К началу 1930-х годов обострилось развивавшееся уже несколько лет противостояние И. В. Сталина и Г. М. Кржижановского. В своей кадровой стратегии диктатор стремился освободиться от ярких и значимых фигур на политическом и хозяйственном Олимпе страны. Председатель Госплана и первый энергетик России являлся живым воплощением эпохи революционного ленинского романтизма 1920-х годов и психологически осложнял становление сталинского авторитаризма. Поводом для смещения Кржижановского стала его полемика с Молотовым, считавшим, что доминирующим началом в хозяйственном строительстве после выполнения плана ГОЭЛРО должно стать вместо энергетики машиностроение. В 1930 году Кржижановского назначают директором Энергоцентра (впоследствии Главэнерго), а через два года убирают и оттуда. Новым руководителем главной энергетической структуры страны назначается Винтер. Это была дань за триумф Днепрогэса. В том же, 1932 году, Винтер вместе с группой крупных хозяйственников, минуя все промежуточные ученые степени, избирается действительным членом Академии наук. Герой Днепростроя и Шатуры не был ученым в его классическом понимании: он руководитель промышленности, организатор производства, талантливый строитель. В обязательном, согласно Уставу АН СССР, отзыве о трудах Винтера, а вместе с ним действительными членами избирались также И. Г. Александров, Б. Е. Веденеев, Г. О. Графтио и И. П. Бардин, академики Г. М. Кржижановский и А. Н. Крылов писали: "Достаточно привести изображения Днепростроя, Волховстроя, Свирьстроя и Кузбасского комбината и сделать надпись: "Вот их труды"". Так зарождалось признание объективного процесса сращивания производства, прикладных знаний и фундаментальной науки.
На посту руководителя Главэнерго Винтер проработал два года. В 1934 году его понизили в должности и назначили начальником Главгидроэнерго НКТП. В годы войны А. В. Винтер по заданию правительства возглавил важнейшую работу по созданию энергетической базы для эвакуированных на Урал и в Сибирь оборонных заводов и промышленных предприятий. С 1946 года, работая в Энергетическом институте АН СССР, инженер и ученый отдавал все силы, опыт и знания разработке программ развития энергетики Сибири, в частности проектированию Ангарского каскада гидроэлектростанций. За заслуги перед Родиной выдающийся энергетик был награжден многими орденами и медалями.
Об А. В. Винтере сохранилось немало воспоминаний и рассказов. Крупнейший энергетик России был личностью яркой, самобытной, во многом противоречивой, но вызывавшей неизменно всегда и у всех чувство глубокого уважения. Он не отличался изысканностью манер, был в общении прямолинеен и резок, мог вспылить и нагрубить, в критических ситуациях его лексикон расцвечивался образцами невоспроизводимой народно-дворовой речи. Но при всем этом он был энергичен, талантлив, бесхитростен и добросердечен.
Выходец из народа, он всегда заботился о людях труда. Всякое строительство, которым он руководил, начиналось с сооружения объектов соцкультбыта. Инженерно-технические работы на Днепрострое развернулись лишь после того, как там возвели жилые дома, фабрику-кухню, хлебозавод, детский сад, столовую, баню, больницу, школу, проложили водопровод и канализацию. На часто раздававшуюся критику в популизме руководитель стройки внимания не обращал.
Одним из качеств Винтера было стремление к сбережению и рачительному использованию государственного имущества, экономии народных средств, минимизации при решении производственных вопросов материальных и финансовых затрат. При этом он никогда не просчитывал личные трудности и потери, которыми оборачивалось его бережливое отношение к народному рублю. В конце 1920-х годов руководитель Днепростроя проигнорировал рекомендации высокопоставленных чиновников, не советовавших ему ехать в Германию и Чехословакию и ввязываться в спорное и политически щекотливое дело о нарушении западными партнерами договоров на поставку оборудования. Он поехал и в результате уберег казну от крупных валютных потерь; вместе с тем зарубежные коллеги, понесшие убытки, сочли за лучшее сократить контакты с излишне честным "оберстроителем плотины". В начале 1930-х годов Винтер заблокировал крупный проект по Свирьстрою из-за чрезмерного завышения сметных расходов. В результате навсегда испортились его отношения с Г. О. Графтио, но зато была предотвращено немотивированное расходование средств.
По мнению Кржижановского, "Винтер был крупнейшим организатором производства, руководителем государственного масштаба, человеком большой воли и смелости, стремившимся всегда брать на себя ответственность во всем и за всех". Он был действительно "полководцем", но в то же время и простым рабочим, "одним из тысяч прорабов социализма", как он себя называл, безотказно служивших интересам энергетики России.