовской губернии.
Но Ушакова не забыли русский народ и русский флот. Его тактическое мастерство нашло дальнейшее развитие в боевой деятельности ближайшего ученика и соратника Ушакова - адмирала Дмитрия Николаевича Сенявина - и через него сделалось достоянием "Лазаревской школы" и прославленных русских адмиралов более позднего периода развития русского флота.
Память о флотоводце бережно хранит российский народ. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 3марта 1944г. были учреждены орден и медаль Ушакова, которыми награждены многие офицеры и матросы советского Военно-Морского Флота, отличившиеся в годы Великой Отечественной войны в боях против немецко-фашистских захватчиков.