В 1965 году М.А. Захаров был приглашен в качестве режиссера в Московский театр Сатиры. Там в 1967 году состоялся его первый режиссерский успех на профессиональной сцене - во многом сенсационный и памятный для многих театралов спектакль "Доходное место" по А.Н. Островскому. Спектакль до своего запрещения по "идеологическим" причинам прошел около 40 раз, имея большой успех у зрителей. Его украшением были замечательные актерские работы А.А. Миронова, А.Д. Папанова, Г.П. Менглета, Т.И. Пельтцер и других великолепных мастеров сцены.
После того как спектакль "Доходное место" был снят из текущего репертуара, М.А. Захаров поставил в том же театре комедию А. Арканова и Гр. Горина "Банкет" (1969). Однако этот спектакль постигла та же участь, что и предыдущий. Как говорит сам Марк Анатольевич, его режиссерская профессия тогда повисла на волоске. Помогло участие А.А. Гончарова, который в 1969 году предложил М.А. Захарову поставить на сцене возглавляемого им Московского театра имени Маяковского "Разгром" А. Фадеева. "Инициатива Гончарова, его помощь и поддержка очень многое значили для меня тогда, после того как мои спектакли были признаны глубоко и безнадежно ошибочными", - скажет впоследствии Марк Анатольевич. Премьера его собственной сценической версии "Разгрома" (пьеса была написана М.А. Захаровым совместно с И.Л. Прутом) с Арменом Джигарханяном в главной роли состоялась в 1971 году. Спектакль не запретили только благодаря личному вмешательству вдовы А. Фадеева - известной актрисы МХАТа А.О. Степановой. Спектакль шел долгое время и имел большой успех как в СССР, так и во время зарубежных гастролей.
В 1973 году М.А. Захаров возглавил Московский театр имени Ленинского комсомола, позднее переименованный в Московский театр "Ленком". Однако премьерная постановка М.А. Захарова в этом театре состоялась до его назначения главным режиссером. Вместе с журналистом и поэтом Ю. Визбором в 1973 году он поставил здесь спектакль "Автоград-XXI" (1973). К этому моменту после ухода А. Эфроса театр находился в состоянии затяжного творческого кризиса и благодаря "Автограду", который, оглушая и веселя, увлекал зрителя своей энергией, в театре поднялся общий жизненный тонус, а в зрительном зале стала появляться молодежь. Однако основную роль при его назначении главным режиссером театра, по мнению самого Марка Анатольевича, сыграли успешно поставленные им на сцене Театра Сатиры спектакли "Темп-1929" (1972) - фантазия на темы пьес Н. Погодина с музыкой Г. Гладкова и комедия "Проснись и пой" венгерского драматурга М. Дьярфоша, которая была им создана в 1970 году совместно с А. Ширвиндтом. Помимо уже перечисленных М.А. Захаров поставил на сцене Театра Сатиры еще два спектакля "Матушка Кураж и ее дети" Б. Брехта (1972) и "Чудак-человек" А. Азерникова (1973).
В 1974 году в "Ленкоме" состоялась премьера спектакля "Тиль" по пьесе Григория Горина. Это было долгожданное, красочное и очень заразительное музыкально-поэтическое зрелище - комедийное представление с элементами подлинной драмы и подлинной сатиры, как охарактеризовал его сам постановщик. В спектакле были заняты прекрасные актеры: В. Ларионов, Е. Фадеева, Ю. Колычев, Н. Скоробогатов, М. Лифанова, Д. Гошев. Молодой Н. Караченцов на следующий день после премьеры проснулся знаменитым, а для И. Чуриковой началась новая сценическая биография. Спектакль пользовался огромной популярностью, ему восторженно аплодировали на всех сценических площадках, но особый успех он имел во время зарубежных гастролей в 1977-1978 годах в Польше, Болгарии, Чехословакии.
С первых же дней работы в театре имени Ленинского Комсомола М.А. Захаров много сил отдает открытию и утверждению собственных поэтических направлений в режиссуре, большое внимание уделяя музыке. В спектаклях "Тиль", "В списках не значился", "Звезда и смерть Хоакина Мурьеты", "Юнона и Авось", "Безумный день, или Женитьба Фигаро", "Поминальная молитва", "Королевские игры", "Мистификация" музыка стала естественной средой общения для актеров и зрителей.
После успеха своей первой современной оперы "Звезда и Смерть Хоакина Мурьеты"(1976), написанной П. Грушко по мотивам произведений Пабло Неруды, М.А. Захаров вместе с композитором А. Рыбниковым искали драматическую основу для новой работы в этом жанре и обратились с этой идеей к поэту А.А. Вознесенскому. Андрей Андреевич подарил им два сборника своих стихов, где в числе прочих была и поэма "Авось"... Так родился новый музыкальный спектакль, главные роли в котором исполняли Н. Караченцов, Е. Шанина, А. Абдулов, П. Смеян.
В 1983 году во Франции, в зале "Эспас Карден" прошли гастроли театра имени Ленинского Комсомола со спектаклем "Юнона и Авось". Первая русская рок-опера, как назвали спектакль за рубежом, была прекрасно принята зрителями, получила восторженные отклики во французской прессе. "Во второй половине гастролей, - вспоминает Марк Анатольевич, - у нас появилось много постоянных зрителей, которые смотрели его по многу раз, некоторые русские парижане приводили детей и объясняли им, что все, что они видят, надо запомнить, потому что на сцене - настоящий русский язык и настоящая русская поэзия". Вслед за Парижем спектаклю "Юнона и Авось" аплодировали зрители Греции и США, Германии и Нидерландов.
М.А. Захаров находится в постоянном творческом поиске, в том числе нового "поэтического пространства" в театре. Например, поставив в 1978 году тихий поэтический спектакль без всякого музыкального сопровождения "Вор" В. Мысливского, он с увлечением продолжил работу в этом жанре. Так впоследствии появились спектакли "Три девушки в голубом" Л. Петрушевской (1985), "Чайка" Чехова (1994)...
За годы художественного руководства Марку Анатольевичу Захарову удалось сделать "Ленком" заметным явлением в российской театральной жизни. Почти 30 лет театр вызывает пристальный интерес как у любителей театрального искусства, так и у зрителей в целом. Секрет огромной популярности "Ленкома", по мнению самого М.А. Захарова, заключается в том, что театр "стремится следовать великим заветам мхатовских учителей, но больше всего боится скуки, когда все уже все понимают, что происходит и, главное, что должно произойти".
Многие режиссерские работы М.А. Захарова вошли в историю российской режиссуры: "Тиль" Гр. Горина по мотивам Шарля де Костера (1974), "Юнона и Авось" А. Вознесенского и А. Рыбникова (1981), "Три девушки в голубом" Л. Петрушевской (1985), "Поминальная молитва" Гр. Горина по мотивам произведений Шолом-Алейхема(1989), "Безумный день или Женитьба Фигаро" Бомарше (1993), "Чайка" А. Чехова (1994), "Королевские игры" Гр. Горина по М. Андерсону (1995), "Варвар и еретик" по роману Ф.М. Достоевского "Игрок" (1997), "Мистификация" по пьесе Н. Садур "Брат Чичиков" (1999), "Шут Балакирев" Гр.Горина (2001) и др. "При всей пестроте и несхожести моих работ есть все же нечто общее, что их объединяет, - говорит сам режиссер. - Это "нечто" я обозначаю для себя как "поэтический допуск", как "игру воображения", фантасмагорию, как театральную фантазию на тему. В своих режиссерских сочинениях я стремлюсь "спружинить", собрать в плотный клубок зигзагообразные, обязательно непредсказуемые зрителем сценические акции".
Значительное место в творческой деятельности Марка Анатольевича Захарова занимает работа в кинематографе и на телевидении. Все созданные им фильмы широко известны и популярны. Его дебютная картина "Двенадцать стульев" по И. Ильфу и Е. Петрову с А. Мироновым и А. Папановым в главных ролях, снятая, по словам самого режиссера, в жанре литературно-музыкального обозрения, вышла на экраны страны в 1977 году и до сих пор любима зрителями. Следующей режиссерской работой М.А. Захарова в кино стал фильм "Обыкновенное чудо" (1978) по сценарию Е. Шварца с Е. Леоновым, О. Янковским, Ю. Соломиным, Е. Васильевой, А. Абдуловым... Затем одна за другой вышли три его картины по сценарию Гр. Горина: "Тот самый Мюнхгаузен" (1979), "Дом, который построил Свифт" (1981) и "Формула любви" (1983). В 1988 году вышел фильм М.А. Захарова "Убить дракона" по сценарию Е. Шварца.
На сцене театра "Ленком", помимо уже упомянутых, М.А. Захаров поставил спектакли: "В списках не значился" Ю. Визбора по Б. Васильеву (1975), "Иванов" А. Чехова (1975), "Ясновидящий" Л. Фейхтвангера (1975), "Мои надежды" М. Шатрова (1977), "Хория" И. Друце (1977), "Парень из нашего города" К. Симонова (1977), "Революционный этюд" М. Шатрова (1978), "Жестокие игры" А. Арбузова (1979), "Люди и птицы" Б. Штейна и Ю. Махаева (1981), "Чинарский манифест" А. Чхаидзе (1982), "Оптимистическая трагедия" Вс. Вишневского (1983), "Проводим эксперимент" в соавторстве с В. Черных (1984), "Диктатура совести" М. Шатрова (1986), "Мудрец" по А. Островскому (1989), "Школа для эмигрантов" Д. Липскерова (1990).
В 2000 году на сцене Московского театра "Ленком" появился новый спектакль "Город миллионеров", поставленный М.А. Захаровым совместно со своим учеником по мастерской режиссерского факультета Российской академии театрального искусства (РАТИ) Р. Самгиным, которому принадлежала и сама идея постановки. В основе спектакля лежит пьеса Эдуардо де Филиппо "Филумена Мартурано", которая, по словам Марка Анатольевича, "являет собой пример несколько анекдотического, но вместе с тем пронзительного исследования вечных человеческих мук и радостей". Главные роли в спектакле исполняют выдающиеся мастера сцены - Инна Чурикова и Армен Джигарханян.
Марк Анатольевич любит повторять, что главное в его жизни, его достояние и гордость - это звездная плеяда актеров театра "Ленком", объединяющая как опытных мастеров сцены, так и совсем молодых, но талантливых, подающих большие надежды актеров. На сцене "Ленкома" играют И. Чурикова, А. Абдулов, Л. Броневой, А. Джигарханян, А. Збруев, Ю. Колычев, Н. Караченцов, О. Янковский, А. Лазарев, А. Захарова, С. Степанченко, Т. Кравченко, И. Фокин, И.Агапов, С. Чонишвили, В. Раков, А. Сирин, Л. Артемьева, Н. Щукина, М. Миронова, А. Большова, С. Фролов, К. Юшкевич, Д. Марьянов, О. Железняк и другие актеры.