Осуществляемый ВЧК террор Ленин рассматривал как неотъемлемый элемент большевистской государственной практики. Управление теперь должно осуществляться с еще большей строгостью и твердостью, чем во времена царизма. Характерно, что террор коснулся отнюдь не только ненавистного высшего общества, но и всех слоев населения; число жертв исчисляется десятками тысяч. Буржуазные партии были запрещены, их лидеры объявлены вне закона, частью арестованы, частью убиты.
Ленин не пропускал ни одного случая, когда говорилось при нем о революции, о диктатуре, особенно когда это происходило на заседаниях Совнаркома или в присутствии левых эсеров или колеблющихся коммунистов, чтобы не заметить тут же: "Если мы не умеем расстрелять саботажника-белогвардейца, то какая же это великая революция? Да вы смотрите, как у нас буржуазная шваль пишет в газетах? Где же тут диктатура? Одна болтовня и каша"... Он подчеркивает необходимость исключительно суровых мер для спасения революции. В работе "Как буржуазия использует ренегатов" Ленин пишет: "Мыслима ли пролетарская революция, вырастающая из такой войны, без заговоров и контрреволюционных покушений со стороны десятков и сотен тысяч офицеров, принадлежащих к классу помещиков и капиталистов".
5(18) января 1918 года в Петрограде состоялось первое заседание долгожданного Учредительного собрания. Из 707 депутатов большевиков было лишь 175, а социал-революционеров - 370. Когда заседание началось, большевики, а за ними и левые социалисты покинули зал. Учредительное собрание успело принять закон о земле и провозгласить республиканскую форму правления, когда вооруженные солдаты, проникнув в зал Таврического дворца, прервали заседание. В соответствии с решением ВЦИК Учредительное собрание было распущено. Это явилось первым серьезным ударом по демократии, предвестием грядущей системы тоталитаризма.
Оценивая деятельность В.И. Ленина, министр-председатель Временного правительства А.Ф. Керенский писал: "Для него все, что было на пользу и выгодно рабочему классу, представлялось этичным, а все, что вредно, - не этичным. Такая доктрина морального релятивизма, если следовать ей до логического конца, неизбежно ведет к той аморальности, которая предельно сжато сформулирована... если Бога нет, то все позволено. И именно эту сжатую формулу духовного и морального нигилизма Ленин и его соратники использовали в качестве руководящего принципа своей деятельности".
Одним из главных для нового правительства Ленин считал вопрос о мире. "Декрет о мире", подписанный Лениным и Троцким еще 26 октября 1917 года, предлагал всем воюющим странам закончить войну. Солдатам на фронте было рекомендовано брататься с немцами и даже вопреки воле офицеров "брать дело мира в свои руки" В конце ноября 1917 года начались переговоры о перемирии со странами Центральной Европы, а вслед за ними, в декабре - переговоры о мире.
После того как стал известен размах требований, выдвигаемых Германией, большевистское руководство стремилось отклонить условия и продолжить войну крайними средствами - народным ополчением. Многие революционеры, включая левых эсеров и даже левых коммунистов в самой партии Ленина, выступили против уступок и призвали к революционной войне против германского империализма. Руководитель переговоров в Брест-Литовске Троцкий использовал их для того, чтобы выявить военные намерения Германии и обратиться "через голову" ее правительства к массам; он занял промежуточную позицию, надеясь, что военным действиям Германии против только что появившейся Советской республики воспрепятствует немецкий рабочий класс.
Троцкий декларировал отказ от подчинения немецкому диктату и от продолжения войны силами фактически уже не существовавшей русской армии. Эта позиция была сначала принята Советским правительством, но надежды на германский пролетариат не реализовались на практике. Ленин был готов отдать как Финляндию с Прибалтикой, так и Украину. В обстановке ожидания дальнейшего победного шествия мировой революции эта потеря казалась ему эфемерной: ради выигрыша во времени можно было пожертвовать пространством. В конце 1918 года вновь началось наступление немецкой армии, и были заняты Прибалтика и Украина. После немецкого наступления Троцкий отказался от лозунга "Ни войны, ни мира" и поддержал Ленина.
Выступая против ожесточенной оппозиции со стороны многих большевиков и большинства левых эсеров, Ленин настоял на том, что России нужен мир и незначительным большинством добился принятия ставших еще более жесткими требований Германии. При последнем голосовании при четырех воздержавшихся семь голосов было подано за принятие условий Германии и четыре - против. 3 марта 1918 в Брест-Литовске был подписан Брестский мирный договор. Левые эсеры вышли из правительства и заняли непримиримую позицию. Правые эсеры и даже некоторые меньшевики столь же открыто выступили против мира.
Россия обрела долгожданный мир. Однако в стране начиналась гражданская война. Для свержения нового режима была образована широкая коалиция из бывших промышленников, финансистов и сторонников восстановления монархии. К движению подключились ряд иностранных правительств, особенно Великобритании, Франции, США и Японии. 14 иностранных государств так или иначе участвовали в разразившейся в России гражданской войне. В 1918 году в ответ на разрозненные террористические акты, в ходе которых Ленин был тяжело ранен, развернулся красный террор - арестовывали и чаще всего расстреливали любого, кто считался "врагом революции". Производила это Чрезвычайная Комиссия (ЧК), учрежденная по инициативе Ленина и возглавлявшаяся Ф.Э.Дзержинским. В начале 1918 года Совнарком разогнал Учредительное собрание. К 1919 году от демократии не осталось и следа. В марте 1918 года Ленин перенес столицу из Петербурга в Москву. До конца 1920 года деятельность Ленина как главы правительства проходила под знаком гражданской войны. Она продлилась в общей сложности три года, во время которых положение трижды было угрожающим для правления большевиков: в августе 1918 года, в октябре 1919 года и в мае 1920 года. Ленин возложил ответственность за ведение войны против контрреволюционных сил на Троцкого, создателя Красной Армии, главы Реввоенсовета и военного комиссара, тогда как важные политические решения принимались в Совете Народных Комиссаров. Если Троцкий был в разъездах, с тем чтобы всегда иметь возможность энергично вмешаться в ход событий в самом центре военных действий и, как правило, всегда успешно, то Ленин в это время не покидал Москву. Однако Троцкий держал все нити в своих руках.
Непосредственная деятельность Ленина в этот период заключалась в реорганизации большевистской государственной системы в свете национализации предприятий, хозяйственного обеспечения, построения аппарата террора и организации мировой революции.
Однако уже тогда, в разгар гражданской войны, он думал о будущем. Важнейшими задачами Ленин считал электрификацию всей страны и ликвидацию неграмотности.
Ленин и российские коммунисты были убеждены, что распространение социалистической революции на другие страны является существенной предпосылкой окончательной победы революции в России. В 1919 году они организовали Первый конгресс Коммунистического Интернационала, поддерживая создание коммунистических партий во всех странах мира. Предполагая, что эти новые партии могут склониться к "ультралевым" ошибкам (таким, как попытки захватить власть без поддержки большинства рабочего класса или отрицать борьбу за "простые" реформы), Ленин в 1920 года написал работу "Детская болезнь "левизны" в коммунизме". На Втором и Третьем конгрессах Коминтерна он выступил в поддержку тактики "единого фронта", с помощью которого коммунисты должны были объединить силы с более умеренными социалистами, ничуть, однако, не поступаясь принципами.
Формально высшей властью в государстве являлся Всероссийский Центральный Исполнительный Комитет (ВЦИК), во главе которого стоял Свердлов. Однако в действительности советы вскоре стали инструментом большевистской партии, которая теперь называлась Всероссийской Коммунистической партией (большевиков). Центральный Комитет партии также был поистине решающей инстанцией на государственном уровне.
Иностранцы в Петрограде значительно быстрее осознали рост влияния Ленина в России, чем его недруги в Англии, Франции, США, которые не имели с ним личных контактов.
Однако именно английский историк Кратвелл, чья книга "История великой войны" стала классической, дал одно из самых убедительных объяснений успехов Ленина в первые месяцы после возвращения в Россию: "Его удивительная способность сосредоточиться не была направлена только на идеализацию марксистского материализма, он искал и находил подходящие средства для достижения конкретной поставленной практической цели. Ленин - уникальное, единственное в своем роде явление среди революционеров. Он отличается от всех других тем, что удивительно сочетает в себе черты фанатика и генштабиста. Большевизм часто сравнивают с новой воинствующей религией. Если это так, то Ленина можно сравнить с Магометом или скорее даже с Лойолой. Ему удавалось одерживать верх благодаря глубоким знаниям, методичности и обезоруживающей логике, то есть качествам, редко встречающимся у русских".
Ленин был очень скромен в своих запросах и по-прежнему не употреблял алкоголя и табака. Наряду со всеми он придерживался правила, установленного им для своих сотрудников: "в государстве большевиков ни один чиновник не получает большую зарплату, чем квалифицированный рабочий на производстве".