Произошло настоящее сражение, в результате которого восставшие были разбиты. Времени для колебаний не было. Два зачинщика были высажены на пустынный берег, а остальные были казнены. Сорок человек команды были закованы в кандалы. Порядок был восстановлен, но впереди лежал еще очень трудный путь. Надвигалась холодная, суровая зима. Магеллан горел нетерпением обогнуть Америку и выйти в Великое Южное море. В конце апреля Сант-Яго получил приказ исследовать дорогу на юг. Остальные корабли стали его ждать. Время тянулось медленно. Однажды на берегу появился туземец гигантского роста. Он был одет в грубые кожаные сапоги и отплясывал какой-то странный танец. В память этого случая испанцы назвали страну Патагонией ( Страна больших ног ). Вслед за первым туземцем пришли еще другие. Потом появились еще два человека, танцевавшие от холода. В темноте их было тоже приняли за туземцев, но они оказались матросами с Сант-Яго . Матросы рассказали, что, выйдя из бухты, они открыли реку, которую назвали Санта-Крус. Но вскоре после этого их корабль разбился во время шторма. Команда спаслась, но отчаянно голодала. Эти два матроса несколько дней брели по безбрежной болотистой равнине. Магеллан послал в помощь потерпевшим двадцать четыре человека с двухмесячным запасом провизии. В конце концов, после бесчисленных трудностей, команда Сант-Яго вернулась, но корабль был потерян. 24 августа флот вышел из Пуэрто Сан-Хулиан и направился на юг. Зимние штормы еще не кончились, но корабли кое-как подвигались вперед и спустя два дня вошли в устье реки Санта-Крус. Здесь путешественники набрали пресной воды, наловили рыбы и убили несколько лам для пополнения мясных запасов. 18 октября флот вышел из Санта-Крус и 21-го обогнул большой мыс, который моряки назвали мысом Одиннадцати Тысяч Дев. За ним среди мрачных утесов начинался узкий проход, который мог быть или устьем реки, или проливом. Попробовали воду, она была соленой. Очевидно, это был долгожданный пролив. Плавание в проливе требовало большого искусства. В узких запутанных каналах приливы были исключительно сильны. Из-за большой глубины не удавалось встать на якорь. Дули встречные ветры, а по ночам налетали штормы, приносившие леденящий холод со снежных вершин, обрамлявших берега. По ночам среди пустынных скал, лежавших на юге, вспыхивали костры туземцев. Испанцы назвали это место Тиерра дель-Фуэго ( Огненная Земля ). На следующий день Сан-Антонио и Консепсион отправились на разведку пролива. Через два дня корабли вернулись, открыв кишевшую мелкими рыбками реку, которую они назвали рекой Сардинок, и к северо-западу от нее мыс Десеада ( Желанный ).
Во время второй разведки Сан-Антонио исчез. Бунтовщики захватили этот корабль и направились на нем назад в Испанию. Но в то время никто во флоте об этом не знал. Барбоса вернулся к мысу Одиннадцати Тысяч Дев и кораблю, который считали пропавшим, оставил там флаг с инструкцией. Наконец 18 ноября три оставшихся корабля нашли выход из пролива и вышли в Тихий океан. Испанцы попали в океан во время штилей, и поэтому Магеллан назвал его Тихим. Но хотя на нем не было штормов, все же это плавание было мучительным испытанием. Пресная вода кончалась, пища тоже, а корабли, подгоняемые непрекращавшимся попутным ветром, все бежали да бежали по безбрежным водным просторам. Черви изгрызли остатки сухарей, началась цинга. Путешественники ослабели, их кожа покрылась язвами, лица побледнели. Люди умирали. 24 января корабли проплыли мимо пустынного острова; 4 февраля прошли мимо другого пустынного острова. Путешественники назвали их Несчастливыми островами (ныне они называются остров Сан-Пабло и остров Акул). Продукты кончились. Люди содрали кожаную обивку с рей, четыре дня мочили ее в море, затем жарили и ели. Чтобы хоть чем-нибудь набить себе желудки, моряки ели также опилки. Крысы, если их удавалось поймать, считались лакомым блюдом и продавались по полдуката. Но крысы были тощи, они тоже голодали. Наконец 6 марта показались острова. Туземцы встретили пришельцев недружелюбно. Произошла стычка, во время которой туземцы потеряли семь человек, а у испанцев была украдена шлюпка. Захватив лишь скудные припасы, моряки снова снялись с якоря и вышли в море. Испанцы назвали эти острова Ладронес, что значит Разбойничьи . 16 марта наконец путешественники подплыли к цветущему острову Самар (в группе Филиппинских островов). Туземцы Самара оказались более гостеприимными, чем жители Разбойничьих островов. Моряки достали у них вволю продуктов и пресной воды. Завязалась торговля. Магеллан и король обменялись визитами. Магеллан усердно занялся обращением жителей Самара в христианство. Через некоторое время корабли двинулись дальше. Флот приближался к острову Себу; Магеллан понимал, что его странствия подходят к концу. Установление связи с уже открытыми землями Старого Света было только вопросом времени. Один встретившийся им туземец уже понимал язык слуги Магеллана, вывезенного им с Малакки. Во время стоянки кораблей у острова Себу между вождем этого острова и вождем независимого племени на маленьком островке Мактан возникла междоусобная война. Магеллан считал, что он должен поддержать своих новообращенных друзей, и ввязался в войну. Он взял сорок человек из своей команды и на нескольких больших лодках отправился на Макган.
Но так как туземцев оказалось очень много, Магеллан только успел сжечь часть деревни, а затем его отряд был оттеснен к берегу и вынужден был спасаться, бросившись к лодкам. Моряки из лодки Магеллана дрались дольше всех, прикрывая отступление других. Дважды шлем командира был сбит с его головы, но он снова надевал его и продолжал стрелять. Магеллан был ранен в ногу, в лицо ему попала отравленная стрела, а он, находясь уже по пояс в воде, не переставал сражаться. Но в тот момент, когда он оглянулся, чтобы убедиться, все ли его люди благополучно сели в лодки, удар деревянного меча сбил его с ног. Ряды туземцев сомкнулись над ним. Магеллан упал в воду, но туземцы продолжали наносить ему удары мечами. Восемь человек погибли вместе со своим командиром, остальные спаслись в лодках. Лишившийся своего адмирала флот отплыл к острову Бохоль. Командование приняли на себя Барбоса и Эль-Кано. Последний довел корабли до Испании и там же угодил под суд за мятежи и неповиновение. И хотя по справедливости именно Эль-Кано надо считать первым человеком, обогнувшим земной шар, однако все признают, что только благодаря энергичности и воле Магеллана этот поход вообще состоялся. В числе других добродетелей, писал о своем капитане его историограф Антонио Пигафетта, он отличался такой стойкостью в величайших превратностях, какой никто никогда не обладал. Он переносил голод лучше, чем все другие, безошибочнее, чем кто бы то ни было в мире, умел он разбираться в навигационных картах. И то, что это так и есть на самом деле, очевидно для всех . Магеллан погиб в 1521 г. На пустынном берегу о. Мактан, где нашел смерть Магеллан, ему поставлен памятник в виде двух кубов, увенчанных шаром.