Знаменательное событие в жизни Андрея Александровича - совместная работа и многолетнее общение с Андреем Михайловичем Лобановым, которого он всегда считал своим главным и любимым учителем. О работе с ним Гончаров мечтал давно, и вскоре эта мечта осуществилась. В 1947 году художественный руководитель Театра имени Ермоловой А.М. Лобанов пригласил его в свой театр сначала на постановку, а в 1949 году зачислил и в штат.
Первым спектаклем Гончарова в Ермоловском стала пьеса Тирсо де Молины "Благочестивая Марта" (1949). Затем Гончаров поставил еще один спектакль - пьесу А.Арбузова "Европейская хроника" (1953), но после увольнения из театра А.М. Лобанова, в знак протеста покинул театр и он.
Демонстративный уход Гончаров из Театра имени Ермоловой закрыл перед ним двери многих московских театров. В это время он получил приглашение Пырьева попробовать свои силы в кино. Однако вскоре понял, что режиссура театра и режиссура кино - две совершенно разные профессии. Параллельно ему было поручено художественное руководство Театром-студией киноактера, на сцене которого Андрей Александрович поставил пьесу А.Н. Островского "Дикарка" с участием многих известных актеров: Т. Макаровой, Н. Мордюковой, С. Мартинсона и других.
После окончания так и не сложившейся кинокарьеры наступил период "безвременья". Гончарову, не нашедшему работы в Москве, пришлось уехать в Алма-Ату, где он приступил к работе над постановкой Фестиваля казахской национальной культуры. Однако вскоре в Москве на Спартаковской улице был открыт новый театр - Московский драматический, и в 1957 году Андрей Александрович получает приглашение стать его художественным руководителем и главным режиссером.
В этом театре Гончаров проработал восемь лет и на протяжении всего этого срока был предоставлен сам себе, в полной мере ощутив творческую свободу. Именно здесь, по его мнению, он и сформировался как режиссер. Им были поставлены спектакли "Вид с моста" А. Миллера (1959), "Закон зимовки" Б. Горбатова (1960), "Волнолом" Ю. Эдлиса (1961), "Третья голова" М. Эме (1961), а после переезда в новое помещение на Малой Бронной, давшее театру его нынешнее название, - "Аргонавты" Ю. Эдлиса (1962), "Мятеж неизвестных" Г. Боровика (1963), "Жив человек" В. Максимова (1964), "Визит дамы" Ф. Дюрренматта (1965), "Физики и лирики" Я. Волчека (1965).
После ухода из Театра на Малой Бронной Гончаров осуществил постановку спектакля "Бег" М. Булгакова (1967) в Театре имени Ермоловой. Впоследствии Андрей Александрович еще не раз возвращался к булгаковскому "Бегу", ставя его на сценах Словенского национального театра драмы в Любляне в 1976 году и Национального театра имени И. Вазова в Софии в 1977 году и в 1978 году на сцене Театра имени Маяковского.
Московский театр имени Владимира Маяковского Гончаров возглавил в 1967 году. В этом театре прошла большая половина его творческой деятельности. Этим театром Андрей Александрович руководил до своей кончины.
Гончаров принимал театр после смерти главного режиссера, выдающегося мастера Николая Павловича Охлопкова. Театр находился в плачевном состоянии, репертуарный портфель был пуст, зрительный зал зачастую пустовал. Репетировалась только пьеса "Звонок в пустую квартиру" Д. Угрюмова, а на сцене шел лишь один "живой", по словам Гончарова, спектакль - "Смерть Тарелкина" А.В. Сухово-Кобылина.
В новых постановках Гончарова в полную силу проявились его характерные творческие черты - яркая, энергичная режиссура, стремление к обострению конфликтов, выявлению скрытых пружин драматического действия. Он поставил спектакли, ставшие замечательным явлением театральной жизни: "Два товарища" В. Войновича (1968), "Дети Ванюшина" С. Найденова (1969), "Конец книги шестой" Е. Брошкевича (1969), "Мария" А. Салынского (1970), "Трамвай "Желание" Т. Уильямса (1970), "Банкрот, или свои люди - сочтемся" (1974), "Венсеремос!" Г.Боровика (1976), "Леди Макбет Мценского уезда" Н. Лескова (1979), "Молва" А. Салынского (1982). При всей несхожести эти спектакли отличала масштабность замысла, острая современная мысль, публицистический темперамент, высокая постановочная культура. И главное и наиболее характерное для режиссуры Гончарова - обостренное внимание к духовному началу в человеке, стремление раскрыть характер через действие, поступок.
Сверхзадачу возглавляемого театра Гончаров формулировал как желание говорить со зрительным залом о том, что его глубоко волнует сейчас, сегодня, и говорить так, чтобы вселить веру в высокое призвание человека.
Гончаров сумел не только значительно обновить и расширить репертуар театра, но и по-новому раскрыть творческий потенциал актеров старой, охлопковской школы. Он пригласил многих молодых актеров, привлек к сотрудничеству талантливых драматургов, режиссеров, художников. В театре сложился замечательный актерский коллектив: Г. Анисимова, Е. Байковский, Э. Виторган, Н. Волков, Н. Гундарева, Т. Карпова, И. Кашинцев, И. Костолевский, А. Лазарев, А. Лобоцкий, С. Немоляева, И. Охлупин, О. Прокофьева, Е. Симонова, Н. Тер-Осипьян, А. Фатюшин, М. Филиппов, О. Яковлева...
Помимо упомянутых, в Московском театре имени Владимира Маяковского А.А. Гончаров осуществил следующие постановки: "Три минуты Мартина Гроу" Г. Боровика (1971), "Человек из Ламанчи" Ф. Вассермана и Д. Дэриона (1972), "Дума о Британке" Ю. Яновского (1972), "Характеры" В. Шукшина (1973), "Неопубликованный репортаж" Р. Ибрагимбекова (1974), "Беседы с Сократом" Э. Радзинского (1975), "Старомодная комедия" А. Арбузова (1975), "Проводы" И. Дворецкого (1975), "Долгожданный" А. Салынского (1976), "Да здравствует королева, виват!" Р. Болта (1977), "КПД одержимости!" Я. Волчека (1977), "Возвращение неизвестных" ("Борцы") С. Караса (1979), "Аморальная история" Э. Брагинского и Э. Рязанова (1980), "Жизнь Клима Самгина" М. Горького (1981), "Колокола Хатыни" В. Быкова (1981), "Диалоги" А. Володина (1981), "Кошка на раскаленной крыше" Т. Уильямса (1981), "Агент 00" Г. Боровика (1984), "Островитянин" А. Яковлева (1984), "Театр времен Нерона и Сенеки" Э. Радзинского (1985), "Завтра была война" Б. Васильева (1986), "Закат" И. Бабеля (1988), "Наливные яблоки, или Правда хорошо..." А. Островского (1989), "Виктория" Т. Реттигана (1991), "Горбун" С. Мрожека (1991), "Жертва века" А. Островского (1994), "Театральный романс" ("Кукушкины дети") А. Толстого (1995).
На сцене Государственного академического Малого театра им поставлены спектакли "Опасный спутник" А. Салынского (1954) и "Когда горит сердце" В. Кина (1957), а также "Дети Ванюшина" по пьесе С. Найденова в Словенском национальном театре драмы в Любляне (1974).
"Свои спектакли не смотрю никогда, - признавался Андрей Александрович. - Меня в них все не устраивает. Сразу хочется все переделать и изменить. Момент отрицания и пересмотра естественен, меня он преследует всю жизнь".
Еще одна сфера деятельности, которой очень дорожил Андрей Александрович, - многолетняя педагогическая работа на режиссерском факультете ГИТИСа. За сорок лет преподавательской деятельности он подготовил сотни режиссеров и актеров, работающих едва ли не во всех театрах страны, а также в Литве, Казахстане, Туркмении, Польше, Китае, на Кубе... Среди них - ставшие народными артистами А. Папанов, Е. Леонов, В. Андреев.
Многие годы А.А. Гончаров являлся секретарем Союза театральных деятелей, а также председателем Комиссии Правительства Москвы по премиям.
Он - Герой Социалистического Труда (1987), народный артист СССР (1977). Ему дважды присуждалась Государственная премия СССР (в 1977 году - за спектакль "Венсеремос!" и в 1984 году - за спектакли "Молва" и "Леди Макбет Мценского уезда"), а также Государственная премия РСФСР имени Станиславского (в 1972 году - за спектакль "Мария") и премия Правительства Москвы (1994). Он награжден орденами Ленина (1987), Трудового Красного Знамени, Отечественной войны I степени, Красной Звезды, 14 медалями.
Его перу принадлежат книги "В поисках выразительности" и "Режиссерские тетради", а в 1997 году в издательстве "Искусство" увидела свет двухтомная книга "Мои театральные пристрастия", в которой Андрей Александрович на собственном опыте прослеживал закономерности творческого процесса, подвел итог своей многолетней творческой деятельности.
Скончался 7 сентября 2001 года. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище.