В марте 1655 г. на соборе с участием греков Никон закрепил решение об исправлении русских церковнослужебных книг и обрядов по образцу древних и истинных греческих. Оценка его мотивов затруднена тем, что сам Никон, не говоря о современниках, характеризовал их по разному, при этом все публичные доводы, начиная с важнейших, были ложными. Служебник 1656 г. уверял, что на соборе в Москве первым делом была оглашена грамота патриарха Паисия о решениях константинопольского собора. Похвалив "возлюбленного брата и сослужебника", Константинопольский патриарх благословлял его на устранение разногласий в обрядах, положительно ответил на все 27 вопросов Никона и указал на другие подлежащие исправлению "нововведения" Русской церкви.
В действительности грамота не могла читаться перед собором: она пришла в Москву через два месяца после его окончания. Константинопольское духовенство московские затеи не поддержало, а Паисий предостерег Никона от внесения раздоров в Церковь: "Ты жалуешься сильно на несогласие в кое-каких порядках, существующих в Поместных церквях, и думаешь: не вредят ли эти различные порядки нашей вере? В ответ на это мы похваляем мысль - поелику кто боится впасть в малые погрешности, тот предохраняет себя от великих, но исправляем опасение... Если случится, что какая-нибудь Церковь будет отличаться от другой какими-либо порядками, неважными и несущественными для веры, или такими, которые не касаются главных членов веры, а относятся к числу незначительных церковных порядков, каково, например, время совершения литургии или вопрос о том, какими перстами должен благословлять священник, и подобные, то это не должно производить никакого разделения, если только сохраняется неизменно одна и та же вера. Это потому, что Церковь не с самого начала получила тот устав чинопоследований, который содержит в настоящее время, а мало-помалу... Рабу Господню не подобает устраивать свары (2 Тим. 2:24), и особенно в вещах, которые не принадлежат к числу главных, и существенных, и членов веры...".
Соборный ответ Никону гласил, что русские могут креститься и двумя перстами, как греки - тремя, это дело безразличное, "лишь бы только благословляющий и благословляемый имели в мысли, что это благословение нисходит от Иисуса Христа". Даже обвинить Иоанна Неронова и епископа Павла эта грамота помогла лишь постольку, поскольку Никон солгал, написав Паисию, что их книги и обряды противны и Русской церкви, и Греческой, что они вводят совсем новые порядки. В действительности в вопросе о введении трехперстного крещения все было против Никона: древние книги и иконы, старинные сочинения Максима Грека и митрополита Даниила, решение Стоглавого собора и всенародная привычка. Против нового обычая греков ясно говорили их собственные старинные источники. В частности, Никону пришлось собрать еще один церковный собор в феврале 1656 г. и заставить Макария Антиохийского торжественно опровергнуть Сказание о его предшественнике на престоле - святом Мелетии Антиохийском. Тогда восточный патриарх выкрутился, ловко, но ложно, назвав двоеперстие арменоподражательной ересью.
Затем, в Неделю православия 1656 г., на торжественной службе в Успенском соборе Макарий с Никейским митрополитом Григорием и Сербским архиепископом Гавриилом перед всем духовенством, двором и народом явили троеперстное крещение и рекли: "Кто иначе, двумя персты крещение и благословение творит, тот проклят есть!" Мало того, когда вскоре прибыл в Москву Молдавский митрополит Гедеон, пришлось у него и первых троих взять письменное свидетельство, что Православная церковь "предание приняла от начала веры, от святых апостолов, и святых отцов, и святых семи соборов творить знамение честнаго креста тремя первыми перстами правой руки, и кто от православных не творит крест так, по преданию Восточной церкви, еже она держит от начала веры даже до днесь, есть еретик и подражатель армянам, и потому отлучен от Отца, и Сына, и Святого Духа и проклят!"
Лишь после этого в апреле 1656 г. был созван собор русских архиереев и патриарх произнес речь о необходимости исправления русских чинов и обрядов, особенно об искоренении двоеперстия. Никон сослался на послание Константинопольского патриарха Паисия с осуждением двоеперстия, указал на все перечисленные выступления и проклятия, уверил, что двуперстие повелось на Руси совсем недавно, после напечатания в Москве Псалтири еретика Феодорита, указал, какого решения от архиереев ожидает он, их владыка (если, конечно, им не улыбается участь Павла Коломенского). Наконец, сторонники двуперстного крестного знамения были соборно отлучены от Церкви и прокляты.
Неясно, кто на московских соборах 1655 и 1656 гг. был инициатором. Никон изо всех сил показывал, что опирается на высший авторитет восточного духовенства и следует советам патриарха Макария Антиохийского: "Я русский, сын русского, но мои убеждения и моя вера греческие". Такова была позиция царя Алексея Михайловича со многими боярами: светская власть, по крайней мере на публичном уровне, не меньше Никона желала полного единения Русской церкви с Восточной. Когда Никон воспротивился мнению Макария, что на Богоявление надо освящать воду дважды, государь бросился на него с бранью: "Ты мужик, блядин сын!" "Я твой духовный отец, зачем ты оскорбляешь меня?!" - кротко сказал Никон. "Не ты мой отец, - отрезал царь, - а святой патриарх Антиохийский воистину мой отец!"
Диалог впечатляет, но тонкость в том, что даже в этом споре Никон настоял на своем. В годы его всевластия неизвестен достоверный случай, когда бы царь решил какой-нибудь связанный с Церковью вопрос против воли Никона. Сомнения современников во всячески превозносимой Никоном инициативной роли патриарха Макария демонстрирует эпизод с переменой церковного облачения. Сочтя, что "рогатый" греческий клобук (его ныне носят русские иереи, кроме патриарха) более ему к лицу, чем русский, Никон понял, что переменить одеяние первых святых митрополитов будет непросто. Предупреждая ропот среди духовенства и прихожан, он втайне велел изготовить клобук по покрою греческих, но по-прежнему белый, с херувимом, вышитым над глазами золотом и жемчугом. Никон долго мерил его перед зеркалом и остался доволен. В соборе он незаметно передал его в алтаре патриарху Антиохийскому. Макарий с обновой в руках подошел к царскому месту и сказал Алексею Михайловичу: "Нас четыре восточных патриарха в мире и одеяние у нас одинаковое. С нашего разрешения поставлен брат наш Московским патриархом - в равном достоинстве с древним благочестивым папой Римским, в знак чего отличается от нас белым одеянием. Если угодно твоему царскому величеству, я желал бы надеть на него этот клобук, который сделал для него, чтобы он носил его подобно нам!" Царь, уловив, что белый клобук на греческий образец свидетельствует о признании особого места Московского патриарха в Православной церкви, сказал: "Батюшка, добро!" Он принял от Макария клобук, поцеловал его, просил Никона снять старый убор и надел ему новый, действительно красивый и величественный 16.
Наиболее несостоятельно мнение, что вносить изменения в русские богослужебные книги и обряды Никона подвигло сравнение текстов авторитетных источников. Несколько лет его сердцу была особенно близка ложь, будто исправление книг и обрядов на московском соборе и после него делалось по древним греческим и славянским книгам, которые между собой согласовались, а в новых московских печатных книгах против них были прегрешения. Подкреплена она была хорошо. Более пятисот греческих книг привез с Востока первый русский учёный археограф Арсений Суханов, не менее двухсот книг прислали тогда в Москву Иерусалимский, Антиохийский и Александрийский патриархи, восточные митрополиты и архиепископы, много древних рукописей было собрано в России 17. Официальная версия гласит, что прочтя их и рассудив, русские и греческие архиереи соборно решили исправить накопившиеся на Руси ошибки в текстах и ритуалах, в том числе в вопросе о перстосложении.
Во-первых, принимая решения об исправлениях обрядов, иерархи этих "древних харатейных" (пергаменных) книг не прочли. Во-вторых, если бы они их прочли, то не смогли бы с чистой совестью "обрести" в древних книгах троеперстное крестное знамение и благословение: на древних иконах каждый мог видеть два перста сложенные, и в ветхих славянских и греческих рукописях люди то же читали. В третьих, при подготовке к печати русские богослужебные книги давно сверялись специалистами-справщиками с древними рукописями 1Х. Эта работа до Никона была не вполне удовлетворительна, но при нем приняла гротескные формы. Справщиком патриарх поставил Арсения Грека, который учился в греческой иезуитской коллегии в Риме, стал мусульманином, потом униатом, за еретичество сидел на Соловках, где его и нашел Никон 19. Доказано, что он и другие редакторы Никона правили книги не по древним, а по новогреческим, отпечатанным в Венеции, Риме, Париже и т. п. местах 20.
Заявляя, что все русские книги испорчены, Никон никогда не проверял, точно ли это так. Но политически его ход был эффективен. О собственном авторитете недавнего пустынножителя среди архиереев было говорить трудно; спускаемая "сверху" идея соединиться во всем с Восточной церковью будила в иерархии ропот. Но в отличие от репрессированных ревнителей благочестия мало кто из архиереев мог возразить против утверждения, что Никон с его греками заранее все старые греческие и славянские книги рассмотрели и нашли их во всем между собой согласными, а в новых греческих московских печатных книгах с древними греческими и славянскими нашли несогласия 21. Дело было в малой начитанности черного духовенства, в страхе быть пристыженными знатоками, а главное - пойти против власти.