Ситуация разительно изменилась два года спустя. Бахметев подвергся атаке со стороны популярного сенатора Уильяма Бора, заинтересовавшегося странным посольством, представляющим несуществующее правительство и существующее явно на американские деньги. Обвинения в бесконтрольном расходовании денег американских налогоплательщиков на не предусмотренные законом цели имели под собой почву; правда, равную ответственность, наряду с послом, должна была нести в этом случае и американская администрация. Дело, вкратце, сводилось к тому, что предоставленные американским правительством Временному правительству займы и кредиты на военные цели, остались на счетах посольства после Октябрьской революции и были использованы для финансирования белого движения. Существование самого посольства также фактически поддерживалось за счет прямого или опосредованного (продажа имущества, ранее закупленного для военных целей и другой собственности, приобретенной за счет кредитов американского правительства) использования средств, отпущенных давно не существующему Временному правительству. Надо, разумеется, учесть, что расходование средств производилось только с одобрения министерства финансов и Госдепартамента. Однако, как вполне логично писал Ф.Шуман, окончание интервенции и победа Советского правительства в Гражданской войне положила конец американским поставкам в Россию. Бахметеву была предоставлена моральная и материальная поддержка для его усилий по разрушению Советского режима. Он потерпел неудачу и Советское правительство установили бесспорный контроль над народом, чьим послом он намеревался быть. После 1920 года он не представлял ничего, кроме несбывшихся надежд и разбитых мечтаний русских эмигрантов и изгнанников.
Бора потребовал от Бахметева явиться в возглавляемый им сенатский комитет и ответить вопросы: посла по существу вызывали на допрос. Гос. секретарь указал, что посол находится вне юрисдикции американских учреждений, включая Конгресс. Одновременно Бахметева вызвали в Госдепартамент, где уведомили, что ситуация становится нетерпимой.
Бахметев съездил в Нью-Йорк, посоветовался со своим адвокатом и 28 апреля сам обратился к гос. секретарю Хьюзу с письмом об отставке. Бахметев писал, что у него нет признанного правительства, к которому он мог бы обратиться с просьбой об отставке. Однако я полностью готов, если правительство Соединенных Штатов желает этого, уйти в отставку и прекратить исполнение своих официальных функций. Бахметев сообщал также, что будет готов урегулировать все дела по посольству к 30 июня. На этот раз отставка была принята; 29 апреля последовало ответное письмо Хьюза, в котором гос. секретарь соглашался со сроками и предложенной Бахметевым процедурой; ее срок согласовали таким образом, чтобы это не выглядело как уход под давлением.
Подготовка к ликвидации посольства шла скрытно, о ней знали лишь два-три человека. Бахметева принял на прощание президент Уоррен Гардинг. На вопрос посла, может ли он вернуться в страну, президент ответил: Да, конечно. Но теперь Бахметев возвращался в США в другом качестве и американскую визу он должен был получать в Англии. Бахметев покинул страну 20 июня, за десять дней до формальной отставки, после прощального ланча, который был дан в его честь в Юридическом клубе Нью-Йорка. На ланче присутствовали Фрэнк Полк, Норман Дэвис, Джон Спарго, Оскар Страус и другие известные политические деятели. Поскольку остались неурегулированными многие финансовые вопросы, финансовый агент С.А.Угет продолжил исполнение своих обязанностей, взяв на себя также функции поверенного в делах. Деятельность представительства была перенесена в Нью-Йорк, поскольку основные финансовые дела посольства велись там. Предполагалось, что Угет ликвидирует оставшиеся дела в течение двух-трех лет, однако фактически он исполнял обязанности вплоть до признания Соединенными Штатами СССР в 1933 году, хотя и не был включен в дипломатический лист.
Бахметев побывал в Англии, Германии и Франции и вернулся в США в октябре того же 1922 г. За четыре месяца его отсутствия шум вокруг его имени улегся. Около года Бахметев был фактически персоной нон-грата. Однако начиная с весны 1923 г. он вновь стал стараться влиять на русскую политику. Теперь это влияние осуществлялось через различные неформальные разговоры, доклады, речи в узком кругу политиков и бизнесменов. Бахметев сохранил обширные знакомства; к его мнению прислушивались. Особо важными Бахметев считал свои выступления в Политическом институте в Вильямстауне (штат Массачусетс). Институт был создан на средства Бернарда Баруха и некоторых других деятелей. Там собирались летом до 300-400 политиков, юристов, профессоров университетов, интересующихся внешней политикой и достаточно влиятельных. Бахметев, начиная с 1923 года, читал в Вильямстауне лекции, проводил дискуссии за круглым столом. Последний раз он выступал в Вильямстауне в 1929 или 1930-м году по поводу ситуации вокруг Китайско-Восточной железной дороги. Кроме того, Бахметев время от времени публиковал аналитические статьи о положении в России.
Когда в 1933 году США признали СССР, Бахметев, по его уверениям, совершенно прекратил свою политическую деятельность, поскольку она потеряла всякий смысл. Он по-прежнему сохранял интерес к международным делам и обсуждал их в кругу друзей и специалистов; но теперь он подходил к этим проблемам как американец русского происхождения. В 1934-м году Бахметев принял американское гражданство. Он был хорошим гражданином своей новой родины. Его юрист и друг Фредерик Кудерт говорил своему клиенту: Борис, ты лучший американец из всех, кого я знаю. Ты едва ли не единственный, кто не поносит постоянно свою страну за то или за это. По словам Кудерта, Бахметев был твердым приверженцем американской конституции и избирательной системы. Бывший социал-демократ стал республиканцем и был даже делегатом съезда республиканцев штата Коннектикут, где у него была крупная ферма.
По возвращении в 1922 г. в США Бахметев поселился в Нью-Йорке, где открыл консультационное агентство по вопросам инженерного дела и международных экономических отношений, преимущественно торговли. Однако дело не пошло. Тогда Бахметев переключился на предпринимательство в промышленной области. Вместе с небольшой группой компаньонов он приобрел по случаю оборудование небольшой спичечной фабрики. Бахметев и его компаньоны основали спичечную фабрику (Lion Match Factory) и развернули производство. Это небольшое поначалу предприятие довольно быстро вошло в число четырех крупнейших спичечных фабрик США. Бахметеву его успех на предпринимательском поприще принес достаточные средства для того, чтобы вернуться к своей прежней профессии инженера.
Бахметев стал профессором Колумбийского университета, где читал лекции по гидравлике; он был согласен не получать жалованья в обмен на предоставление ему лаборатории для научных экспериментов. Бывший посол приложил руку к реформированию инженерного дела в США. Инженерное дело традиционно понималось в Америке как сумма практических навыков, инженерная теория недооценивалась, что ставило США в зависимость от иностранных талантов. Бахметеву удалось доказать необходимость сочетания науки и технологии, выделения инженерной теории в специальную отрасль. Он стал одним из учредителей Инженерного фонда, оказывающего поддержку исследованиям в области инженерного дела; коллеги избрали Бахмеетва председателем фонда (начал свою работу в 1945 г., был официально признан в 1950-м).
Бахметев вернулся также к исследовательской работе. В 1932 году была издана его книга Гидравлика открытых каналов (Hydraulics of Open Channels). Книга, конечно, не стала бестселлером, но, как с гордостью отмечал Бахметев почти двадцать лет спустя после ее выхода в свет, понемногу продается до сих пор. В 1934-м были изданы лекции, прочитанные Бахметевым для ученых и инженеров в Принстоне - Механика турбулентного движения (Mechanics of Turbulence). Книга была переведена на несколько языков. С гордостью и, по-видимому, вполне обоснованно Бахметев говорил, что американские гидравлики считают его своим деканом. К 70-летию Бахметева вышла книга в его честь, написанная 14 выдающимися американскими учеными-гидравликами.
Говоря о своей научной и преподавательской деятельности, Бахметев выражал надежду, что благодаря ей ему удалось расплатиться с Америкой за ее доброту по отношению к нему. Я должен написать еще по меньшей мере две книги, - говорил он в заключение своего огромного интервью Уэнделлу Линку. - Они частично уже написаны - я сказал бы написаны наполовину или на две трети, и в течение нескольких ближайших лет, если я буду жив, я их закончу. Я надеюсь, что с этим все, что я мог сделать для инженерного дела в Америке, будет сделано. Это были последние слова Бахметева, записанные Линком.
Бахметев подчеркнуто дистанцировался от русской эмигрантской политики. Однако это вовсе не означало его ухода от русских дел и интересов. Он стал основателем и директором Гуманитарного фонда, оказывал финансовую поддержку Фонду помощи русским студентам. Бахметев был и главным спонсором Гуманитарного фонда, направляя на его нужды средства, заработанные в спичечном бизнесе. Фонд (фактически его делами по большей части занимался М.М.Карпович, готовивший для Бахметева заключения по тем или иным проектам) оказал поддержку для подготовки различных работ Г.В.Вернадскому, Н.В.Валентинову-Вольскому, гр.П.Н.Игнатьеву, А.Ф.Керенскому, Н.О.Лосскому, С.П.Мельгунову, С.Н.Прокоповичу, Г.П.Федотову и др., оказывал помощь в связи с болезнью И.А.Бунину, А.Л.Толстой, отчасти финансировал издание нью-йоркского Нового журнала, заменившего, в известном смысле, парижские Современные записки, выделял средства русскому детскому дому и русской гимназии в Париже. На средства Бахметева был основан Архив русской истории и культуры в Батлеровской библиотеке Колумбийского университета, среди исследователей более известный как Бахметьевский архив.