Появление малых винтовых кораблей, предназначенных для береговой обороны, предоставляло широкие возможности для их использования в шхерном районе. Г.И.Бутаков ясно представлял, что шхерная полоса вдоль северного берега Финского залива будет являться очень важным звеном в обороне подступов в Кронштадту и Петербургу при условии взаимодействия подвижных отрядов канонерских лодок с системой островных и береговых укрепленных пунктов. Определив значение шхерного района для обороны, он практически доказал возможность перехода по шхерным фарватерам не только кораблей с малой осадкой, но и линейных кораблей.
Вопросу освоения шхер Бутаков уделял внимание на протяжении всей своей деятельности на Балтике. К началу 1861г. он собрал в Гельсингфорсе 40канонерских лодок своей флотилии, которые могли хорошо совершать циркуляции и совместные движения. Перед флотилией Бутаков поставил важную, хотя и трудную задачу: тщательнейшим образом изучить все финские шхеры, так как именно там в случае войны могли развернуться боевые действия.
Г.И.Бутаков неустанно воспитывал экипажи своих кораблей, обучая моряков искусству совместного маневрирования, развивая в них отвагу и самостоятельность.
Большую роль в успехах бутаковской флотилии сыграли его замечательные приказы. В них Бутаков побуждал своих офицеров к смелому управлению канонерскими лодками. Он советовал лучше рисковать, чем быть чрезмерно осторожным.
"...В военное время, - писал Бутаков, - риск есть необходимость; прибавлю, что в мирное время нужно выучиться рисковать, чтобы в военное время уметь рисковать, т.е. получить уверенность и крепость нервов". В одном из приказов он отмечал: "...Я никогда никому не сделал замечания за разные неизбежные повреждения, сделанные кем-либо себе или адмиральскому пароходу от бойкого управления, и даже, напротив, постоянно благодарил за это... я всегда был рад видеть смелое управление судном...".
Бутаков учил вовсе не слепой, безрассудной отваге, а именно смелости, соединенной с самообладанием, четким глазомером, научным мышлением и ориентировкой.
В 1863г. вышел в свет капитальный труд Г.И.Бутакова "Новые основания пароходной тактики", вызвавший большой интерес в России и за границей. За этот труд Академия наук присудила Бутакову Демидовскую премию. Председатель Морского ученого . комитета контр-адмирал Зеленый в своем отзыве писал, что правила этой "Тактики", испытанные па практике, "совершенно новы... и доставляют возможность выполнить всякое перестроение правильно, скоро, без замешательства, с математической точностью. Таких определительных правил для маневра каждого парового судна еще не было...". Работой Бутакова заинтересовались за границей, и она была переведена на французский, английский, итальянский и испанский языки.
28 октября 1866г. Г.И.Бутаков был произведен в вице-адмиралы. К этому времени он пользовался уже мировой славой всеми признанного ученого, опытного флотоводца, моряка с безупречной репутацией. 6февраля 1867г. он был назначен начальником Балтийской эскадры броненосных судов.
Всю свою неутомимую энергию он направил на совершенствование боевой подготовки. Г.И.Бутаков уделял самое серьезное внимание вопросам артиллерийской подготовки эскадры. Следует отметить, что формы артиллерийского боя парусного периода были изжиты. В области артиллерии новый период характеризовался заменой гладкоствольных пушек нарезными орудиями, сравнительно малых калибров палубных орудий - крупными калибрами, до 12дюймов включительно. Разнообразие типов и систем артиллерийского вооружения осложняло боевую подготовку. Появление брони ставило перед артиллерией совершенно новые задачи. Необходимо было выработать новые формы артиллерийского боя. Система артиллерийской подготовки на эскадре Бутакова строилась по строго разработанному плану, начиная со стрельб одиночного корабля по неподвижному щиту, затем по буксируемому и, наконец, стрельба на ходу по движущейся цели. Большое внимание уделялось дальномерному делу. Бутаков требовал, чтобы помимо пользования имеющимися дальномерными приборами во всех случаях выходов в море велось беспрерывное определение расстояний специально выделенными офицерами, сигнальщиками, матросами. Для передачи расстояний до цели на кораблях эскадры Бутакова были установлены циферблаты с передвигаемыми стрелками. Из других нововведений следует отметать широко внедренное в практику артиллерийской подготовки применение так называемых "учебных стволов": для начального обучения артиллерийского расчета стрельбе в канал орудия вставлялся ствол винтовки. Благодаря этому достигалась экономия снарядов.
Придавая огромное значение выработке в подчиненных боевой стойкости, Бутаков все обучение стремился проводить в условиях, близких к боевым. В первый же год своего командования адмирал стал приучать офицеров и матросов к четкой и бесстрашной работе под свистом летящих над ними ядер, т.е. в обстановке, напоминающей боевую. "Чтобы команды наши заблаговременно приучались слышать свист ядер, - писал он в одном из первых приказов по эскадре, - предлагаю посылать по очереди на один час по гребному судну с офицером на каждый из двух буйков, поставленных по обе стороны ближайшего к эскадре щита...".
Риск, отвага, дерзание - все эти отличительные качества смелого моряка Бутаков старался воспитать в людях своей броненосной эскадры. Особенно стремился он обучить командиров кораблей своей эскадры практике маневрирования. Григорий Иванович был решительно против чрезмерного молодечества, вредного ухарства, но в то же время он поощрял соперничество в "обрезании кормы вплотную", так как этим несомненно выявлялось самообладание и мастерство правящего кораблем.
Слепой отваге Бутаков предпочитал самообладание и находчивость в трудной и сложной обстановке. Эти качества он с величайшей похвалой отмечал в каждом - будь то офицер или матрос. Так было, например, во время артиллерийского учения, когда два молодых неопытных матроса остались у щита по приказу офицера, не подозревая, что сейчас начнется стрельба (их "забыли предупредить"). В момент обстрела, угрожавшего их жизни, они сразу нашлись, схватили топоры и стали рубить дректовы (т.е. концы "дрека" - маленького якоря, на котором держался щит). Как только один канат был отрублен, щит сразу повернуло по ветру, и вот это-то непонятное обстоятельство заставило артиллеристов броненосца почуять что-то неладное и прервать стрельбу. Благодаря находчивости этих матросов, жизнь их была спасена. "Они выдержали отлично экзамен в наилучшей академии, - заявил Бутаков, отметив подвиг матросов особым приказом. Он приказал выдать им денежный подарок "не за то, что по ним стреляли - это для них хорошая школа, - но в отличие за то, что они не потерялись посреди свиста ядер, направленных прямо на них...". Был также награжден сигнальщик, первым заметивший матросов у щита.
Большое значение придавал Бутаков шлюпочным гонкам под парусами и без парусов. Соревнования молодых моряков в гонках, по его словам, - вовсе не простое развлечение, не пережиток былого увлечения времен парусного флота: "Нет, это едва ли не лучший из находящихся в наших руках способов, - говорил он, - чтоб молодым людям узнать себя, начать закаливать свои нервы, изощрять свой глазомер и готовить себя ко всем непредвиденным случайностям нашей службы... Состязание шлюпок, вместе с тем, прекрасное средство нам всем узнавать, кто из нас из какого металла".
Для поощрения состязающихся Бутаков добился ежегодного ассигнования 1500р. на покупку призов, сочинил и издал "Правила для шлюпочных гонок". Особенно интересны были введенные им гонки парусных шлюпок без пользования рулем. Он неустанно придумывал множество вариаций шлюпочного соревнования, например, гонки вокруг фрегата или в шхерах вокруг острова и т.д.
По окончании каждой гонки Бутаков отдавал приказы, в которых разбирал ошибки в управлении и поощрял особенно отличившихся. Однажды он даже велел салютовать шестью орудийными залпами шестерке мичмана Федотова за то, что она отлично управлялась при "гонке без рулей".
Так Бутаков в мирное время закалял своих подчиненных в суровой обстановке, по возможности более близкой к боевым условиям. Он неустанно внушал им, что главная и конечная цель их занятий - это подготовка к возможной войне, к тому "решающему, получасу" начала войны, когда сразу выявляется качество и ценность подготовки, полученной в мирное время. Именно эта мысль и выражена в любимом девизе лучшего из учеников и последователей Г.И.Бутакова адмирала С.О.Макарова: "Помни войну".
В проявлениях смелости, находчивости, инициативы, в способности не растеряться в трудную минуту Г.И.Бутаков видел залог боевого успеха.
Однажды броненосная батарея "Первенец" потерпела аварию, пробив о камень подводную часть борта. Командир дал полный ход и приткнулся к илистой отмели, после чего был заведен пластырь, и "Первенец" смог присоединиться к эскадре. Бутаков не только не сделал выговор командиру Копытову, но даже похвалил его в приказе за находчивость: "Попасться в беду всегда легко, а в нашей службе в особенности. Выпутаться же из беды трудно, если не сохранить над собою полную власть в тяжелых обстоятельствах. Хладнокровный расчет, с которым капитан 2ранга Копытов поставил батарею "Первенец" в ил, чтобы посредством его заткнуть пробоину, пропускавшую струю воды в квадратный фут величиною, заслуживает справедливую похвалу в глазах всей эскадры". Далее Бутаков отмечает, что он особенно доволен тем духом, "который направил "Первенец" не в Кронштадт, а к эскадре для продолжения плавания. В военное время это значило бы получить подкрепление, вместо ослабления наших сил. Этим можно гордиться".