Но Костомарова не легко было запугать. Весной 1843 г. он подал в Харьковский университет первую на Украине историко-этнографическую диссертацию и защитил её 13 января 1844 г., несмотря на сопротивление консервативной профессуры. Впрочем, и «Библиотека для чтения» О.И.Сенковского скептически отнеслась тогда к работе «об историческом значении русской поэзии», да и В.Г.Белинский писал в «Отечественных записках» в том смысле, что «народная поэзия есть такой предмет, которым может заниматься только тот, кто не в состоянии или не хочет заняться чем-нибудь дельнее».1
Под эту полемику Николай Иванович опубликовал исследование восстания Наливайко (1843), первым из учёных обратил пристальное внимание на знаменитые ныне летописи Величко, Самовидца, Грабянки, Ригельмана и многие другие важнейшие памятники украинской истории, большинство которых потом было издано им и его единомышленниками (И.И.Срезневским, О.М.Бодянским и др.). Между тем он потерял должность в университете (вызвав из-за девушки на дуэль своего соперника), и, преподавая в ровенской гимназии, продолжал изучение народной жизни на Украине. Историк получил «ужасающие сведения». «Каторга лучше была бы для них!»2 – писал о крестьянах Костомаров. Из огромной массы собранных им источников медленно вырастал «Богдан Хмельницкий» – эпопея мощного народного движения против иноверных угнетателей, народной войны «за волю», за воссоединение с Россией.
Чисто научная деятельность казалась историку недостаточной. И хотя Костомаров в своих воспоминаниях и писал, что он с этого момента «начал жить в совершенном уединении, погрузившись в занятия историею»1, он не стал кабинетным учёным, своего рода Пименом, равнодушным к «добру и злу». Он не оставался глухим к зову реалий современной ему жизни, впитывая и разделяя освободительные идеи передовых людей России и Украины, широко распространявшиеся в начале 40-х годов позапрошлого столетия. Перебравшись в Киев, он осенью 1845 г. становится одним из организаторов тайного «братства св. Кирила и Мефодия» и пишет его устав. То, что общество было тайным, политического, а не научного характера, подтверждается неосведомлённостью о его существовании Алины Леонтьевны Крагельской (впоследствии Костомаровой), уже в то время обруяённой с Н.И.Костомаровым. В этой связи А.Л. Крагельская писала: «Он (Н.И.Костомаров) говорил мне о своей заветной идее – необходимости единения славян, объяснял, что кольцо, находившееся у него на руке, с вырезанною внутри надписью: «Св.Кирилл и Мефодий», носит как символ единения славян, но о составлении устава «Кирилло-Мефодивского общества» не упоминал.2 Им же была разработана и программа, изложенная в «Уставе и правилах» общества, в его программном документе – «Книге бытия Украинского народа, а также в воззваниях «Братья украинцы!», «Братья великороссияне и поляки!»3. «Речь шла о пропаганде идей освобождения и единения славянских народов, которая «в нашем воображении не ограничивалась уже сферою науки и поэзии…стал нам представляться федеративный строй, как самое счастливое течение общественной жизни славянских наций. Мы стали воображать все славянские народы соединённые между собою в федерации, подобно древним греческим республикам, или Соединённым Штатам Северной Америки…всеобщее уничтожение крепостного права и рабства, в каком бы то ни было виде…полнейшая свобода вероисповедания и национальностей и отвержение иезуитского правила об освящении средств целями…»4.
Костомаров все силы отдавал пропаганде идей тайного общества, привлёк в него Т.Г.Шевченко – «народного вождя, возбудителя к новой жизни», чей гений был не доступен тем, «которые не доразвились до свободы от предрассудков сословности, национальности и воспитания»5. Летом 1846 г. Николай Иванович получил возможность распространять идеи тайного общества с кафедры русской истории Киевского университета (его лекции «Славянская мифология» успели выйти в свет в 1847 г.). В марте 1847 г. адъюнкт-профессору Костомарову было выдано разрешение на брак с А.Л.Крагельской. Накануне венчания он был схвачен и спешно отправлен в Петербург. Правительство оценило опасность идей гражданских свобод, политического равноправия и свободного культурного развития всех, включая самые малые народностей империи. Костомаров провёл год в Петропавловской крепости, сочинения его одно время были запрещены к печатанию, полицейский надзор был пожизненный.
Местом ссылки Николая Ивановича был город Саратов, где, как и в крепости, оказались тогда избранные люди России. Здесь началась его дружба с Н.Г.Чернышевским, А.Н.Пыпиным, Д.Л.Мордовцевым и др. В губернском правлении, к секретным делам которого Костомарова неосторожно допустили, обнаружились материалы по истории раскола, которому историк посвятил затем много трудов. В периодике появились анонимно изданные им местные народные песни, после чего «высшая правительственная власть» повелела уволить цензора без пенсии. В Саратове же были в основном написаны произведения, которые сразу по окончании ссылки поставили учёного в ряд выдающихся историков России. Как в годы освободительного движения, в годы участия в движении «братства», так и впоследствии его научные исследования соотносились с действительностью, современной учёному, шаг за шагом раскрывали историю народа, жизнь его деятелей. Вполне справедливо мнение учёного о том, что «история, занимаясь народом, имеет целью изложить движение жизни народа»1. Исторические монографии учёного публиковались журналами и многократно переиздавались в XIX – начале XX в. как важнейший материал российской общественной жизни. В данной работе назовём лишь главные из множества работ, вышедших по возвращении его из ссылки: «Иван Свирговский, украинский гетман XVI века» («Москвитянин», 1855); «Борьба украинских козаков с Польшею в первой половине XVII века до Богдана Хмельницкого» («Отечественные Записки», 1856); «Богдан Хмельницкий и возвращение Южной Руси к России» (там же, 1857); «Очерк торговли Московского государства в XVI и XVII столетиях» («Современник», 1857-1858); «Бунт Стеньки Разина» («Отечественные Записки», 1858), а также масса изданий народных песен и повестей (в том числе знаменитые «Горе-Злочастье»), статьи о начале крепостничества и др.
В 1858 г. Совет Казанского университета избрал Костомарова профессором, но министерство народного просвещения наложило вето. Труднее для министерства было противостоять Совету Петербургского университета, профессором которого Николай Иванович стал в 1859 г. после захватившего передовую общественность печатного спора с М.П.Погодиным о крепостничестве. В следующем году, ознаменованном «Очерком домашней жизни и нравов великорусского народа в XVI и XVII столетиях» («Современник», 1860) и работой «Русские инородцы. Литовское племя и отношения его русской истории» («Русское слово», №5), состоялся публичный спор с Погодиным по поводу концепции происхождения Древнерусского государства от норманов; Костомаров пришёл к выводу, что «самая история призвания князей есть не что иное, как басня»1.
Середина XIX века ознаменована стремительным ростом освободительного движения в России. Н.И. Костомаров не остался в стороне от веяний времени. В своём исследовании «Севернорусские народоправства во времена удельно-вечевого уклада. Новгород-Псков-Вятка» (СПб., 1863) он отмечал, что народоправство и любовь к свободе были у истоков русской культуры, доказывая это анализом исторических фактов.
Исследования и полемика о земских соборах продолжали тему. Проблему выбора пути, факторов, определивших сохранение самодержавного строя в критический для России период, Костомаров рассмотрел в капитальной монографии «Смутное время Московского государства» («Вестник Европы», 1866-1867). Ученый вновь попал в цель, как подтверждала жаркая полемика в печати об Иване Сусанине, Лжедмитрии I, М.В.Скопине –Шуйском и других героях «Смуты», о самих её причинах. Ответы Костомарова на полемические послания М.П.Погодина и его сторонников относительно Куликовской битвы, начала единодержавия на Руси, показывали читателю, что именно «народная духовная жизнь» есть «основа и объяснение всякого политического события, поверка и суд всякого учреждения и закона»; об этом говорил Костомаров во вступительной части своего лекционного курса истории Руси.2
Николай Иванович не опубликовал свои лекции по истории, за исключение м вводной части с обзором источников, а так же отрывков «Великорусские религиозные вольнодумцы в XVI веке», но его « Исторические монографии и исследования» стали подлинной исторической энциклопедией с древнейших времён до конца XVIII в. Стремясь донести результаты научных изысканий до широкого читателя, историк создал «Русскую историю в жизнеописаниях её главнейших деятелей», издававшуюся многажды, написал «Бытовые очерки из русской истории XVIII века» и другие работы. Вместе они составляют один из лучших курсов истории России.
За работами об украинских бунтарях XVI-началаXVII в., освободительной войне и воссоединении Украины с Россией последовали новые очерки: «Гетманство Юрия Хмельницкого» («Вестник Европы», 1868); «Руина. Историческая монография. 1663-1687» ( там же, 1879-1880); «Мазепа» и «Мазепинцы» («Русская мысль», 1882 и 1884). Подчёркивая историческую обусловленность стремления «единокровных» народов к единству, Николай Иванович не находил возможным отождествлять их интересы с интересами самодержавия и отдельных украинских владык. Дифференцированно рассматривал он и историю Речи Посполитой, большую часть населения которой в XVI-XVII вв. составляли украинцы и белорусы, и собственно Польши. Не случайно его капитальное исследование «Последние годы Речи Посполитой» («Вестник Европы», 1869) получило продолжение – «Костюшко и революция 1794 года» (там же, 1870).