Энергичные и мужественные шаги Ковалева и его товарищей в огромной мере способствовали формированию у значительной части российского населения антивоенных настроений. Ковалев оказывается в центре общественного внимания как наиболее последовательный и бескомпромиссный критик чеченской политики Кремля. В декабре-январе несколько ведущих российских газет объявляют его "человеком года". Одновременно Ковалев направляет Правительству и Президенту РФ ряд меморандумов и обращений, пытаясь убедить их прекратить военные действия и перейти к мирному урегулированию кризиса. До марта 1995г. он почти без перерыва в районе боевых действий: обследует так называемые "фильтрационные лагеря", созданные МВД РФ для задержанных чеченцев, собирает сведения о российских военнослужащих, оказавшихся в чеченском плену, об истинном характере боевых действий с обеих сторон, о положении гражданского населения. Обо всем этом Ковалев сообщает журналистам на многочисленных пресс-конференциях. При поддержке общества "Мемориал" и ряда других общественных организаций создается Миссия Уполномоченного по правам человека на Северном Кавказе (с марта - Миссия общественных организаций под руководством С.А.Ковалева). Одновременно Ковалев публично высказывает свою точку зрения на предстоящее вхождение России в Совет Европы. Поддерживая это вхождение, он считает необходимым более активное участие СЕ в урегулировании чеченского кризиса, контроль за выполнением Россией взятых на себя обязательств в области прав человека.
В марте 1995г. Государственная Дума сместила Ковалева с поста Уполномоченного по правам человека Российской Федерации. Основная причина - его "прочеченская", по мнению Думы, позиция. С весны и, особенно, с лета 1995г., почти всеобщая поддержка Ковалева средствами массовой информации (за исключением официоза и органов крайних националистов) и общественным мнением, сменяется более сдержанными, а иногда и критическими отзывами. Он, однако, все еще остается Председателем Комиссии по правам человека при Президенте РФ, членом Президентского совета и главой российской делегации в Комитете по правам человека ООН.
В июне 1995г., с началом "кризиса заложников" в Буденновске, Ковалев вновь вылетает на Северный Кавказ. По поручению премьер-министра Черномырдина он активно участвует в переговорах с руководителем террористов Басаевым, договаривается об условиях освобождения заложников и о начале мирного урегулирования в Чечне. Вместе с несколькими депутатами и журналистами отдает себя в руки террористов в качестве гарантии безопасности оставшихся заложников. В декабре 1995г. Ковалев вновь избран депутатом Государственной Думы от своего округа. В январе 1996г. вошел в состав российской делегации на Парламентской Ассамблее Совета Европы по квоте фракции "Яблоко" (партия ДВР не имеет собственной фракции Госдуме нынешнего созыва). 5 февраля 1996г. подал в отставку с поста председателя Комиссии по правам человека при Президенте РФ и из других президентских структур; опубликовал в "Известиях" открытое письмо Президенту Ельцину, в котором обвинил последнего в отступлении от демократических принципов и возложил на него ответственность за бездарную и кровавую политику в чеченском вопросе. С этого момента и до начала 1997г. не занимал никаких государственных постов, оставшись рядовым членом Государственной Думы и Европейского парламента. С начала 1997г. - член государственной комиссии по проведению, согласно президентскому Указу от 7 ноября 1996г., Года согласия и примирения. С декабря 1996г. - президент общественного Института прав человека. В мае 1995г. в польском издательстве "Karta" вышла на польском языке книга "Миссия Ковалева" - документально-публицистический рассказ о событиях чеченской войны. В апреле 1997г. в гамбургском издательстве "Rowolt" вышла на немецком языке книга "Полет белой вороны" - воспоминания Ковалева. Имеет награды, премии, почетные звания : Награда Международной Лиги прав человека ООН - 1996г. Награда американского "Национального фонда за демократию", совместно с Еленой Боннэр - 1996г. Награда американской общественной организации Freedom Haus - 1996г. Премия Совета Европы совместно с Раулем Валленбергом - 1995г. Премия "Homo homimi" чешского гуманитарного фонда "Человек в беде" за исключительные поступки при защите прав человека и активное сопротивление против насилия при решении политических проблем - 1994г. Премия австрийского фонда им.Бруно Крайского - 1995г. Премия "Золотой параграф" польского журнала "Право и жиче" - 1996г. Премия им.Теодора Хаккера города Зоолинген-на-Неккаре - 1995г. Орден "Рыцарь Чести" Чеченской Республики Ичкерия - 1995г. (отказался от вручения до конца чеченской войны; вручен в январе 1997) Нюрнбергская премия по правам человека - 1995г. Премия по правам человека Норвежского Хельсинкского Комитета - 1996г. В 1995 и 1996гг. выдвигался на соискание Нобелевской премии мира. Почетный гражданин города Кракова. Почетный доктор медицины Каунасской медицинской Академии - 1993г. Почетный доктор в области прав человека Эссекского университета - 1993г.