Между тем военные действия шли неудачно для Шуйского и под Астраханью, и под Калугой. Желая избавиться от Болотникова, царь согласился на предложение Фидлера отравить вождя восставших; но Фидлер, получив деньги и пробравшись в Калугу, передался на сторону Болотникова. Весной на помощь Калуге прислан был отряд из Тулы, где сидели князь Шаховской и явившийся еще при царе Димитрии самозванец Петр. Царские воеводы под Калугой были разбиты, и освобожденный от осады Болотников перебрался в Тулу. Летом с огромным войском пошел под Тулу сам царь и, разбив высланные вперед отряды мятежников, в июне осадил Тулу. Мятежный край был отдан на разграбление. Осажденные защищались отчаянно и только 10 октября, затопленные запруженной Упои, сдались. Самозванец Петр был повешен, Болотников утоплен в Каргополе, Шаховской сослан на Кубенское озеро; мелких “воров” массами топили, холопы-военнопленные возвращались господам или отдавались желающим на поруки, что тоже вело к кабале.
С торжеством вернулся царь в столицу и радостно справил свадьбу свою, женившись 17 января 1608 г. на княжне Буйносовой-Ростовской, с которой был обручен при Самозванце. Однако еще в июле 1607 г. в Стародубе появился новый Димитрий, и скоро поднялась новая, еще более могучая волна народного движения против Шуйского. У очередного самозванца было мало искренних друзей, еще меньше веривших в истинность его царского происхождения сторонников; но имя Димитрия было нужно как лозунг, объединявший всех противников Шуйского. Военные действия во имя Димитрия давали повод свести личные счеты, поживиться чужим добром. К новому Димитрию шли остатки армии Болотникова, казаки с Дона и Днепра, польская вольница, наконец, все недовольные Шуйским.
В октябре Самозванец был уже в Епифани, но, узнав о сдаче Тулы, бежал в Орел, откуда весной начал новое наступление. 10—11 мая под Волховом были разбиты воеводы Шуйского; в июле Самозванец стал лагерем в селе Тушине под Москвой, где вскоре было организовано настоящее правительство, с думой, приказами и т.д. Многочисленные отряды Тушинского вора блокировали Москву, перехватив ведущие в нее пути и затруднив таким образом подвоз провианта, осадили Троице-Сергиев монастырь и рассеялись по стране, приводя ее к присяге Димитрию. Из крупных центров только Нижний, Казань, Коломна, Рязань и Смоленск верно стояли за Шуйского; Новгород колебался, остальные перешли на сторону Самозванца. Положение Шуйского стало критическим. Правда, у него в Москве были собраны значительные военные силы и в боях под столицей далеко не всегда тушинцы брали верх. Но среди служилых людей и воевод еще до московской осады обнаружилась “ша-тость ” (главными виновниками в измене были признаны родственники Романовых, князья Троекуров и Катырев-Ростовский). Многие начали прямо отъезжать в Тушино — например, близкие Романовым князья Сицкий и Черкасский, братья Трубецкие. Сокращение подвоза продуктов поднимало цены на хлеб и вызывало народные волнения. Отложение городов не позволяло надеяться на скорое освобождение столицы собственными силами. Заключенный 23 июля 1608 г. договор о перемирии с Польшей на три года одиннадцать месяцев, причем поляки из Тушина должны были уйти в отечество, не был выполнен: бывшие в Тушине поляки отказались оставить Вора, а отпущенная из плена Марина, в отношении которой было обещано, что она не будет именоваться московской царицей, попав намеренно в Тушино, признала в Воре своего мужа, будто бы спасшегося от гибели 17 мая.
При таких обстоятельствах царь, чтобы удержаться на престоле и прекратить смуту, обратился за помощью к Швеции, которая еще с 1606 г. настойчиво предлагала ее. Летом 1608 г. с этой целью в Новгород был послан князь Михаил Васильевич Скопин-Шуйский. 28 февраля 1609 г. в Выборге был подписан договор об оборонительном союзе Москвы со Швецией против Польши. Ценою уступки Корелы с уездом и отказа от прав на Ливонию Шуйский получил несколько тысяч наемников. С ними и с собранными в Новгороде служилыми людьми Скопин-Шуйский начал весной очищать от тушинцев города по дороге к Москве, но вынужден был остановиться в Твери, так как шведский отряд отказался идти дальше вследствие неуплаты жалованья.
Между тем стойкая оборона Троицкой обители образумила одних, насилия и грабежи, чинимые в стране бродившими всюду отрядами польских наездников и русских “воров” подняли других; и с конца 1608 г. началось самостоятельное народное движение не столько за Шуйского, сколько против Тушина, в защиту порядка и имущества. Встали заволжские мужики, вскоре получившие руководящий центр в Вологде, сносившейся с Москвой и Скопиным-Шуйским; началась борьба против тушинцев и на средней Волге и Оке, где руководителем был Нижний, опиравшийся на Казань и подходившие с юга отряды усмирившего Астрахань Шереметева. К концу 1609 г. усилиями всех этих отрядив тушинцы были выбиты из северной части Замо-сковья. Войска Скопина-Шуйского и Шереметева соединились в Александровской слободе. Отсюда были посланы два отряда в помощь Троицкому монастырю; осажденные с новыми силами нанесли полякам поражение, и 12 января 1610 г. осада была окончательно снята.
В Москве было тревожно. Отъезды недовольных царем к Вору стали обычным явлением; выработался особый тип “перелетов ”, которые, переходя то на одну, то на другую сторону, старались получать выгоды от обоих правительств. Население роптало и было готово к волнениям; повышение цен на хлеб и интриги не раз вызывали настоящие бунты. 25 февраля 1609 г. мятежники с князьями Романом Гагариным, Грязным и Сумбуловым во главе ворвались в Кремль, требовали низложения Шуйского, осыпали оскорблениями стоявшего за царя патриарха Гермогена и, не добившись своего, большой толпой (около 300 человек) отъехали в Тушино. Даже боярин Крюк-Колычев, давний единомышленник Шуйских, пострадавший с ними в 1587 г. и царем Василием пожалованный в бояре, был уличен в заговоре против царя и в апреле 1609 г. казнен. Шли толки о близком цареубийстве, сроком которого назначали то Николин день (9 мая), то Вознесенье (25 мая), то Петров день (29 июня). В сентябре осадой Смоленска начал военные действия против Шуйского Сигизмунд, недовольный союзом царя Василия со Швецией и желавший воспользоваться смутой на Руси для территориальных приобретений или даже рассчитывавший сесть или посадить сына на московский престол. В Тушино к полякам явились послы от короля с предложением оставить “царика” и поступить на службу к Сигизмунду. Не ожидавший ничего хорошего для себя от начавшихся переговоров, Вор около 6 января 1610 г. бежал в Калугу, куда за ним потянулись казаки и некоторые из его “бояр”, а в феврале приехала и Марина. 4 февраля под Смоленском были подписаны условия, на которых Сигизмунд и послы тушинцев договорились воцарить в Москве Владислава. Значительная часть поляков поступила в войско короля; оставшиеся, не чувствуя себя в силах держаться под Москвой, зажгли опустевший лагерь и ушли к западу (в начале марта 1610 г.).
Тушино пало, Москва освободилась от осады и 12 марта радостно встретила Скопина-Шуйского, на которого смотрели как на освободителя и от которого ждали дальнейших подвигов во славу родины. Пылкий Ляпунов еще раньше присылал молодому герою предложение воцариться на Москве. Неожиданная смерть Скопина (25 апреля), в которой молва обвиняла жену царского брата Димитрия, а Ляпунов открыто — самого царя, лишила Шуйского последней опоры. В Москве к его прежним врагам прибавился Филарет Романов. Ляпунов поднял настоящее восстание, замыслив возвести на престол князя В. Голицына. Клушинская битва (24 июня), в которой царские войска, с Д. Шуйским во главе, понесли тяжкое поражение от Жолкевского, решила судьбу “самоизбранного ” царя. Угрожаемые с юга придвинувшимися отрядами Вора, вероломно предлагавшими Москве низложить обоих царей и сообща выбрать нового, с запада — Жолкевским, также возбуждавшим подметными письмами население столицы, москвичи не желали больше бороться за нелюбимого Василия. Собравшаяся 17 июля толпа с Захаром Ляпуновым во главе низложила царя.
Опомнившись на другой день под насмешками тушинцев, предлагавших теперь в цари Москве своего Димитрия, некоторые стали думать о возвращении престола Шуйскому; на этом стоял и патриарх Гермоген, но враги низложенного насильно постригли его в монахи (19 июля) и заключили в Чудов монастырь. Гермоген, однако, не признал этого пострижения и еще надеялся возвратить Шуйскому корону. Подошедший к Москве Жолкевский, понимая, как опасно для успеха Владислава присутствие в Москве Шуйского, потребовал выдачи его с братьями под предлогом создаваемых ими смут. Не добившись этого, он, вопреки Гермогену и его единомышленникам, настоял на переводе невольного инока поближе к польской границе, в Иосифо-Волоко-ламский монастырь, а его братьев — в крепость Белую. Уходя из России, он захватил их всех с собой и 31 октября представил под Смоленском Сигизмунду как военнопленных. Они были отправлены в Польшу и, пережив еще унижение торжественной выдачи их Жолкевским королю и нации на сейме 19 октября 1611 г., были заключены в Густынский замок, где бывший царь и умер 12 сентября 1612 г.
В 1620 г. Сигизмунд торжественно перенес его гроб в Варшаву, в нарочно построенный мавзолей, а в 1635 г. останки царя Василия были возвращены в Россию и погребены в Архангельском соборе.