Из Фразы македонец во время зимы 330/329 г. прошел вверх по долине реки Гельманд через Арахосию и далее по горам мимо месторасположения современного Кабула в страну парапамисатов, где он основал город Александрию Кавказскую.
Бактрия и Согдиана.
Бывший сатрап Дария Бесс пытался в Бактрии и других восточных провинциях поднять народное восстание, присвоив себе титул великого царя. Перевалив через Гиндукуш по высокогорному перевалу, ведущему на север, Александр, несмотря на нехватку продовольствия, привел свою армию к Драпсаку (современный город Андараб). Обойденный с фланга, Бесс бежал за реку Окс (ныне Амударья), а Александр, двигаясь теперь уже на запад, прибыл в Бактры - Зариаспу (ныне Балх) в Афганистане. Здесь он сместил прежних и назначил новых правителей провинций Бактрии и Арианы. Переправившись через Окс, он отправил своего полководца Птолемея вдогонку за Бессом, который тем временем был свергнут согдианином Спитаменом. Бесса схватили, бичевали и отправили в Бактры, где пытали и искалечили на персидский лад (отрубили нос и уши); позже он был предан публичной казни в Экбатанах.
Из Маракан (ныне Самарканд) Александр прошел к городу Кирополю и реке Яксарт (ныне Сырдарья), границе Персидской империи. Там он сломил сопротивление скифских кочевников, пользуясь превосходством в техническом оснащении своей армии, разбил их на северном берегу реки и прогнал в глубь страны, в пустыню, и основал город Александрию Эсхату (Дальнюю). Тем временем Спитамен за его спиной поднял восстание во всей Согдиане, втянув в него и племена массагетов. Только осенью 328 года Александру удалось сокрушить самого решительного противника, с которым ему пришлось столкнуться. Позже в том же году он напал на Оксиарта и оставшихся бывших приближенных Дария, которые укрепились в горах Паратаксены (ныне Таджикистан). Легковооруженные воины-добровольцы захватили скалу, на которой стояла крепость Оксиарта, и среди пленных оказалась дочь его Роксана. Александр женился на ней в знак примирения, и оставшиеся его противники либо перешли на его сторону, либо были сокрушены.
Движение к абсолютизму.
Случай, произошедший в Маракандах, вызвал еще большее отчуждение между Александром и его македонцами. В пьяной ссоре он убил Клита, одного из своих самых надежных командиров; но его армия и близкие друзья, видя, как сильно он страдает, испытывая чувство вины, принимают постановление, посмертно обвиняющее Клита в измене. Таким образом, трагическое событие послужило ступенью Александра к восточному абсолютизму. Эта растущая тенденция нашла свое выражение в носимой Александром одежде персидских царей. Вскоре после этого в Бактрии он попытался навязать церемониалы персидского двора, включая падение ниц, грекам и македонцам; но для них этот обычай, привычный для персов, проявляющийся в присутствии царя, связывался с богопочитанием и в отношении к человеку был нетерпим. Даже Каллисфен, который своей лестью, возможно, подталкивал Александра к тому, чтобы он видел себя в роли бога, с возмущением отказался от этого унижающего человеческое достоинство свободного эллина церемониала. Смех македонцев вызвал провал этого эксперимента, и Александр оказался достаточно умен, чтобы отступить. Вскоре Каллисфена обвинили в том, что он был посвящен в заговор придворных против жизни царя, и казнили (по другой версии - он умер в заточении).
В начале лета 327 года Александр с новой, более мощной армией, командование которой подверглось реорганизации, выступил из Бактр. Если цифра, приводимая Плутархом, сто двадцать тысяч человек, сколько-нибудь достоверна, то сюда следует отнести все виды вспомогательных служб: погонщики мулов и верблюдов, медицинский корпус, торговцы-разносчики, артисты и художники, женщины и дети. Саму же, собственно, армию надо оценивать в тридцать пять тысяч человек. Повторно перевалив через Гиндукуш, Александр разделил свои силы. Половина армии с обозом под командованием Гефестиона и Пердикки пошла ущельем Хибер, сам же он повел остальную часть с осадными орудиями через холмистую местность к неприступной вершине с построенной крепостью Аорн и взял ее штурмом. Эта вершина расположена в нескольких милях к западу от реки Инд и чуть севернее реки Бунер. При этом македонцы показали чудеса осадного искусства. Весной 326 года, переправившись через Инд близ Аттока, Александр вошел в Таксилу, чей правитель дал ему слонов и воинов, взамен попросив помочь в борьбе с царем Пором, правившим землями между Гидаспом (ныне Джелам) и Акесионом (ныне Шенаб). В июне Александр дал свое последнее великое сражение на левом берегу Гидаспа. После победы он основал там два города: Александрию Никею (в честь победы) и Букефалы (в память о своем коне Букефале, павшем в той битве). Побежденный Пор стал его союзником. Точно неизвестно, слышал ли Александр о реке Ганг, но тем не менее ему не терпелось идти все дальше. Когда же он подошел к реке Гифасис, армия отказалась следовать за ним под непрекращающимися тропическими дождями: физические и психические силы воинов были на пределе. Недовольных представлял главный военачальник Александра Кен. Непреклонность армии заставила Александра повернуть назад.
На Гифасисе он воздвиг двенадцать алтарей, посвященных главным олимпийским богам, а на Гидаспе построил флот в 800-1000 кораблей. Расставшись с Пором, он отправился вниз по Гидаспу, впадавшему в Инд; половина армии погрузилась на корабли, а другая половина тремя колоннами шла маршем по двум берегам. Флотом командовал Неарх, а собственным кораблем Александра - кормчий Онесекрит; оба впоследствии составили отчет о плаваниях, дошедших в качестве свидетельств до нас. Этому походу сопутствовало много небольших сражений и безжалостная резня, учиненная при штурме города племени маллов близ реки Гидраот (ныне Рави). Александр получил серьезную рану, которая ослабила его здоровье.
Прибыв в Паталы, он построил гавань и доки и исследовал оба рукава Инда, которые далее, вероятно впадали в Великое море. Он предполагал повести назад часть армии по суше, а остальные войска должны были на 100-150 кораблях под командованием Неарха совершить исследовательское плавание вдоль берегов Персидского залива. Из-за стычек с местными племенами Неарх отплыл в сентябре 325 года, но, дожидаясь северо-восточного муссона, задержался до конца октября. Александр тоже в сентябре отправился вдоль берега через Гедросию, но из-за непроходимой дикой местности, отсутствия воды вскоре был вынужден повернуть в глубь материка и поэтому не сумел осуществить свой план обеспечения флота продовольственными базами. Еще ранее он отправил под командованием Кратера вещевой обоз, осадные орудия, слонов, больных и раненых воинов, дав для охраны три отряда тяжеловооруженной пехоты. Кратер должен был через проход Муллы, Кветты и Кандагар вести их в долину Гельманда, а уже оттуда через Дрангиану воссоединиться с главными силами армии на реке Аман (ныне Минаб) в Кармании.
Поход Александра через безводную пустыню Гедросии (ныне Белуджистан) оказался губительным: мучила нехватка питья, еды, топлива. К тому же во время стоянки у пересохшего русла реки внезапный ночной паводок, вызванный муссоном, унес много жизней, особенно женщин и детей. В конце концов Александр воссоединился с отрядами, плывшими на кораблях Неарха. Флот за это время также понес потери, и моряки испытали множество потрясений.
Александр продолжил свою политику замещения старших чиновников и предания казни нерадивых наместников, которую уже начал проводить, еще находясь в Индии. За время между 326 - 324 гг. он сместил свыше трети своих сатрапов и шестерых предал смерти. В Мидии три военачальника, и среди них Клеандр, брат Кена, умершего чуть ранее, были обвинены в вымогательстве, вызваны в Карманию, где их арестовали, судили и приговорили к казни.
Весной 324 года Александр вернулся в Сузы, где обнаружил, что его главный казначей Гарпал, очевидно боясь расплаты за казнокрадство, бежал с шестью тысячами наемников и пятью тысячами талантов денег в Грецию. В Сузах Александр устроил празднество, отмечая захват Персидской империи и свадьбу - свою собственную и своих восьмидесяти военачальников: в продолжение его политики слияния македонян и персов в единую расу они взяли себе жен - персиянок. Александр и Гефестион женились соответственно на дочерях Дария Статире и Дрипетиде, а десять тысяч его солдат, женатых на местных женщинах, получили от него щедрые дары.
Политика этнического слияния все больше портила его отношения с македонцами, которым совсем не нравилось его новое понимание империи. Их сильно возмущала его решимость включить персов в армию и администрацию провинций на равных с ними правах. Прибытие тридцати тысяч юношей, прошедших македонскую военную подготовку, и включение восточных воинов из Бактрии, Согдианы, Арахозии и других земель империи в конницу гейтаров только раздуло огонь их недовольства; в дополнение ко всему, персидская знать с недавних пор получила право служить в конной армии царя. Большинство македонцев видели в этой политике угрозу их привилегированному положению. Этот вопрос крайне обострился в 324 году, когда решение Александра отправить на родину македонских ветеранов во главе с Кратером были истолковано как намерение перенести местопребывание власти в Азию. Вспыхнул открытый мятеж, в котором не участвовала только царская охрана. Но когда Александр все-таки распустил всю армию македонцев и на их место набрал персов, оппозиция была сломлена. За эмоциональной сценой примирения последовало грандиозное пиршество (девять тысяч гостей) в ознаменование окончания разногласий и установления партнерских отношений в управлении македонцами и персами. Подчиненные. Покоренные народы в это содружество не вошли. Десять тысяч ветеранов отправились с дарами в Македонию, и кризис был преодолен.