Коммунисты утверждали, что этот процесс не имеет ничего общего с борьбой с религией. В одном из изданий писали следующее: "Не религия, а лишь борьба с революцией, скрываемая под маской веры, привела архиепископа Цепляка и его 14 сотоварищей на скамью подсудимых. Потому что Советская власть никого за религиозные убеждения к суду не привлекает. Она в совершенстве понимает, что религиозные предубеждения, которые на протяжении веков укоренились в сознании масс, силой не победишь. Не в ее интересах делать из священников мучеников за веру". И это важно, так как все последующие процессы против католического духовенства основывались именно на политических или экономических обвинениях.
Этот процесс был весьма своеобразной благодарностью за помощь, оказываемую Католической Церковью в борьбе с голодом на Поволжье. В это время там работала Папская миссия, раздававшая голодающим бесплатные продукты. После процесса многие полагали, что миссия свернет свою деятельность, однако она продолжила свою работу.
Год спустя архиепископ Цепляк был освобожден из заключения, вывезен на российско-латвийскую границу и изгнан из страны без денег и средств к существованию. В Вербное воскресение 1924 года он прибыл в Варшаву, откуда через месяц переехал в Рим в полное распоряжение Папы.
Во время своего пребывания в Апостольской Столице он неоднократно встречался с Пием XI. Тема их бесед была одна - религиозная ситуация в СССР и положение там католиков.
В начале 1925 года архиепископ по приглашению американского епископата выехал в Соединенные Штаты. Там он посетил около 400 церквей и произнес около 800 проповедей. 14 декабря 1925 года Папа назначил его митрополитом Виленским. Цепляк мечтал о пастырской работе в Вильно, но годы гонений дали о себе знать, здоровье 69-летнего епископа было подорвано. Владыка слег. 11 февраля 1926 он уже не смог подняться с постели. Его перевезли в больницу Пресвятой Девы Марии в Джерси Сити. Там 17 февраля в 10 часов вечера архиепископ скончался. Тело Виленского митрополита было перевезено в кафедральный собор города Вильно, до которого владыка при жизни так и не смог доехать.
В 1952 году начался беатификационный процесс архиепископа Иоанна Цепляка.
Завершая рассказ о владыке Иоанне, хотелось бы привести слова священника Яна Василевского, который трудился вместе с ним на Невских берегах. "Главными чертами характера архиепископа Цепляка, наряду с бесспорным смирением, были врожденная мягкость и доброта. Этим он привлекал людей и неоднократно превращал врагов в друзей. В архиепископе не было ничего искусственного, наигранного. Каким он был у алтаря, таким он был и в компании: приятным, спокойным, учтивым. Он любил детей и молодежь и проводил время с ними. Он часто проповедовал, и его прекрасные простые слова бальзамом текли в сердца слушающих. Способный по натуре, он приобрел богатые богословские знания. Он был доброжелателен ко всем. Как епископ, он заботился обо всех и ко всем относился как к братьям: русским, полякам, латышам, литовцам, белорусам и немцам. Поэтому нет ничего удивительного, что его смерть не оставила никого равнодушным".
Михаил Фатеев