По мере назревания событий на Дальнем Востоке Макаров не мог довольствоваться административной деятельностью в качестве генерал-губернатора Кронштадта и командира Кронштадтского порта. Он считал, что его место там, на Востоке. "Меня пошлют туда, когда дела наши станут совсем плохи, а наше положение там незавидное", - говорил он с горечью.
Как патриот своей родины и глубоко принципиальный человек, он все же решил перед самой войной обратиться в морское министерство с письмом, в котором писал: "Из разговоров с людьми, вернувшимися недавно с Дальнего Востока, я понял, что флот предполагают держать не во внутреннем бассейне Порт-Артура, а на наружном рейде... Пребывание судов на открытом рейде дает неприятелю возможность производить ночные атаки. Никакая бдительность не может воспрепятствовать энергичному неприятелю в ночное время обрушиться на флот с большим числом миноносцев и даже паровых катеров. Результат такой атаки будет для нас очень тяжел, ибо сетевое заграждение не прикрывает всего борта, и кроме того у многих наших судов совсем нет сетей... Японцы не пропустят такого бесподобного случая нанести нам вред... Если мы не поставим теперь же во внутренний бассейн флота, то мы принуждены будем это сделать после первой ночной атаки, заплатив дорого за ошибку".
Письмо Макарова было доложено "вверх по начальству", однако ответ был следующий: "Макаров известный алармист - никакой войны не будет". Но не успели высохнуть чернила этой резолюции, как японцы неожиданно и вероломно напали на нашу страну, атаковали эскадру, стоявшую на внешнем рейде Порт-Артура, и вывели из строя два броненосца и крейсер.
Положение Тихоокеанского флота сразу же стало тяжелым, и Макарова действительно послали на Дальний Восток. 1февраля 1904г. он был назначен командующим Тихоокеанским флотом, в тот же день добился экстренного совещания в морском министерстве для решения ряда поставленных им вопросов и уже 4февраля отправился в Порт-Артур.
Казалось бы, Главный морской штаб должен был прежде всего ознакомить нового командующего флотом с планом военных действий на море, однако такого плана вообще не оказалось. План военных действий на море на случай войны с Японией впервые был разработан в марте 1901г. в штабе начальника эскадры Тихого океана, в дальнейшем он подвергся изменениям и был утвержден в штабе главнокомандующего армиями и флотом на Дальнем Востоке без какого-либо влияния на его содержание со стороны Главного морского штаба. Больше того, в 1896, 1900 и 1902гг. в Морской академии проводились стратегические игры на тему войны с Японией, но ни на одну из них Макаров не был приглашен, хотя в это время он находился в Кронштадте. Выводы по этим играм не были известны ни ему, ни офицерам, назначенным в состав его штаба. Не было также разработанного единого плана действий сухопутных армий и флота.
Вице-адмирал Макаров учитывал это. Он знал, что флот с первых дней войны уже сильно ослаблен. Свою творческую и организационную работу, направленную на решение задач, вставших перед ним, он начал еще в пути. Все сопровождающие вице-адмирала офицеры его штаба получили задания, обязанности между ними были четко распределены. В телеграммах и донесениях он поставил перед морским министерством ряд неотложных вопросов, относившихся к усилению русского флота в Порт-Артуре. Макаров еще в пути намечал планы боевых действий, составлял инструкции и собирал необходимые сведения.
Однако уже на первом этапе своей деятельности, не получая должной помощи в решении поставленных вопросов, он вошел в конфликт со своим начальством. Макаров требовал срочной посылки в Порт-Артур миноносцев с Балтики, настаивал на их отправке по железной дороге в разобранном виде, но в этом "по техническим причинам" ему было отказано. Макаров продолжал настаивать, но ему вновь отказывали. Затем он просил заказать и срочно доставить на Дальний Восток 40малых миноносок по 20т, но решение и этого вопроса так затянулось, что миноноски были готовы лишь после войны. Наконец, Макаров дважды просил, чтобы отряд кораблей, вышедший из Балтики на Дальний Восток еще до начала войны в составе броненосца, двух крейсеров и семи миноносцев, не возвращался обратно, а шел на усиление флота в Порт-Артур. Эта просьба командующего флотом также не была удовлетворена.
24 февраля Макаров прибыл в Порт-Артур. Имя вице-адмирала Макарова было настолько хорошо известно во флоте, что уже самый факт его прибытия давал личному составу надежду на то, что флот окрепнет и перейдет к активным действиям. Обстановка в Порт-Артуре к моменту прибытия туда Макарова, была крайне тяжелая. Некоторые корабли оказались уже выведенными из строя. Местное командование от первых неудач явно растерялось. Учитывая это, Макаров в первые же дни посетил все корабли, беседовал с офицерами, матросами и портовыми рабочими, всячески стараясь вселить в них бодрость духа и веру и силу своего оружия и флота.
Верный принципу активных действий, Макаров уже через день по прибытии в Порт-Артур выслал в море на разведку два миноносца, выход которых закончился встречей с японскими миноносцами и гибелью миноносца "Стерегущий". Узнав о тяжелом положении миноносца, Макаров немедленно перешел на быстроходный крейсер "Новик" и вместе с крейсером "Баян" направился на выручку "Стерегущего" и заставил японцев отступить. Смелый выход командующего флотом на слабо бронированном легком крейсере для выручки погибавшего корабля произвел исключительно сильное впечатление на весь личный состав.
Готовясь к предстоящим боям с японским флотом, Макаров решил выйти в море всей эскадрой, с тем чтобы использовать выход для отработки маневрирования эскадры, осмотреть ближайший к крепости район и в случае встречи с противником вступить в бой. При этом он лично разработал инструкцию для одновременного выхода эскадры из гавани во время прилива, чего раньше никогда не делалось. Этот выход способствовал сколачиванию эскадры и поднятию боевого духа ее личного состава.
При каждом случае появления противника в районе Порт-Артура Макаров немедленно выходил со своей эскадрой в море, чего раньше не делалось. Миноносцы днем и ночью регулярно высылались в разведку. На подходах к базе была организована дозорная служба; проведены специальные мероприятия по защите рейда от прорыва миноносцев противника в районах, посещаемых японской эскадрой; были выставлены минные заграждения; корабли проводили практические стрельбы; было организовано систематическое траление фарватеров и рейдов перед выходом эскадры. Большой заслугой Макарова явилась организация перекидной стрельбы с внутреннего рейда через мыс Ляотешань по японским кораблям при их приближении к крепости, а также установка дополнительных береговых батарей при входе в гавань. Все эти весьма важные мероприятия проводились под личным руководством вице-адмирала Макарова. Он сам разработал таблицу однофлажных боевых сигналов, инструкцию для действий миноносцев в разведке и. в атаке, инструкцию для боя эскадры, инструкцию по управлению огнем в бою на ходу.
Проведенные мероприятия сразу же дали эффект. Так, уже в начале марта японская эскадра, подошедшая к Порт-Артуру для очередной его бомбардировки, была встречена метким огнем русских кораблей из гавани, а после выхода эскадры японцы вынуждены были отойти.
Во всей боевой деятельности, в руководстве личным составом, в доверии, которое Макаров завоевал в первые же дни, он находил полное удовлетворение. Иное положение создалось в отношениях Макарова с высшим командованием: эти отношения продолжали оставаться до последних дней ненормальными. В официальной истории русско-японской войны сказано: "нельзя обойти молчанием тех затруднений, с которыми пришлось бороться командующему флотом в отстаивании тех мер, которые он находил нужными для пользы дела и службы. Твердость адмирала Макарова и этой борьбе доходила до того, что он даже ставил не раз вопрос об оставлении им должности командующего флотом".
Первый, довольно крупный конфликт с морским министерством возник из-за отказа в просьбе Макарова как можно скорее издать и выслать в Порт-Артур его книгу "Рассуждения по вопросам морской тактики". На неоднократные просьбы Макарова об издании его книги он получил отказ от морского министерства. Так как в те времена никакого боевого устава или учебника по тактике не было, труд Макарова, безусловно, был на флоте необходим. В самые горячие боевые дни эскадры, 18марта Макаров послал телеграмму, в которой писал: "Просил бы теперь же напечатать мою книгу "Рассуждения по вопросам морской тактики". Книга нужна теперь, а не в будущем году; не допускаю мысли, что министерство не может теперь же найти 500р., и отказ в напечатании понимаю, как неодобрение моих взглядов на ведение войны, а посему, если моя книга не может быть напечатана теперь, то прошу заменить меня другим адмиралом, который пользуется доверием высшего начальства".