В политике по отношению к Палестине существовали серьезные разногласия между Белым домом и министерством иностранных дел. Трумэн положительно относился к созданию Израильского государства в Палестине, так как сочувствовал жертвам массового уничтожения. Он полагал, что государственный департамент слишком вступается за арабские государства и американские нефтяные интересы, и в поддержке еврейской иммиграции в Палестину он видел возможность завоевать еврейские голоса для выборов в сентябре 1948 года. Решение Трумэна о признании государства Израиль в мае 1948 года еще вовсе не означало американскую гарантию выживания, но оно отмечало начало вхождения США в развитие Ближневосточного кризиса.
В последние годы внутренняя политика администрации Трумэна привлекла в себе усиленное внимание. Трумэн идентифицировал себя с "новым, курсом", но у него были большие трудности с либеральными советниками Рузвельта, которые упрекали его в том, что он запустил наследство президента или не расширяет его. В конечном счете речь здесь шла скорее о проблеме личного стиля в политике, чем о существенных разногласиях, и в 1948 году многие либеральные сторонники "нового курса" поддерживали Трумэна в предвыборной борьбе за президентство. После того как республиканцы уже в промежуточных выборах 1946 года завоевали большинство в обеих палатах Конгресса, шансы Трумэна в 1948 году были чрезвычайно плохи. Демократическая партия находилась в кризисе, и президент получил конкуренцию из собственных рядов как от консервативных южан, которые не доверяли его расовой политике, так и от левых сил вокруг бывшего вице-президента Уэллеса. Хотя исследователи общественного мнения и пресса уже "похоронили" Трумэна и объявили победителем республиканского противника Томаса Е. Дьюи, под впечатлением Берлинского кризиса президенту удалось сенсационное возвращение в форме минимальнейшего с 1916 года преимущества голосов.
К большим путеводным внутриполитическим реформам Трумэна принадлежала отмена расового деления в армии. Не будет неверным считать началом движения за гражданские права время правления Трумэна, так как помимо армии президент заботился об интересах цветного населения в обществе. Еще сенатором выступал за равноправие цветных граждан в мире труда. Он прого-лосовал за отмену избирательного налога в отдельных штатах, поддерживал основанный на законе запрет линчевания и заботился об интересах своих цветных избирателей в Миссури. Как президент предложил Конгрессу создать постоянную комиссию для обеспечения равных шансов образования и получения профессии для черных. Но из-за сопротивления консервативных демократов из южных штатов, так называемых "Dixiecrats", дальнейшее проведение реформ стало очень сложным. Принципиально Трумэн верил в гражданские права для всех американцев, в общественную "честную сделку", как он это называл. Хотя ему в конце концов не удалось получить согласие Конгресса на свою систему реформ, примечательно то, что ревизионистские историки при всей остроте критики его внешней политики совершенно положительно оценивают его политику гражданских прав.
Отношения Трумэна с лидерами крупных профсоюзов подвергались сильным колебаниям. Сразу после войны, когда в связи с переходом от военной к мирной экономике возник конфликт по поводу повышения зарплат и мероприятий по стабилизации, они были скорее ожесточенными. Улучшение наступило во время предвыборной борьбы за пост президента в 1948 году, когда Трумэн смог воспользоваться своим вето против закона Тафта-Хартли, изданного консервативными силами Конгресса с целью снижения влияния профсоюзов. Ухудшение наступило опять, когда Трумэн во время корейской войны выступил за контроль зарплат и цен.
Если отношения между президентом Трумэном и профсоюзами часто были противоречивыми, то не лучше было его отношение и к крупной промышленности. Когда в 1952 году возник конфликт в сталелитейной промышленности, причиной которого, по мнению президента, была негибкая позиция промышленников, он, недолго думая, распорядился 8 апреля 1952 года передать сталелитейные заводы в распоряжение правительства до разрешения конфликта. Верховный суд объявил эту чрезвычайную меру в начале июня 1952 года противоречащей конституции, и все длилось до конца июля, пока работодатели и профсоюзы не пришли к компромиссу.
К самым спорным внутриполитическим решениям Трумэна относится программа лояльности, попытка обеспечить национальную безопасность Соединенных Штатов также посредством контроля левых политических диссидентов. Это привело не только к ограничению гражданских свобод и идеологической травле предполагаемых коммунистов в государственном управлении под руководством сенатора Джозефа Маккарти, но и к отравлению внутриполитического климата в США. В этом контексте Трумэна часто обвиняют в том, что он излишне акцентировал советскую угрозу для Соединенных Штатов, чтобы завоевать Конгресс для поддержки своей политики в Европе и Азии, и тем самым развязал антикоммунистическую травлю. Против такой интерпретации в последнее время появились возражения, что американская общественность, самое позднее с 1946 года, все больше настраивалась антисоветски, реагируя таким образом на советскую политику в Восточной Европе, и что Трумэн только пытался контролировать Конгресс. Несмотря на это, "направленная по ошибочному пути программа лояльности", как она была названа, остается самой проблематичной главой президентства Трумэна.
Отношения между Гарри Трумэном и американским Конгрессом были отягощены многими факторами: после его избрания президентом в 1948 году он представил охватывающую 25 пунктов программу "Справедливый курс". Она охватывала контроль цен, кредитов, промышленных продуктов, экспорта, зарплат и квартирных плат. Обещала расширение гражданско-правового законодательства, дешевое жилье, минимальную зарплату в 75 центов в час, отказ от закона Тафта-Хартли, обязательное страхование на случай болезни, лучшее обеспечение социальной безопасности и федеральную помощь для системы образования. Ввиду республиканского большинства в Конгрессе эта честолюбивая программа не могла быть выполнена, но она указывала направление расширения соответственно европейским стандартам все еще не развитой американской социальной системы.
Конфликты между Трумэном и Конгрессом участились во время второго срока пребывания Трумэна в должности президента, так как республиканцы приписывали президенту в резкой форме "проигрыш Китая" коммунистам Мао. За время двух сроков Трумэн противостоял 4 Конгрессам, в которых каждый раз большинство было справа от его внутренней политики. Трумэн не стеснялся широко пользоваться правом на вето, чтобы отражать республиканские инициативы и придерживаться своего курса. К крупнейшим успехам его президентства, бесспорно, относится то, что ему удалось обязать контролируемый республиканцами 80-й Конгресс (1946-48) к "надпартийной внешней политике". Ввиду возрастающей внутриполитической критики Трумэн весной 1952 года заявил о своем отказе от следующего выдвижения кандидатом. Конгресс к этому времени уже принял 22-е дополнение к конституции, которое ограничивало президентство двумя сроками. Трумэна это бы все равно не коснулось, так как он только 6 лет исполнял обязанности президента. Своим преемником он избрал губернатора Иллинойса Эдлая Стивенсона, который, однако, явно уступал популярному генералу Дуайту Д. Эйзенхауэру. В мемуарах Трумэн писал, что быть президентом означает быть "одиноким, очень одиноким во время больших решений". Из Индепенденса, где в 1957 году была открыта библиотека Гарри С. Трумэна, экс-президент внимательно следил за политическими событиями и был рад, когда в 1961 году в лице Джона Ф. Кеннеди в Белый дом вновь вошел демократ и когда при Линдоне Б. Джонсоне с 1964 года были осуществлены многие из его планов и реформ.
Трумэн умер 26 декабря 1972 года в возрасте 88 лет в Канзас-Сити. На похоронах Джонсон оценил его как "великана двадцатого века", который, как никто другой до него, оказал влияние на мир - оценка, которую сегодня разделяют большинство американских историков. Этой посмертной положительной оценке не в последнюю очередь способствовало то, что с открытием архивов все яснее становится, что Трумэн, вопреки многим личным нападкам, обладал твердой волей, в трудных ситуациях сам принимал все решения, даже если они не были популярными, и никогда не отступал от принятого.