Евангельские картины породили волну страшного возмущения католического духовенства. Экспонированные на одной из выставок Верещагина в Вене, эти картины настолько "оскорбили" католическую церковь, что венский архиепископ, кардинал Гангльбауер опубликовал против них и их автора целое воззвание. Атмосфера травли художника сгустилась до того, что один из фанатиков-монахов облил картины "Святое семейство" и "Воскресение Христово" кислотой, прожег и почти погубил их. Другой фанатик упорно разыскивал местожительство Верещагина, готовя покушение на его жизнь.
После поездки на Ближний Восток Верещагин исполнил также ряд картин, запечатлевших исторические памятники и архитектурные ансамбли. В их числе - "Стена Соломона" и "В Иерусалиме. Царские гробницы" (обе 1884-1885гг.). На основе собранных в странах Ближнего Востока этнографических, исторических и археологических материалов художник написал в 1887 году картину "Распятие на кресте у римлян". Это сцена страшной казни, которой в далекие времена, в период римского владычества в Палестине, завоеватели устрашали непокорных. Картина "Распятие на кресте у римлян" вошла в особую серию полотен (трилогию), посвященную осуждению смертной казни.
В 1890-1891 годах сбылась мечта Верещагина о возвращении на Родину. На окраине Москвы он построил дом с мастерской и поселился в нем. В предыдущие годы, а также после переселения он много путешествовал по России. Его чрезвычайно интересовали памятники истории и культуры, быт населения, народные типы, природа, древнерусское прикладное искусство. Среди работ русского цикла самыми значительными являются, пожалуй, портреты "незамечательных русских людей", исполненные в период 1888-1895 годов. В этой серии запечатлен облик людей из народа - старый дворецкий, кружевница, солдат, прачка, нищие, мастеровые, монахи.
Но самым главным творческим свершением Верещагина в период с 1887 года и до конца жизни является серия картин, посвященная Отечественной войне 1812 года. Серия включает двадцать полотен, раскрывающих эпизоды вторжения в Россию французской армии во главе с Наполеоном и борьбу с нею русского народа. Кроме того, некоторые картины остались незаконченными, а многие задуманы, но не осуществлены по не зависящим от художника причинам.
Картины о 1812 годе - это поистине величественная, монументальная, полная патриотического пафоса эпопея о русском народе, его мужестве, национальной гордости, преданности Родине, ненависти к захватчикам. Во всем мировом изобразительном искусстве события Отечественной войны 1812 года не получили освещения, столь правдивого по документальной обоснованности, глубокого по содержанию, широкого по охвату и эмоционально страстного, как в картинах Верещагина.
Осуществляя эту серию полотен, Верещагин отнесся к задаче с большой ответственностью и проделал огромную исследовательскую работу, изучив массу исторических материалов, воспоминаний современников, написанных на нескольких европейских языках. Он лично обследовал поле Бородинской битвы, ознакомился с многочисленными реликвиями и памятниками эпохи, создал множество этюдов и зарисовок. Он даже написал большую, очень серьезную книгу "Наполеон! в России. 1812. Пожар Москвы. - Казаки. - Великая армия. - Маршалы. - Наполеон" (1895), основанную на документальных данных. В серии о 1812 годе художник использовал и свои впечатления от Балканской войны, что сообщило новым произведениям большую убедительность.
По своей композиции картины наполеоновской серии удивительно жизненны и правдивы. Их отличают сильные, звучные краски, составляющие общую цветовую гармонию и тональное единство. Живописная манера - широкая, уверенная. Если в ранних произведениях художника характерна ювелирно-точная и внимательная фиксация всех частностей и деталей, то в последних сериях она уступила место более свободной, более живописной трактовке предметного мира.
Прогрессивные круги русского общества восприняли верещагинскую серию картин о 1812 годе буквально как патриотический подвиг. Реакция же, прежде всего в лице русской императорской фамилии, встретила их с недоверием и неприязнью. Верещагина обвиняли в том, что он изобразил Наполеона якобы в "дурацком" костюме, хотя этот костюм на самом деле был документально точен. Возмущение вызвала трактовка иноземных полчищ (в соответствии с истиной) как армии грабителей и насильников, что противоречило традиционному франкофильству русской аристократии.
Судьба картин о 1812 годе в течение многих лет оставалась неясной. Предназначенные для музеев или больших дворцовых зал, картины не привлекали частных меценатов. Царское же правительство упорно отказывалось от их закупки. Интересен в этом отношении найденный недавно архивный документ. Это ходатайство перед царем шефа Русского музея в Петербурге великого князя Георгия Михайловича от 25 января 1900 года о приобретении для коллекций музея хотя бы семи картин Верещагина из серии 1812 года. На документе сохранилась характерная собственноручная резолюция Николая П: "Нахожу желательным приобретение одной из картин Верещагина эпохи 1812г. для музея. H [иколай]".
Ясно, что такое решение царя было абсурдным. Мог ли согласиться художник продать только одну картину из тех двадцати, которые составляли целостную, неделимую серию?! Только в преддверии столетнего юбилея Отечественной войны царское правительство, под сильным давлением общественного мнения, вынуждено было приобрести серию и отправить ее в Москву.
В конце жизни Верещагин совершил несколько новых дальних путешествий. В 1901 году он посетил Филиппинские острова, в 1902-м - США и Кубу, а в 1903-м - Японию.
Отправившись в Японию, художник с огромным интересом изучал там общественную жизнь, знакомился с памятниками истории и культуры, природой страны. Он сделал в Стране восходящего солнца серию этюдов, изображающих жителей, храмы, природу. Японские этюды - новый этап в творческой эволюции художника. Они необыкновенно живописны, свидетельствуют о неустанной работе над дальнейшим развитием своего мастерства.
Работа Верещагина в Японии прервалась из-за ухудшившейся политической обстановки, связанной с явным намерением японских милитаристов начать войну против России. Чтобы не быть интернированным, художник спешно покинул Японию. Вернувшись на Родину, Верещагин стал горячо предостерегать всех от назревавшей войны.
Как только вспыхнула русско-японская война, Верещагин счел своим нравственным долгом ехать на фронт. Шестидесятидвухлетний художник, оставив горячо любимых жену и трех малолетних детей, направился в самое пекло военных событий, чтобы вновь поведать людям правду о войне, раскрыть ее подлинную суть. Находясь на флагманском корабле "Петропавловск", он вместе с адмиралом С. О. Макаровым погиб 31 марта 1904 года от взрыва японских мин. И это была, в полном смысле слова, смерть на боевом посту. Очевидец катастрофы "Петропавловска" капитан Н. М.Яковлев, чудом спасшийся во время взрыва, рассказывал, что до последнего момента видел Верещагина с альбомом, куда он заносил открывавшуюся его взору морскую панораму.
Смерть Верещагина вызвала отклики во всем мире. В печати появилась масса статей о жизни и творчестве Верещагина. Среди них особенно яркой и содержательной была статья В.В.Стасова. В Петербурге осенью 1904 года открылась большая посмертная выставка картин Верещагина, а через несколько лет в городе Николаеве был создан музей его имени, в экспозицию которого вошли некоторые произведения и личные вещи В. В. Верещагина.
Проникновенные слова сказал о Верещагине И. Е. Репин: "Верещагин - величайший художник своего времени [... ] он открывает новые пути в искусстве". "Верещагин - личность колоссальная, это действительно богатырь... Верещагин сверх-художник, как и сверх-человек".