Перед тем, как окончательно в 1810 году покинуть столицу, Феодор Феодорович, "памятуя час смертный с каковою незапностью оный приключается", написал завещание. Никогда не имевший своей семьи и своих детей, он все небогатые владения передал в собственность племянникам, "которых почитаю я вместо детей моих и о благе их стараюсь как собственный их отец".
Сохранилось свидетельство тогдашнего настоятеля монастыря иеромонаха Нафанаила о завершающем периоде земной жизни Феодора Феодоровича: "Адмирал Ушаков, сосед и знаменитый благотворитель Санаксарской обители, по прибытии своем из Санкт-Петербурга, вел жизнь уединенную в собственном своем доме, в деревне Алексеевке, расстоянием от монастыря через лес версты три, который по воскресным и праздничным дням приезжал для богомолья в монастырь к службам Божиим во всякое время. В Великий пост живал в монастыре, в келий, для своего пощения и приготовления к Св. Тайнам по целой седмице и всякую продолжительную службу с братией в церкви выстаивал неопустительно и слушал благоговейно; по временам жертвовал от усердия своего обители значительные благотворения; так же бедным и нищим творил всегдашние милостивые подаяния и вспоможения".
Началась Отечественная война 1812 года. На борьбу с французами поднялся весь народ. В Тамбовской губернии, как и по всей России, создавались ополчения для защиты Отечества. На губернском собрании дворянства, в котором Феодор Феодорович не смог принять участия по болезни, он был избран большинством голосов начальником внутреннего тамбовского ополчения. Предводитель дворянства писал ему: "Долговременная опытность службы Вашей и отличное усердие перед Престолом Российской державы, Вами доказанные, да подадут дворянству твердые способы к ревностным подвигам на пользу общую, да подвигнут всех к благодетельным пожертвованиям и да вдохнут готовность в сердце каждого принять участие к спасению Отечества..." "За благосклонное, доброе обо мне мнение и за честь сделанную приношу всепокорнейшую мою благодарность, — отвечал адмирал. — С отличным усердием и ревностию желал бы я принять на себя сию должность и служить Отечеству, но с крайним сожалением за болезнью и великой слабостью здоровья принять ее на себя и исполнить никак не в состоянии и не могу". Но, между тем, вместе с темниковским соборным протоиереем Асинкритом Ивановым он устроил госпиталь для раненых, дав деньги на его содержание. Две тысячи рублей им было внесено на формирование 1-го Тамбовского пехотного полка. Все, что имел, отдавал он "на воспомоществование ближним, страждущим от разорения злобствующего врага..." Еще в 1803 году им были внесены двадцать тысяч рублей в Опекунский совет Санкт-Петербургского воспитательного дома; теперь он всю сумму с причитающимися на нее процентами передал в пользу разоренных войной: "Я давно имел желание все сии деньги без изъятия раздать бедствующим и странствующим, не имеющим жилищ, одежды и пропитания". Не только крестьяне окрестных деревень и жители города Темникова, но и из отдаленных мест приезжали к нему многие. С страдальцами, лишившимися имуществ, делился он тем, что имел; обремененных скорбию и унынием утешал непоколебимою надеждой на благость Небесного Промысла. "Не отчаивайтесь! — говорил он. — Сии грозные бури обратятся к славе России. Вера, любовь к Отечеству и приверженность к Престолу восторжествуют. Мне немного остается жить; не страшусь смерти, желаю только увидеть новую славу любезного Отечества!"
Остаток дней своих, по словам того же иеромонаха Нафанаила, адмирал провел "крайне воздержанно и окончил жизнь свою как следует истинному христианину и верному сыну Святой Церкви 1817 года октября 2-го дня и погребен по желанию его в монастыре подле сродника его из дворян, первоначальника обители сия иеромонаха Феодора по фамилии Ушакова же".
Отпевал Феодора Феодоровича в Спасо-Преображенской церкви города Темникова протоиерей Асинкрит Иванов, который за день до кончины праведника, в праздник Покрова Пресвятой Владычицы нашей Богородицы, принимал его последнюю исповедь и причащал Святых Тайн; когда гроб с телом усопшего адмирала, при большом стечении народа, был вынесен на руках из города, его хотели положить на подводу, но народ продолжал нести его до самой Санаксарской обители. Там встретила благоверного воина Феодора монастырская братия, Феодор Феодорович был погребен у стены соборного храма, рядом с родным ему преподобным Старцем, чтобы быть им отныне вместе навеки.
После праведной кончины Феодора Феодоровича прошло почти два столетия. Его подвижническая и высокодуховная жизнь, его добродетели не были забыты в родном Отечестве. Его заветами жили русские воины и флотоводцы, ученики и продолжатели его идей и идеалов преумножали славу русского флота.
Когда наступили времена гонений на Русскую Православную Церковь, Санаксарский монастырь, где упокоился Феодор Феодорович, был закрыт. Часовня, выстроенная над его могилой, была до основания разрушена, честные его останки в 1930-е годы были осквернены безбожниками.
В годы Великой Отечественной войны 1941-1945 годов воинская слава Феодора Феодоровича Ушакова была вспомянута, его имя, наряду с именами святых благоверных князей Александра Невского и Димитрия Донского, и великого русского полководца Александра Суворова, вдохновляло к подвигу защитников Родины. Были учреждены орден и медаль адмирала Ушакова, которые стали высшими наградами для воинов-моряков.
Отныне могила Феодора Ушакова и, как следствие, весь Санаксарский монастырь находились под присмотром государственной власти, и это предотвратило разрушение чтимой праведником обители.
В 1991 году Санаксарский монастырь был возвращен Русской Православной Церкви. Почитание святого праведника год от году возрастало. На его могиле служились панихиды, многочисленные паломники — духовенство, монашествующие, благочестивые миряне, среди которых часто можно было видеть воинов-моряков, — приходили поклониться Феодору Феодоровичу Ушакову, светлый облик которого оказался необычайно близок и воинству, и народу, побуждая к столь же ревностному служению военному и гражданскому, "дабы увидеть новую славу любезного Отечества".
Синодальная комиссия по канонизации святых Русской Православной Церкви, внимательно изучив его подвижнические труды в служении Отечеству, благочестивую жизнь, праведность, милосердие и самоотверженный подвиг благотворительности, не нашла препятствий к канонизации, и в декабре 2000 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II благословил прославить адмирала Российского флота Феодора Ушакова в лике праведных местночтимых святых Саранской епархии.
Российский флот, боголюбивое Российское воинство обрели небесного предстателя и ходатая перед Престолом Божиим о многострадальном Отечестве нашем.
Святые мощи праведного воина Феодора Ушакова находятся в соборном храме Рождества Богородицы.