В 1988 году Алексей Рыбников основал Производственно-творческое объединение "Современная опера" при Союзе композиторов СССР. Этот театр, разместившийся в маленьком, отремонтированном им за свой счет подвале на Арбате, стал для композитора творческой мастерской. У москвичей появился новый театр с залом на 40 мест, с лабораторией светоэффектов, с уникальной компьютерной световой системой.
В 1992 году на сцене театра состоялась премьера музыкальной мистерии А. Рыбникова "Литургия оглашенных", которая затем в течение двух сезонов была сыграна здесь 70 раз. "В "Литургии оглашенных" весь смысл - в словах, - считает композитор. - Это подведение итога развития человеческого интеллекта, выраженного в поэтической форме." Композитор сам составлял либретто из текстов, созданных за последние три тысячи лет: от шумерской клинописи до Маяковского.
В конце 1994 - начале 1995 года с большим успехом прошли гастроли театра "Современная опера" в США. Спектакль "Литургия оглашенных" получил восторженные отклики публики. Вице-президент "Юниверсал Пикчерз" Н. Райс отметил, что "эта блестящая музыкальная драма - без сомнения, художественное достижение высочайшего уровня, уникальное в своем мастерском соединении музыки, либретто и театральных эффектов".
В 1996 году спектакль был представлен в "Зрелищно-звуковом пространстве Алексея Рыбникова" - специально созданном по проекту автора театре на 500 мест. По телевидению многих стран мира был показан документальный сериал, снятый британской телекомпанией "Сентрал телевижн" "Алло, вы нас слышите?" (известный в российском прокате как "Мы" Юриса Подниекса). Фильм был удостоен многих международных наград, в том числе Золотой пальмовой ветви в Венеции.
В 1999 году Постановлением Правительства Москвы при Комитете по культуре Москвы был создан Театр Алексея Рыбникова.
Помимо работы в театре, А. Рыбников продолжает активно создавать инструментальные сочинения. В 1998 году в рамках программы ЮНЕСКО "Музыка, сближающая народы" он создает балет "Вечные танцы любви". В конце 1999 года запись балета осуществил в лондонской студии Большой симфонический оркестр имени Чайковского под руководством В. Федосеева. Премьера полной партитуры балета планируется на фестивале в Бергене (Норвегия) с международным составом исполнителей. Сюжет балета придуман самим Рыбниковым: молодая влюбленная пара, живущая в третьем тысячелетии, путешествует во времени, попадая то в прошлое, то в еще более отдаленное будущее.
В 2000 году в Государственном Доме радиовещания и звукозаписи состоялся премьерный показ сцен из новой музыкальной драмы А. Рыбникова "Маэстро Массимо" ("Оперный дом"). В основе сюжета спектакля - судьба талантливого русского композитора XVIII века Максима Березовского, который долгое время жил и учился в Италии, а вернувшись в Россию, не был принят русским обществом, ориентированным на итальянскую культуру. Партитура оперы сложилась как синтез различных стилистических пластов: от чистой стилизации музыки XVIII века в духе Моцарта до современных звучаний. В ней много прекрасных мелодий, наделенных столь характерным для Рыбникова романтическим мироощущением. В настоящее время над постановкой этого произведения работает главный режиссер Московского театра Ленком М.А. Захаров.
В 2001 году по приглашению международной корпорации "Лексмарк" и Музыкального фонда Норвегии Алексей Рыбников восстановил утраченную партитуру балета "Сны Бальдра" норвежского композитора Г. Твайта по мотивам скандинавского эпоса. Премьера состоится в мае 2002 года на фестивале в Бергене (Норвегия).
В том же году состоялась премьера телевизионного фильма "Дети из бездны" режиссера Павла Чухрая (продюсер Стивен Спилберг), музыку для которого написал Алексей Рыбников. Фильм посвящен судьбе еврейских детей на территории Советского Союза во время Второй мировой войны.
Зрители телеканала "Культура" знают программу Алексея Рыбникова в рамках конкурса "Открытие таланта". Этот конкурс среди авторов-непрофессионалов проводился в самых различных областях: изобразительном искусстве, литературе, моделировании одежды, дизайне. Композитор готовит фильм по материалам конкурса, на который пришло более 15 тысяч писем.
Алексей Львович Рыбников - Народный артист России (2000), Заслуженный деятель искусств Российской Федерации (1989), лауреат международных и общественных премий. В 1992 году был награжден орденом Орла I степени за деятельность общенародного значения. В 1993 году стал обладателем приза кинозрителей за лучшую музыку года к кинофильму "Звезда и смерть Хоакина Мурьеты". С 1969 года - член Союза композиторов, с 1979 - Союза кинематографистов. А.Л. Рыбников - член Совета при Президенте России по культуре и искусству и Комитета по премиям Правительства Москвы.
Помимо основного увлечения в жизни - музыки, у Алексея Рыбникова есть еще одна страсть - путешествия.