С ноября 1957 года Дандарон начинает работать в бурятском филиале СО АН СССР в секторе тибетологии в качестве внештатного сотрудника. Лето 1958 г проводит диалектологической экспедиции, затем сбор лекарственных трав в горах Восточного Саяна. И, наконец, 6 октября 1958 г.) он принят в штат научных сотрудников. Началась официальная научная деятельность. Неофициальная была еще раньше, в тридцатых, и в зоне – там был написан загадочный по своей судьбе «Необуддизм» под авторством Зидабазара. Есть сведения, что английский перевод этой книги отправил в спецхран БИОНа Б.Семичев после получения книги от цейлонской делегации, прибывавшей в СССР.
Затем следуют две знаменательные встречи с Юрием Николаевичем Рерихом: первая – в Москве. Вторая – в 1959 году в Улан-Удэ. Они вместе, Дандарон и Рерих, разработали программу научных буддологических исследований. Юрий Николаевич, начав подготовку к изданию Тибетско-русского словаря, скоропостижно умирает в 1960-м году, Дандарон воплощает программу в жизнь. Неустанно работая над тибетскими рукописями и ксилографами, в свое время собранных из разграбленных буддийских монастырей Забайкалья, Дандарон, вскоре получил известность и авторитет в кругу буддологов и тибетологов. Его многочисленные работы по философии буддизма и востоковедение имеют огромное значение для современной науки.Он был открыт и доступен не только бурятам, но и русским, в отличии от бурятских лам того времени. Так в окружении Дандарона появились первые европейцы – русские ученики. К нему потянулись молодые ребята, приехавшие из европейской части СССР, именно как к буддийскому учителю, который в силах решить их коренные жизненные и духовные проблемы – для чего родился и как жить?
К 1972 году учеников было уже более тридцати. Среди них известные уже в то время буддологи – О.Ф.Волкова, А.М.Пятигорский, Л.Э.Мялль. Осенью 1972 года Дандарона и группу его учеников арестовали. За создание религиозной буддийской группы Дандарона приговорили к пяти годам лишения свободы в колонии общего режима. В Выдринской колонии, пятидесятисемилетний Бидья Дандарович продолжал работать над рукописью своей книги " О четырех благородных истинах Будды". 26 октября 1974 года Бидья Дандарович погиб в зоне. По некоторым сведениям погиб насильственной смертью, но умерло только тело, ибо есть свидетельства, что к этому времени он уже несколько дней находился в самадхи.