Киросу было всего тридцать лет, когда он отправитлся в Перу и получил место капитана и старшего кормчего у Менданья. Вера в существование еще одного материка побудила испанца Менданья отправиться из Америки в южную часть Тихого океана, где он открыл некоторые из Маршальских и Соломоновых островов и острова Эллиса. Во второй его экспедиции участвовал молодой капитан и кормчий Педро Фернандес де Кирос (1565-1614), тоже веривший в существование Южного материка. Киросу было всего тридцать лет, когда он отправился в Перу и получил место капитана и старшего кормчего у Менданья. Экспедиция состояла из трехсот семидесяти восьми человек, размещенных на четырех кораблях. К несчастью, Менданья взял с собой жену и толпу родственников. Кирос, колебавшийся вначале, принять ли ему участие в экспедиции, вскоре убедился, что его сомнения были вполне основательны. Все дела вершила сеньора Менданья, заносчивая и властолюбивая женщина, а начальник военного отряда оказался грубым и нетактичным человеком. Но Кирос решил не обращать ни на что внимания и продолжал добросовестно выполнять свои обязанности. 26 июля 1595 года мореплаватели увидели на расстоянии приблизительно 4200 километров от Лимы остров, который они назвали Магдаленой. Когда около четырехсот туземцев приплыли в каноэ к кораблям и привезли для обмена кокосовые орехи и пресную воду, испанские солдаты превратили это дружественное посещение в бойню, закончившуюся паническим бегством туземцев. Такие случаи не раз повторялись и в дальнейшем. Группа из четырех островов, в состав которой входила Магдалена, была названа Лас-Маркесас-де-Мендоса. Там испанцам довелось отведать плодов хлебного дерева, это было первое знакомство европейцев с замечательным плодом. Потом экспедиция двинулась на запад-северо-запад. Когда она проходила около острова Тинакула, на нем происходило извержение вулкана. Одновременно разразились шторм и гроза. В непроглядной тьме экспедиция потеряла корабль Альмиранта , судьба команды которого так и осталась неизвестной. Лишь в этом веке на северо-восточном берегу Австралии были найдены испанские монеты и оружие. Возможно, что они были с Альмиранты , а экипаж ее погиб на берегу. Остальные три экипажа достигли островов Санта-Крус, объявили их испанским владением и основали там поселение. Туземцы были очень миролюбивы, тем не менее они постоянно подвергались нападениям испанских солдат. Так как на островах почти невозможно было достать пропитание, экипаж подал петицию о немедленном возвращении на родину, причем подписи под петицией были расположены по радиусам, чтобы нельзя было узнать, кто первый поставил свою подпись.
Менданья в ответ приказал убить начальника отряда, которого он заподозрил в измене. На островке вспыхнула гражданская война, под тропическим солнцем засверкали ножи. Мятеж был подавлен, но бедствия экспедиции на этом не окончились. Вскоре Менданья заболел и умер, в колонии вспыхнула эпидемия чумы. Как будто для того, чтобы нарочно ухудшить свое положение, испанцы предательски убили вождя туземцев. Тогда туземцы подняли восстание, чтобы отомстить за притеснения.Руководство экспедицией перешло к Киросу. В ноябре 1595 года он посадил оставшихся людей на корабли и решил плыть в Манилу. Чума продолжалась, за месяц от нее умерло сорок семь человек. В довершение всех бед однажды ночью исчез второй корабль. Несчастья не обуздали сеньору Менданья. После смерти мужа она пыталась захватить власть в свои руки и требовала, чтобы ее величали правительницей . Экипаж возненавидел ее. Особенно возмущало всех, что она тратила драгоценную пресную воду на стирку своих платьев. Жалея страдавших от жажды людей, Кирос пытался протестовать против ее поведения. В ответ на это Менданья захватила ключи от помещения, в котором хранилась вода. 3 января экспедиция прошла Разбойничьи острова и попала в штиль. Только 11 февраля 1596 года остатки экспедиции добрались до Филиппин. Местные власти осыпали почестями правительницу и почти не обратили внимания на молодого капитана, мужеству которого обязаны были спасением оставшиеся в живых члены экспедиции. Возвратившись в 1598 году в Лиму, Кирос сразу же атаковал вице-короля Перу. Он настойчиво требовал, чтобы была снаряжена новая экспедиция в Южное море, но не для поисков потерянных Соломоновых островов Кирос был убежден, что в южном полушарии существует огромный материк. Проекты Кироса вице-король положил под сукно. Кирос на свои скудные средства отправился в Испанию. В феврале 1600 года он высадился в Сан-Лукаре. В Севилье и Мадриде его встретили холодно. Тогда он отправился в Рим, к папе, надеясь, что глава католической церкви поддержит его проект. Так же как и Колумб, Кирос покорял сердца наивной, но поистине беспредельной искренностью. Испанский посол в Риме герцог Сеса уверовал в Кироса. Сеса убедил папу поддержать проект этого странного человека, полуапостола, полукормчего. И папа написал письмо испанскому королю Филиппу III. Папа просил короля ради вящей славы святой церкви поддержать проект Кироса. С этим письмом Кирос покинул Рим и в июне 1602 года прибыл в Испанию. В Совете по делам Индий, ведомстве, которому подчинялись все заморские владения Испании, к планам Кироса отнеслись более чем сдержанно. Но влиятельные сановники, связанные с Римом, поддержали проект, и в апреле 1603 года король подписал указ о снаряжении флотилии, которая должна была под командой Кироса отправиться из Перу на поиски Южного материка.
21 декабря 1605 года Кирос вышел из Кальяо. В его флотилии было три корабля: Капитана , Альмиранта и маленькое суденышко Три волхва . Корабли удалось снарядить не так уж скверно, но командный состав был укомплектован из рук вон плохо. Испанские власти, комплектуя экипажи, стремились прежде всего к тому, чтобы кормчие и капитаны доносили друг на друга и снабжали Лиму и Мадрид негласной информацией. Легче всего было добиться этой цели, включив в экипажи кораблей людей, относящихся друг к другу неприязненно и даже враждебно. И Киросу навязали в качестве помощника моряка Диего Прадо-и-Товара, который терпеть не мог своего начальника. Кирос сразу же возбудил недовольство команд тем, что выбросил за борт все игральные кости и зачитал приказ, в котором солдатам и матросам предписывалось не пить вина, не богохульствовать и ни в коем случае не притеснять, не обижать и не грабить туземцев в случае высадки на какие-нибудь земли. Флотилия должна была следовать на юго-запад до 30° южной широты. Если на этом этапе не встретилась бы земля, надлежало до 10° южной широты идти на северо-запад и далее на запад до островов Санта-Крус. Следуя на запад-юго-запад, флотилия дошла до 26° южной широты. Это был не очень выгодный курс, корабли слишком отклонились к югу и вышли из полосы попутных пассатов. На 26° шквалы, волнение от южных румбов и переменные ветры заставили Кироса взять курс на северо-запад, хотя по непонятным причинам этому здравому решению яростно противился его офицер Луис де Торрес. Смена курса произошла, по всей вероятности, в 100-200 милях к западу от острова Пасхи. Северо-западный курс привел флотилию к архипелагу Туамоту. С 26 января по 10 февраля 1606 года было открыто девять атоллов на восточной окраине этого архипелага какие именно, установить трудно, но, судя по описанию Кироса, это были атоллы Хендерсон, Марутеа, группа Актеон и Ненгоненго. 1 мая 1606 года Кирос достиг островов, которые он назвал Аустралиа-дель-Эспириту-Санто (теперь Новые Гебриды). Страна напоминала цветущий сад, а непрерывную цепь островов с первого взгляда можно было принять за континент. Это и был, по мнению Кироса, Южный материк. Когда корабли встали на якорь, Кирос распорядился в ознаменование великого открытия организовать торжественные процессии, танцы, церковные службы и фейерверк. Потом на месте высадки был воздвигнут крест и прочитан акт о том, что земля эта отныне принадлежит испанскому королю. Кирос и его люди оставались на Новых Гебридах тридцать пять дней. Затем решено было следовать на юг вдоль берегов открытого континента . Но, как только вышли из бухты, начался шторм.
Корабль Торреса вернулся в бухту и встал на якорь. Кирос был болен и не мог подняться на палубу, а его кормчий не решился приблизиться к порту и направил Капитану к островам Санта-Крус, у которых условленно было встретиться в случае, если корабли потеряют друг друга в океане. Безуспешно прождав там некоторое время Торреса, Кирос решил плыть назад и, описав большую дугу, в конце ноября прибыл в Акапулько. Торрес, думая, что Кирос тоже возвратится в бухту, ждал его некоторое время; не дождавшись, он решил продолжать плавание самостоятельно. Он поплыл на юго-запад, затем на север и попал в район островов у восточной оконечности Новой Гвинеи. Огибая Новую Гвинею с юга, он открыл пролив, отделяющий ее от Австралии и изобилующий мелкими островками, который был потом назван проливом Торреса. Остров Эспириту-Санто не отличался здоровым климатом. Моряки страдали от тропической лихорадки. В довершение всех бед 27 мая Кирос и многие его спутники жестоко отравились рыбой паргус и едва не отдали Богу душу. В начале июня Кирос решил временно сняться с якоря и направиться на осмотр Южного материка. Однако из-за ветров и течений он не смог продвинуться в южном направлении. 8 июня Кирос дал приказ возвратиться в бухту Сантьяго-и-Сан-Фелипе. Три дня спустя, 11 июня, при обстоятельствах весьма неясных Торрес и Прадо-и-Товар покинули бухту и увели Альмиранту и Три волхва . Прадо-и-Товар излагает ход событий таким образом: команда Капитаны восстала, заперла в кормовой рубке Кироса и тайком вывела корабль из бухты. К чести Кироса следует отметить, что за время долгого плавания в южных морях экспедиция не потеряла ни одного человека случай беспримерный в истории испанских морских походов. 9 декабря следующего 1607 года Кирос въехал в Мадрид и в городских воротах отдал нищему последний свой грош. На следующий день он начал новую битву, требуя от Совета по делам Индий снаряжения большой экспедиции для освоения Южной Земли Святого духа. Не десятки, а сотни писем и объяснительных записок отправил он в ближайшие два-три года в адрес всех высоких учреждений Испании. Он писал королю и папе, обивал пороги всех канцелярий Мадрида, не раз бывал в Эскуриале. Своей неугасимой верой он, как и прежде, покорял скептиков. Но Совет по делам Индий в 1608 году решил не снаряжать новой экспедиции. И вовсе не потому, что в Совете не верили Киросу. Мотивы были совсем иные. В Совете полагали, что новые открытия вредны. Они оттягивают из Испании людей, в то время когда в стране с каждым годом падает численность населения; они открывают новые пути врагам короля, они истощают казну его величества и это в пору, когда нет ни денег, ни возможностей удержать то, что уже открыто...