В марте 1899 г. св. Рафаил получил от еп. Тихона разрешение начать сбор средств для устройства кладбища и для строительства новой церкви вместо часовни, расположенной в старом здании на загрязненной улице. Весной он отправился в еще одну пастырскую поездку по сорока трем городам. Семь месяцев провел он в северо-восточных, южных и среднезападных регионах Соединенных Штатов, пересекая страну по суше и по морю, преодолевая препятствия и трудности, возникавшие на его пути. св. Рафаил служил грекам и россиянам столь же усердно, как и арабам, совершая венчания, крещения и восполняя Таинство брака тех православных людей, которые сочетались браком у неправославного духовенства. Бывало, он миропомазывал некоторых детей, крещенных католическими священниками. В Пенсильвании в городе Джонстауне он сумел примирить тех, личная вражда которых грозила расколом арабской общине. Если гражданским судам не удавалось водворить мир, то св. Рафаил восстанавливал спокойствие и прекращал горькую вражду. В Джонстауне он получил телеграмму об избрании митрополита Мелетия (Даумани) патриархом Антиохийским. В великой радости поведал св. Рафаил своему народу, что впервые за 168 лет коренной араб был избран предстоятелем Антиохийской Церкви.
После утверждения в должности нового патриарха, арх. Рафаилу предложили стать преемником Мелетия - митрополитом Латакским. Патриарх однако заявил, что св. Синод не может избрать о. Рафаила по причине важности его служения в Америке. В 1901 г. митрополит Бейрутский написал арх. Рафаилу просьбу стать его викарным епископом, на которую получил ответ, что не может покинуть вверенную ему паству в Америке, так как, прежде всего, он хочет построить постоянно-действующий храм и приобрести приходское кладбище. Проблема кладбища была решена в августе 1901 г., когда о. Рафаил купил часть Оливетского кладбища в Лонг-Айленде.
В декабре 1905 г. арх. Рафаил был избран епископом Захлетским. Патриарх Мелетий прислал ему телеграмму с поздравлением и просьбой вернуться. Отец Рафаил поблагодарил патриарха, но и на сей раз уклонился от высокого сана, выражая сильное желание осуществить свой замысел о сооружении храма для Сирийской общины в Нью-Йорке. На следующий год им было куплено церковное здание, которое как раз в то время продавалось на улице Пасифик в Бруклине, и переделал его для православного богослужения. Освящал церковь - к великой радости присутствующей паствы - еп. Тихон. Так завершился второй главный замысел св. Рафаила.
Число приходов в епархии Северной Америки постоянно возрастало и посещение их всех еп. Тихоном стало неосуществимым. Требовалась реорганизация епархии с тем, чтобы управление ею было более эффективным, и еп. Тихон представил Российскому Св. Синоду план переноса епархиального центра из Сан-Франциско в Нью-Йорк, т. к. большинство приходов и пасомых было сосредоточено на востоке. А поскольку различные этнические группы пасомых требовали особого внимания и пастырского руководства, еп. Тихон предложил сделать арх. Рафаила своим вторым викарным епископом (первый - еп. Аляскинский).
В 1903 г. Св. Синод Русской Церкви единодушно избрал архим. Рафаила епископом Бруклинским, и одновременно продолжающим быть главой Сиро-Арабской Миссии в Северной Америке. Св. Синод доложил об этом избрании патриарху Мелетию и тот с радостью принял решение Синода. Еп. Тихон письменно известил св. Рафаила об его избрании и в ответ получил письмо с выражением согласия. Тем временем о. Иннокентий Пустынский был посвящен в епископы, первого викария еп. Тихона в соборе Казанской иконы Божией Матери в Санкт-Петербурге.
В третье воскресенье Великого поста 1904 г. св. Рафаил стал первым православным епископом, возведенным в этот сан на Американской земле. Посвящение было совершено в соборе свт. Николая в Бруклине еп. Тихоном и еп. Иннокентием. Облачения для нового епископа были даром царя Николая II. После посвящения еп. Рафаил продолжил свои пастырские труды, рукополагая священников и назначая их на приходы, помогая еп. Тихону в управлении епархией.
В конце 1904 г. еп. Рафаил заявил о своем намерении издавать официальный журнал Сиро-Арабской миссии под названием "Слово" (Al-Kalimat). Предполагалось, что такой журнал мог бы теснее связать людей с приходами его епархии. Еп. Рафаил понимал, что он не сможет лично посетить всех православных христиан Северной Америки, но сможет при помощи печатного слова проповедовать слово о спасении даже тем, кого никогда не встретит. Журнал должен был быть духовного, нравственного и церковного содержания, способствующего укреплению веры у людей. Журнал фокусировал внимание на пяти темах: догматические истины, нравственное воспитание, историческая и современная церковная тематика, хроника крещений, венчаний и т.д. и официальные сообщения. Первый выпуск журнала вышел в январе 1905 г., и св. Рафаил оценил это событие как веху равную по значимости приобретению собора свт. Николая и приходского кладбища.
В июле 1905 г. св. Рафаил освятил территорию, отведенную для Свято-Тихоновского монастыря, и благословил приют для сирот в Южном Канаане в Пенсильвании. Через три дня он председательствовал на собрании духовенства епархии в Олд-Фордже (в Пенсильвании), т.к. архиеп. Тихон находился в Сан-Франциско. Среди духовенства присутствовали трое, которые впоследствии будут причислены в лику святых: о. Алексий Товт, о. Александр Хотовицкий и о. Иоанн Кочуров (двое последних примут мученическую кончину в России).
В следующие 10 лет еп. Рафаил заботился о своей растущей пастве. С ростом Нью-Йоркской общины стало расти число детей, и он был озабочен их будущим. Он хотел основать вечернюю школу, чтобы учить их в Духе Христовом, т.к. будущее Церкви в этой стране зависело от образования молодежи. Дети, не говорящие по-арабски, уже ходили в неправославные храмы, где занятия в воскресных школах велись на английском языке. Еп. Рафаил видел настоятельную необходимость в использовании английского языка в богослужении и образовании для развития Сиро-Арабской миссии. Внимая словам ап. Павла о молитве на понятном народу языке, св. Рафаил рекомендовал использовать во всех своих приходах служебник, переведенный на английский язык Изабеллой Хэпгуд (Isabella Hapgood).
В марте 1907 г. св. Тихон вернулся в Россию и его место занял архиеп. Платон. Вновь св. Рафаил оказался необходим для епископского служения в Сирии, и в связи с этим был выдвинут на место митрополита Трипольского после избрания Григория патриархом в 1908 г.
Однако св. Синод Антиохии отклонил кандидатуру Рафаила, ссылаясь на каноны, запрещающие перемещения епископов из одного города в другой.
На праздник Торжества Православия в 1911 г. еп. Рафаила поздравляли с 15-летием его служения в Америке. Архиеп. Платон преподнес ему в дар икону Спасителя в серебряном окладе и поблагодарил за служение. По своему смирению св. Рафаил никак не мог понять, почему его так чествуют, ведь он всего лишь исполняет свой долг; он считал себя "рабом неключимым", хотя в совершенстве исполнял служение ему порученное (св. Игнатий Антиохийский, письмо к Ефесянам).
К концу 1912 г. еп. Рафаил во время своих трудов занемог. Доктора признали сердечную недостаточность, которая и стала впоследствии причиной его смерти. Через две недели он почувствовал себя достаточно сильным, чтобы отслужить Литургию в своем соборе.
В 1913-14 гг. этот епископ-миссионер продолжал совершать пастырские поездки в разные города. В 1915 г. он вновь заболевает и проводит два месяца дома, с терпением перенося свое недомогание. 14/27 февраля, в 12:40 он почил от трудов своих. Его позвали - ответа не было. Его потрясли - но он уже отошел.
С самой юности, для св. Рафаила не было большей радости, чем служить Церкви. По прибытии в Америку он нашел здесь свою паству разбросанной повсюду и призвал ее к единению. Он никогда не пренебрегал своей паствой: ездил по всей Америке, Канаде и Мексике в поисках тех, о ком смог бы заботиться, удерживал их от уклонения "на чужие пастбища" и защищал от духовного вреда. В течение 20 лет своего верного служения он наставлял их и помогал им возрастать. К моменту смерти святителя, Сиро-арабская миссия имела 30 приходов с 25 тысячами верующих. Он был также ученым и автором нескольких книг. Его перу принадлежит большинство статей в "Слове". Он служил не только своей арабской общине, но наставлял греков и русских, говоря с ними на их языке. Он прекрасно владел английским и поощрял использование этого языка в церковнослужении и образовании.
Св. Рафаил общался с самыми разными людьми и был для них заботливым отцом. Он заслужил их любовь и уважение, прежде всего, своей собственной любовью к ним, а также своим обаянием и прекрасным характером. К людям он всегда был добр, милосерден и снисходителен, но строг к себе. Он довел до конца много добрых начинаний в своей жизни, и теперь со святыми ангелами непрестанно возносит молитвы и славословия Богу.
Молитвами Святителя Рафаила да возможем и мы заслужить Царствие Небесное. Аминь!
Перевод с английского группы студентов Сретенского училища