В августе 1989 года Ю.П. Семенов назначается генеральным конструктором НПО "Энергия", а в 1991 году - генеральным директором, генеральным конструктором объединения. Это было последнее на высшем государственном уровне назначение генерального конструктора в масштабах СССР.
Вскоре по инициативе Ю.П. Семенова Мособлисполком присваивает НПО "Энергия" имя академика С.П. Королева, а в 1996 году город Калининград переименовывается в город Королев.
Ю.П. Семенов возглавил Объединение в период, когда финансирование хотя и продолжало оставаться централизованным, но постоянно сокращалось. И все же выделяемые средства позволяли еще сохранять основную тематическую направленность предприятия. Генеральный секретарь ЦК КПСС, Президент СССР М.С. Горбачев часто встречался с космонавтами и руководителями организаций космической отрасли. Вплоть до 1991 года при всякой возможности он подчеркивал важность работ в этом направлении. Но это была не более чем риторика. Так, 10 апреля 1991 года в Колонном зале на торжественном собрании в связи с 30-летием исторического полета Ю.А. Гагарина в своем вступительном слове он произнес: "В полете Гагарина воплотился один из величайших подвигов всего нашего многонационального советского народа. Напомнить об этом уместно вдвойне. Ибо мы, как того ни хотелось бы кому-либо, не можем уподобиться Ивану, родства не помнящему. Веру в силы народа великой страны, дух патриотизма, благодарную память о тех, кто создавал мощь и славу Отечества, не дано перечеркнуть никому".
Не пройдет и нескольких месяцев, как все будет перечеркнуто!
На том же собрании с основным докладом выступил генеральный конструктор НПО "Энергия" Ю.П. Семенов. Чувствуя "неладное" во взаимоотношениях республик Союза, с трибуны он сказал: "...в этом году мы отмечаем День космонавтики в исключительно сложной экономической и политической обстановке. В накале политической борьбы не все помнят о том, что единство страны - это один из краеугольных камней экономического и социального будущего. Политическая раздробленность - удар по сложившейся кооперации предприятий страны. Недопонимание наметившихся негативных процессов в кооперации предприятий космической отрасли грозит свертыванием работ по всем важнейшим научно-техническим направлениям, где наша страна занимает лидирующее положение. Здравый смысл не должен допустить этого".
Торжественное собрание оказалось последним в СССР, посвященным Дню космонавтики.
В те дни никто еще не мог представить себе, что буквально через полтора года самая наукоемкая и высокотехнологичная отрасль начнет рушиться и делом ее сохранения займется лишь небольшая группа специалистов при активном участии Ю.П. Семенова.
В августовские и послеавгустовские дни 1991 года НПО "Энергия", как и вся ракетно-космическая отрасль, оказалось в критическом положении. Отрасль, обеспечивавшую долгие годы паритет и приоритет оборонного комплекса страны в мире, обусловившую прогресс многих отраслей науки, техники и отраслей народного хозяйства, обвиняли во всех грехах и бедах, называя ее расточителем средств в бывшем Союзе, виновником грядущей экономической катастрофы и прочее, прочее... В печати, по телевидению стали модными выступления "бывших", называвших себя "ведущими специалистами в области космоса". Как ни странно, но в это очень сложное время в средствах массовой информации все чаще и чаще стал выступать бывший главный конструктор ЦКБЭМ академик В.П. Мишин с негативной оценкой работ предприятия прошлых и настоящих лет. Достигнутые завоевания в области космических исследований и техники были поставлены под сомнение.
Абсолютно все тематические направления работ, проводимых в НПО "Энергия" в этот период, "повисли в воздухе". Несмотря на это, объединение было обязано выполнять ранее взятые обязательства перед зарубежными партнерами по программе международного сотрудничества. В невероятно сложных политических и экономических условиях Ю.П. Семенов предпринимает активные действия, чтобы придать предприятию в рамках сложившихся обстоятельств необходимый статус, который позволил бы сохранить основные направления и тематику работ.
В дополнение ко всем трудностям возникли новые, когда Казахстан объявил Байконур своей территориальной собственностью. Практически перед каждым пилотируемым пуском для согласования своих действий (чтобы не сорвать согласованные сроки и международные обязательства) Ю.П. Семенову приходилось встречаться с руководством Казахстана и вести очень непростые переговоры на различных уровнях. В эти годы удавалось добиваться положительных решений только благодаря многолетним личным и уважительным отношениям с высшим звеном руководства Казахстана.
Состояние экономики страны и резкое снижение бюджетных ассигнований на поддержание существующего уровня ракетно-космической техники и ее дальнейшее развитие требовали неординарных решений, которые позволили бы сохранить и эффективно использовать научно-технический потенциал предприятия в новых экономических условиях.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации и Постановлением Правительства РФ в апреле 1994 года была учреждена Ракетно-космическая корпорация "Энергия" имени С.П. Королева в организационно-правовой форме акционерного общества открытого типа с контрольным пакетом акций у государства на три года. Президентом корпорации до первого собрания акционеров был назначен Ю.П. Семенов. Позднее его неоднократно избирали на эту должность. Под руководством Ю.П. Семенова РКК "Энергия" продолжала выполнять программу работ по космической тематике и принимала все меры для сохранения установившихся в течение десятилетий связей с предприятиями, оказавшимися после 1991 года за пределами России.
Все это позволяло РКК "Энергия" оставаться лидирующей организацией в мире по реализации крупномасштабных пилотируемых программ, что было признано мировым сообществом. РКК "Энергия" расширяет свое сотрудничество с ведущими авиационно-космическими компаниями мира, уделяя особое внимание реализации коммерческих космических проектов.
Усилия Ю.П. Семенова по расширению участия международных партнеров в программах, реализуемых РКК "Энергия", сопровождались активными действиями, направленными на привлечение внимания к этим работам высшего руководства России, внешнеэкономических и финансовых структур.
В 1993 году НПО "Энергия" посещает Председатель Правительства Российской Федерации В.С. Черномырдин. На предприятии в присутствии многочисленных представителей промышленности состоялся обстоятельный разговор о возрождении былой славы ракетно-космической отрасли.
12 апреля 1997 года с визитом в РКК "Энергия" прибыл президент Мирового банка реконструкции и развития Д. Вулфенсон, давший согласие на кредитование перспективных разработок РКК "Энергия", в частности проекта "Морской старт".
Многочисленные встречи Ю.П. Семенова с руководителями космических агентств ведущих стран мира и крупнейших зарубежных аэрокосмических фирм, участие в работе Комиссии Гора - Черномырдина во многом способствовали интенсивному и плодотворному развитию международной деятельности корпорации.
В 1996 году Ю.П. Семенову присуждено звание "Заслуженный деятель науки Российской Федерации".
За период 1996 - 2000 годов было заключено около 300 контрактов и соглашений, которые принесли ракетно-космической отрасли России более 1 миллиарда долларов валютных поступлений. Такие средства дали возможность в эти годы стабилизировать экономическое положение не только корпорации, позволяя пополнять портфель заказов и сохранять стабильный уровень жизни работников, но и всей российской космонавтики.
В историю XX века уникальный орбитальный комплекс "Мир" вошел как первый международный космический центр, за полетом которого, особенно в последние дни и часы из 15 космических лет, с волнением, сочувствием, восторгом следил, без преувеличения, весь земной шар.
За годы эксплуатации на станции работали 104 человека, в том числе 62 представителя 11 стран мира (США, Австрии, Афганистана, Болгарии, Великобритании, Германии, Канады, Сирии, Словакии, Франции, Японии) и Европейского космического агентства. Выполнено 27 международных исследовательских программ в течение 2028 суток и в общей сложности более 31 000 сеансов экспериментов.
Станция "Мир" - выдающееся инженерное творение ХХ столетия - вписана золотыми буквами в историю мировой космонавтики.
В качестве председателя Совета главных конструкторов, технического руководителя пилотируемых программ России Ю.П. Семенов в течение последних 12 лет в новых политических и экономических условиях вносит большой вклад в сохранение и развитие уникального научно-технического потенциала отечественной и мировой космонавтики, выполнение Федеральной космической программы.
Вряд ли когда-либо будет превзойден своеобразный рекорд в истории не только России, но и Человечества, установленный Ю.П. Семеновым (достойный Книги рекордов Гиннесса): он руководил запуском на орбиту 10 станций и модулей, 64 транспортных пилотируемых космических кораблей и 95 грузовых кораблей. В общей сложности он проводил в космос более 160 космонавтов и астронавтов.
При этом каждый запуск имел свои особенности и проблемы, которые Ю.П. Семенову приходилось решать на месте. За более чем 25-летний период руководства пилотируемой космонавтикой России иногда случались и суперсложные, драматические как в техническом, так и в чисто человеческом аспекте ситуации: пожар ракеты-носителя на старте, столкновение на орбите грузового корабля со станцией и многое другое.