Авторитет Кржижановского был чрезвычайно высок. Большевик-подпольщик, друг Ленина, талантливый инженер-энергетик и, наконец, главный руководитель первых общегосударственных плановых органов, он должен был в соответствии с логикой служебного роста занять один из самых высоких постов в иерархии партийно-государственной власти. Это, однако, входило в противоречие с кадровой политикой и авторитарной стратегией И. В. Сталина. Им был взят курс на вытеснение с руководящих постов, а шире – перевод с государственной авансцены в тень, крупнейших хозяйственников ленинского призыва и замены их своей креатурой. На первый план выдвигаются послушные В. В. Куйбышев, Г. К. Орджоникидзе, А. А. Андреев, Л. М. Каганович и другие.
Как поступить с Кржижановским? Внешне не уязвимое и не бросающее тени на Сталина решение было найдено благодаря избранию в 1929 году председателя Госплана действительным членом и вице-президентом АН СССР. Жизненный путь и карьера Кржижановского были переведены в почетное и не тревожившее более диктатора, неторопливо-кабинетное русло академического бытия. Для видимости новоизбранный руководитель Академии еще несколько лет назначался на менее высокие, но все же инженерно-хозяйственные должности: 1930 год – председатель Главэнерго Наркомтяжпрома, 1932 год – руководитель Комитета по высшему техническому образованию при ЦИК СССР. С 1935 года за Кржижановским оставляют лишь созданный им в 1930 году Энергетический институт АН СССР, где он директорствовал вплоть до кончины в 1959 году.
Кржижановского, как и немногих других сподвижников Ленина – Г. И. Петровского, Е. Д. Стасову, Л. А. Фотиеву – не репрессировали, и с этой точки зрения судьба была к нему благосклонна. Но в целом и жизнь, и трудовой путь его складывались непросто, успехи перемежались с неудачами, заблуждения сменялись прозрениями. Он был, несомненно, талантливым и искренним человеком и трудился, как сам чистосердечно считал, исключительно во благо народа. Кржижановский был отмечен многими правительственными наградами, о нем написана не одна книга, его имя присвоено институтам, улицам. В память об ученом установлены монументы, открыты мемориальные доски, сняты кинофильмы.