Последних я видел во всех домах, и мне кажется, что вскоре они станут всеобщим бедствием, в особенности если они распространятся на юге России . Попутно Лаксман записывал и геологические наблюдения. Экспедиция вернулась в Москву, откуда уже 6 сентября выехала в Тверь. Долгое время я ехал вдоль реки Меты, то водным, то сухим путем, вплоть до Бельска. Отсюда я отослал моих сыновей с коляской и собранными вещами домой... Затем путешественник в легком экипаже, который он купил в Боровичах, поехал по необычайно каменистым и тряским наносам к Тихвину, Олонцу и Петрозаводску . По дороге ему представился случай изучить окрестности рек Сяси, Паши и Ояти. Посетив Петрозаводск, Лаксман 16 октября вышел в плавание вдоль восточного берета Онежского озера до его северного берега. 30 октября Лаксман прибыл в погост Сороку, лежащий на острове, образованном рекой Виг при впадении в Белое море. Здесь он оставался до конца ноября, совершая поездки вдоль морского побережья. 6 ноября он побывал в Кеми и в других местах. Во время одной из своих поездок Лаксман едва не погиб. Вот как он сам описывал это происшествие в письме к Меннандеру: 5 ноября было для меня замечательным днем: со мной случилось утром на рассвете такое несчастье, что лед проломился подо мною в 3 саженях от лодки, в то мгновение, как я хотел сесть в нее, чтобы плыть из губы речки Шуи к устью реки Кеми... Я... проплыл между льдинами до лодки, а затем... в продолжение целых трех часов должен был оставаться мокрым и вытерпеть холод до скалы Павнаволок в 15 верстах. Здесь сперва была затоплена печь в опустелой рыбачьей курной избе, а когда почти весь дым вышел, я влез туда, разделся, высушил платье, согрелся и через час был уже в состоянии обходить всю скалу и во время продолжавшегося отлива искать морских растений и животных . Когда Лаксман вернулся из последней экспедиции к берегам Белого моря в Петербург, он был назначен на должность помощника главного командира Нерчинских заводов. Несомненно, что в этом назначении Лаксман видел возможность осуществить свои старые мечты о научных путешествиях в далекие и неизведанные сибирские края, испытать еще раз радость новых поисков и открытий и наблюдений. В Сибири Лаксман провел более десяти лет -с 1781 по 1791 год. В Нерчинск он прибыл в апреле 1781 года. Однако Лаксман не собирался здесь задерживаться. Взятая им на себя должность требовала частых и длительных поездок. Площадь его округа распространялась на 550 километров с севера на юг и на 500 километров с запада на восток. Неоднократно он выезжал и за границу своего округа. Такие путешествия щедро вознаградили неутомимого исследователя интересными и редкими находками.
Именно в это время были найдены замечательные экземпляры бериллов и аквамаринов у рек Аргуни, Онона, Ингоды и Витима, оникс на Яшме-горе у реки Аргуни, прекрасные штуфы порфира с реки Читы и др. В 1784 году Лаксман назначается Минералогическим путешественником при императорском кабинете. Его деятельность заключалась в поисках и доставке поделочных камней и самоцветов для царских дворцов. Тогда же Лаксман с семьей переселяется в Иркутск. В 1795 году Лаксман отправился в свое путешествие в Бухарский эмират. Вероятный маршрут его мог быть следующим. Он должен был отправиться в Москву, а после установления санного пути двинуться в путь через Казань, Тюмень, Омск, Барнаул в Семипалатинск, откуда добраться до Киргизских степей и дальше до Бухарской границы. В средних числах июня месяца он, отдохнув в Иркутске, предполагал отправиться дальше и в конце сентября из русской гавани на побережье Тихого Океана отплыть в Японию. Но планам не дано было осуществиться. У ямской станции Дресвянской, у реки Вагай, впадающей в Иртыш, в 118 километрах от Тобольска, 5 января 1796 года он умер. Тут же его и похоронили, на маленьком кладбище у реки Вагай. Смерть настигла его в дороге...