Последовательно разрабатывая закономерности анатомического строения мышц ,костей и суставов и их функциональных особенностей ,П.Ф. выявил решающее значение мышц в формировании суставных поверхностей .Одним из первых он установил ,что особенности функции мышц зависят от способа соединения друг с другом пучков мышечных волокон .Серьезные анатомические исследования в сочетании с математическими расчетами легли в основу изучения простых и сложных суставов .Такие его труды, как «Архитектура костей» , «О соединение костей между собой» , «О причинах ,влияющих на форму костей» ,глубокие исследования архитектоники таза ,и позволили сделать важные выводы для практической медицины ,в частности травматологии и ортопедии .
29 января 1881 г. Л. читает доклад в Обществе русских врачей столицы «О положении желудка и об отношении его формы к отправлению» .Доклад основывался на результатах, полученных при исследовании очень большого материала, позволившего автору доклада опровергнуть существовавшее мнение о горизонтальном расположении желудка. Он явился своего рода сенсацией ,ибо прозвучал настолько убедительно и неопровержимо ,что заставил известного европейского анатома В. Гиса признаться в том, что его рисунок желудка в анатомических атласах не верен .
Работу на кафедре Петр Францевич Лесгафт успешно сочетал с участием в комиссии по школьной гигиене при Педагогическом музее военно- учебных заведений.
Целиком отдаваясь служебным и общественным делам ,Л. не мог уделять достаточно внимания жене и сыну .Отношения в семье складывались не просто ,поэтому Елизавета Андреевна- приняла решение жить отдельно .Л. помогал своей семье деньгами ,следил за духовным и физическим развитием сына, но ,видимо ,решение ,принятое Елизаветой ,его устраивало .Борис Петрович Лесгафт успешно закончил Военно- медицинскую академию ,служил военным врачом ,участвовал в русско- японской войне. Умер он в 1944 г. на 85- ом году жизни .
В 1881 г. изменилось наименование академии ,где трудился Л. :вместо Медик- хирургической она стала называться Военно- медицинской .А в 1884 г. в академии восстановили первые 2 курса ,незадолго перед тем упраздненные ,и возникла необходимость учредить должность еще одного прозектора для чтения лекций и проведения занятий по описательной анатомии .Были выдвинуты 2две кандидатуры :Лесгафт и Таренецкий ,и голосованием был выбран последний .Это решение Л. воспринял как незаслуженное оскорбление и подал в отставку. Этот шаг дался ему нелегко .Он терял слишком многое ,терял то ,что любил ,что считал своим предназначением .
Уйдя из академии ,он лишился постоянного заработка ,а именно сейчас ему были нужны деньги как никогда :умер его брат Ф.Ф.Л. ,оставив 4- х детей ,и Петр Францевич Лесгафт был назначен их опекуном ,а также нужно было помогать жене и сыну .Источником для существования могли служить только платные лекции и публикация научных работ .По счастью ,возможность читать лекции представилась ему почти сразу после увольнения. Он начинает читать каждую неделю лекции в Педагогическом музее военно- учебных заведений ,в Соляном городке .И время от времени на страницах столичных газет появляются непременно положительные отзывы об этих лекциях .
Свободное время Л. использовал для завершения начатых в академии работ ,писал статьи и переводы .В 1885 г. вторым изданием вышло «Семейное воспитание ребенка и его значение» ,опубликовалась первая часть «Общей анатомии» .Лишившись возможности преподавать в академии ,он перенес всю свою энергию на домашние анатомические курсы .Лекции на этих курсах оказывали огромное воздействие на слушателей и слушательниц .Они заставляли задуматься о смысле жизни ,о ценностях истинных и ложных .Часто родители слушателей писали жалобы на Л. в Жандармское управление и Министерство народного просвещения ,о его вредном влиянии на умы молодежи .В это же время Л. ходатайствует о разрешении читать лекции в университете на правах приват- доцента ,но получает отказ ,так как находился под полицейским надзором как лицо неблагонадежное и нежелательное в стенах учебных заведений.
Только в 1885 г. он получил разрешение императора на преподавательскую деятельность и был приглашен руководить организацией занятий гимнастикой в «Фихтовально- гимнастическом кадре» .Новый учебный центр должен был заниматься усовершенствования учителей гимнастики и фехтования для армии .Но командиры частей не видели необходимости в током учебном центре и он был закрыт .Л. оказался неудел и вновь подал прошение с просьбой предоставить ему возможность читать лекции в университете .На этот раз высочайшее соизволение было получено ,и в начале сентября 1886 г. П.Ф. начинает работать .Помимо лекций он ведет и практические занятия по анатомии ,делает многочисленные опыты по изучению строения и функций опорно- двигательного аппарата ,выявляет устойчивость костной и мышечной тканей к различным внешним механическим воздействиям .Л. впервые в истории отечественного медицинского образования организовал занятия со студентами в механической мастерской Института инженеров путей сообщения. Здесь он проводит опыты для исследования свойств костно- мышечной ткани .Анатом ,владеющий методом математического анализа ,он был новым типом ученого- исследователя в области анатомо- физиологических наук ,он учил студентов использовать математические расчеты при проверке данных .
Казалось ,чтение лекций в университете ,проведение практических занятий ,работа в комиссии по техническому образованию ,домашние курсы не оставляют никакого времени для других дел .Однако П.Ф. умудряется еще читать публичные лекции ,выступать с докладами на заседаниях Русского антропологического общества ,два- три раза в неделю вести занятия в училище лекарских помощниц и фельдшериц .За лечение на дому Л. не брал ,но если какой- нибудь состоятельный посетитель настаивал на выплате «докторского гонорара» ,П.Ф. просил передать деньги в приют для детей- калек .Этому принципу он следовал всю жизнь .Ни один пациент не мог сказать ,,что Л. лечил его за деньги .А лечить ему приходилось многих .И в Петербурге в дни приемов ,и летом ,когда выезжал на Волгу в село Красное отдохнуть ,и даже в Швейцарии, в Ливорно, где он часто бывал и любил совершать пешие прогулки в горы.
Особенностью врачебной деятельностью Л. была исключительная вера в простых ,доступных каждому средств .Он назначал больным прогулки ,плавание ,лечебную гимнастику ,свободную и удобную одежду и обувь .Он ненавидел модные корсеты и узкую обувь ,заметив бледную девушку с туго перетянутой талией ,он тут же ставил диагноз :деформация печени .
В 1893 г. один из учеников Л. ,И.М.Сибиряков ,владелец многомиллионного состояния ,передал в распоряжение Л. 200 тысяч рублей и дом ,стоивший 250 тысяч рублей .В доме было решено открыть «Естественно- исторический музей» ,где сосредоточить богатые анатомические ,зоологические и антропологические коллекции ,созданные за годы существования курсов ,и развернуть в музее разнообразную учебную и научно- исследовательскую работу .Но прежде нужно было получить разрешение на открытие музея .Долго занимались составлением устава ,который бы устроил всех ,и только в октябре 1894 г. было получено разрешение на открытие Биологической лаборатории .В ней предполагалось 4 отдела :по ботанике ,зоологии ,сравнительной анатомии с эмбриологией и по геологии .П.Ф. начинает заказывать в Париже ,Неаполе ,Праге скелеты зверей и рыб ,разнообразие эмбриологические и анатомические препараты ,закупал ботанические и зоологические коллекции .Устраивают террариум ,несколько больших аквариумов ,ставят клетки для птиц и грызунов .Благодаря щедрой закупке материалов и поступлению частных коллекций ,Биологическая лаборатория через какие- нибудь полтора- два года превратилась в крупный ,прекрасно оснащенный научный центр ,позволявший проводить экспериментальные и исследовательские работы в области анатомии ,физиологии ,ботаники ,зоологии и других естественных наук .Руководство отделениями лаборатории приняли на себя видные ученые :А.О.Ковалевский, И.Р.Тарханов, В.В.Половцев, О.А.Гримм.
Ко времени открытия Биологической лаборатории авторитет самого Петра Францевич Лесгафта был признан повсеместно ,он был избран почетным членом многих научных обществ .Желающих заниматься в лаборатории было больше чем достаточно .Уже в год ее открытия здесь начали ставить опыты по воздействию света на рост живых организмов ,изучать симпатическую нервную систему приматов ,выполнять такие анатомические работы и другие исследования .Исследователи из лаборатории совершали поездки с научной целью в разные районы России и заграницу ,возвращаясь они привозили гербарии ,минералогические и энтомологические коллекции ,антропологический и этнографический материал .С 1896 г. началось издание специального журнала- «Известия Санкт- Петербургской Биологической лаборатории» ,в котором читались научные труды Петра Францевич Лесгафта ,его учеников ,учениц ,начинающих или признанных ученых .Редактировал все статьи ,устанавливал очередность всех публикаций ,определял объем каждого выпуска журнала сам Л. .Он никому не передавал эту работу.
Одним из первых Петр Францевич Лесгафт откликнулся на открытие «лучей Рентгена». Уже в 1897 г. Л. поместил в «Известиях» свою небольшую статью- «О применении лучей Рентгена к анатомическим исследованиям живого человека» .