Разошедшись с Н.А.Некрасовым и его "Современником", принимавшим все более радикальное направление, Толстой с 1857 г. новые стихотворения стал отдавать в "Русскую беседу", издаваемую И.С.Аксаковым. Здесь появились его первые поэмы: "Грешница" (1858) и "Иоанн Дамаскин" (1859). В последней присутствовали автобиографические мотивы. Толстой неоднократно просил уволить его от службы, но встречал сопротивление людей, искренне его любящих и желающих ему добра, в т.ч. самого императора. Так и в его поэме Иоанн Дамаскин, "любимый калифом", окруженный "почетом и лаской", просит отпустить его "на волю":
О государь, внемли! мой сан,
Величье, пышность, власть и сила,
Все мне несносно, все постыло.
Иным призваньем я влеком,
Я не могу народом править:
Простым рожден я быть певцом,
Глаголом вольным Бога славить!
В толпе вельмож всегда один,
Мученья полон я и скуки;
Среди пиров, в главе дружин
Иные слышаться мне звуки;
Неодолимый их призыв
К себе влечет меня все боле –
О, отпусти меня, калиф,
Дозволь дышать и петь на воле!
В том же 1859 г. Толстой все-таки добился бессрочного отпуска, а в 1861 г. – полной отставки. С этого момента, за исключением заграничных поездок (Франция и Англия, лето 1860; Германия, осень 1862 – весна 1863; Италия, декабрь 1863; Германия, лето 1864 и январь 1868), он почти все время проводит в двух своих имениях – Пустынька под С.-Петербургом и Красный Рог в Черниговской губернии. В оживленных литературных и общественных дискуссиях 1860-х гг. он практически не участвует, если не считать нескольких сатирических стихотворений с ядовитыми выпадами против "нигилистов": "Поток-богатырь", "Порой веселой мая…", оба 1871, и др. Большая часть тогдашней публики считала Толстого сторонником "искусства для искусства", что было не вполне основательно. Просто он был убежден, что "назначение поэта – не приносить людям какую-нибудь непосредственную выгоду или пользу, но возвышать их моральный уровень, внушая им любовь к прекрасному".
В ситуации острого конфликта между славянофилами и западниками, либералами и революционерами, "отцами" и "детьми", среди смертельно враждующих между собою журнальных "партий" Толстой пытался сохранить независимость и великодушие к противнику. Свою позицию он ясно – и не без вызова – обозначил в стихотворении "Двух станов не боец, но только гость случайный…" (1858, опубл. 1867):
Двух станов не боец, но только гость случайный,
За правду я бы рад поднять мой добрый меч,
Но спор с обоими досель мой жребий тайный,
И к клятве ни один не мог меня привлечь;
Союза полного не будет между нами –
Не купленный никем, под чье б ни стал я знамя,
Пристрастной ревности друзей не в силах снесть,
Я знамени врага отстаивал бы честь!
Однако Толстой не был равнодушным созерцателем общественной смуты и своих не самых "передовых" – по меркам 1860-х гг. – взглядов не скрывал. Его повышенный интерес к русской истории, в особенности к эпохе Иоанна Грозного и Бориса Годунова, диктовался желанием осмыслить не только прошлое, но и настоящее России и угадать ее будущее.
Несмотря на свою независимость (а может, и благодаря ей), Толстой имел возможность печататься в разных журналах, и литературная его судьба складывалась в целом благополучно. В 1862 г. журнале М.Н.Каткова "Русский вестник", пользующемся репутацией крайне консервативного издания, появились драматическая поэма "Дон Жуан" и исторический роман "Князь Серебряный", задуманный еще в конце 1840-х гг. В 1867 г. вышел первый (и единственный при жизни) сборник стихотворений Толстого. Но настоящую славу ему принесли исторические трагедии – главный и, казалось, не очень своевременный его труд в 1860-х годах. В "Отечественных записках" была напечатана "Смерть Иоанна Грозного" (1866), в "Вестнике Европы" – "Царь Федор Иоаннович" (1868) и "Царь Борис" (1870). Почти сразу они были поставлены на сцене (за исключением "Царя Федора Иоанновича", которому зато потом будет суждена блестящая сценическая судьба) и получили европейское признание (на премьере "Смерти Иоанна Грозного" в Веймаре в 1868 г. Толстой присутствовал лично; перевод на немецкий был осуществлен Каролиной Павловой при участии автора).
По завершении "драматической трилогии" Толстой обратился к лиро-эпическим жанрам. В 1869–1875 гг. написана большая часть его баллад и поэмы "Дракон" (1874) и "Портрет" (1875).
Последним его произведением стала историческая драма "Посадник", действие которой происходит в Великом Новгороде в XIII в. Работа над ней началась сразу по окончании драматической трилогии в 1870 г., но завершить ее поэт не успел (были закончены три действия из четырех; последнее известно в пересказе Д.Н.Цертелева).
28 сентября (10 октября) 1875 г. Толстой скончался на 48-м году жизни в Красном Роге от передозировки морфия, который употреблял для облегчения страданий от астмы, грудной жабы и невралгии с тяжелыми головными болями. Похоронен он там же, вместе с ненадолго пережившей его Софьей Андреевной, в склепе у Успенской церкви.