На обратном пути они буквально умирали от голода, шли в забытьи, в беспамятстве. Кук измерил температуру тела 35,7°. У эскимосов на две-три десятых градуса выше. После длительного перехода по морским льдам отряд наконец добрался до твердой земли острова Амунд-Рингнес. В конце лета они добрались до острова Девон и вынуждены были провести часть зимы на северном побережье острова у мыса Спарбо. Оставалось всего четыре патрона, поэтому охотились с помощью лука, копий, рогатин. Мускусных быков ловили, накидывая петлю из ремней. Однажды удалось убить белого медведя. Только в апреле 1909 года они сумели вернуться в эскимосское поселение Эта, к людям. Еще 700 миль Кук прошел по Гренландии от Эты до Упернавика. Отсюда в конце июня он отплыл на датском Судне в Европу. Через несколько дней пришло сообщение о покорении Северного полюса от Роберта Пири. Вот так и случилось, что вести о Куке и Пири достигли цивилизованного мира почти одновременно. В разгоревшемся споре о приоритете в достижении полюса шансы Пири и Кука с самого начала были отнюдь не равными. Кук исследователь-одиночка. Единственный, кто оказал ему поддержку, Джон Р. Брэдли, владелец клуба и казино во Флориде. Заявление Кука о достижении полюса было сразу же взято под сомнение. Пресса неистовствовала. В печати утверждалось, например, что эскимосы, спутники Кука, якобы заявили, что они отошли от берега всего километров на двадцать, и здесь Кук сделал свои полюсные фотографии. Более того, в развернувшейся кампании травли под сомнение были поставлены и все прежние заслуги доктора Кука. Один из участников восхождения на Мак-Кинли заявил: Нога Кука не ступала на вершину Мак-Кинли . И далее совсем уж бездоказательно: Кук никогда не видел Северного полюса это так же верно, как то, что я живу на свете . Стоит, правда, отметить, что впоследствии этот свидетель был вполне готов изменить свои показания ... за 5000 долларов. Кук предпочел уклониться от дальнейшей борьбы за свой приоритет и надолго уехал из Америки. Не явился он даже и на заседание конгресса, где слушалось его дело . Этим Кук окончательно восстановил против себя и прессу, и общественность . Позднее доктора обвинили в спекуляции дутыми акциями (он организовал в Техасе нефтяную компанию) и приговорили к 14 годам каторжных работ. Ирония судьбы нефтяные участки компании дали впоследствии новым владельцам миллионы долларов прибыли, акции Кука не были дутыми"! Кук отсидел 5 лет, с 6 апреля 1925 года по май 1930 года.
Незадолго до смерти, 4 августа 1940 года, Кука полностью реабилитировали. Две книги Кука Мое достижение полюса и Возвращение с полюса были опубликованы в 1911 и 1951 годах на английском языке. Кука в свое время обвиняли в неумении определяться астрономически на том основании, что на обратном пути он вышел к земле значительно западнее, чем рассчитывал. Но он из-за постоянных туманов тогда и не мог определиться по солнцу, шел, как говорят моряки, по счислению . Тогда считалось, что льды у северного побережья Гренландии, у северного побережья Земли Элсмира дрейфуют с запада на восток. Утверждали, что отряд могло отнести только к востоку, но не к западу, и обвиняли Кука в полной вымышленности его записей. Но в этом районе дрейф льдов как раз и направлен с востока на запад! Но, пожалуй, одним из самых сильных аргументов, свидетельствующих о достоверности данных, приведенных в книге Кука, служат строки, где доктор описывает некий затопленный остров : От 87 до 88-й параллели мы сделали два перехода по старому льду без следов сжатий или торосов... Было совершенно невозможно установить, находились ли мы на морском или на материковом льду... Лед имел... волнистую поверхность материкового льда с эпизодическими поверхностными трещинами... Я склонен думать, что это был лед, лежавший на низкой или даже погруженной суше . Волнистая поверхность без каких-либо торосов характерна для ледяных островов огромных осколков ледников Земли Элсмира. В 1908 году о существовании ледяных островов никто и не догадывался, они были открыты значительно позже. Как и описывает Кук, размеры их достигают десятков и даже сотен километров. Кук провел дополнительно суточную серию остроумных измерений длины тени. Давно известно, что на полюсе и только на полюсе! солнце в течение дня остается на одной и той же высоте. Его измерения показали, что длина тени оставалась постоянной! Конечно, это было дополнительным доказательством. Но разве тогда, в пылу спора, кто-нибудь прислушивался к доказательствам? Таким образом, многое, что раньше в описаниях Кука вызывало недоверие, заставляла усомниться в достоверности его рассказа, теперь безоговорочно свидетельствует в пользу Кука. Анализируя записи Фредерика Кука, многие исследователи приходят к однозначному выводу: в апреле 1908 года он был если не на самом полюсе, то в непосредственной близости от него. В 1965 году портрет Кука вновь повесили в американском Клубе исследователей, почетным президентам которого он когда-то был. Но и до сих пор по традиции первооткрывателем Северного полюса неизменно считают Роберта Пири.
Руал Амундсен, приехав в Америку, посетил доктора Кука в тюрьме: Я не мог поступить иначе это значило бы отплатить ему подлой неблагодарностью . Тогда же в одном из интервью американским газетам Амундсен сказал: Независимо от того, виноват ли он (Кук) в этом деле или нет, он заслуживает уважения американцев за мужество, проявленное им в экспедициях. Доктор Кук, равно как и капитан Пири, возможно, не открыл Северный полюс, но и тот и другой имеют одинаковые основания для доверия .