Прибыв в Джидду 18 июля, Буркхардт оказался без денег, так как его векселя, имевшие хождение в Кайре, здесь не оплачивались. Больной и лишенный средств, он вынужден был продать своего юного раба. Но нашелся человек, который оплатил его вексель, что позволило Буркхарду вздохнуть свободнее. В это время наместник султана Мухаммед Али пригласил Буркхардта посетить его резиденцию в Таифе. Швейцарский путешественник получил возможность первым из европейцев увидеть самый красивый город Аравии, славящийся своими садами, розами и фруктами, которые продавались на рынке в Мекке. 24 августа путешественник выехал из Джидды в Таиф. Дорога вела через горный хребет по долинам, среди роскошной растительности. Таиф славится своими прекрасными садами; розы и виноград вывозят оттуда во все районы Хиджаза. Раньше этот город вел обширную торговлю И достиг значительного процветания, но потом его разграбили ваххабиты. Мухаммед Али был убежден, что этот швейцарец английский шпион, который немедленно сообщит в Индию обо всем, что увидит в Аравии. В Каире только что получила известность книга Али-бея (Бадьи-и-Леблиха), и знатные особы были озабочены тем, чтобы не предстать еще раз глупцами в глазах иностранцев. Поэтому-то позднее паша и заявит во всеуслышание в Каире, будто он всегда знал, что Буркхардт английский шпион. В Таифе же он, напротив, поторопился объявить гостя примерным мусульманином. Все подозрения, заявил он, лишены оснований. Буркхардт, без сомнения, посетил Таиф первым из европейцев, но он так и не увидел здешних садов. Глазам Буркхардта предстали печальные развалины свидетельство взятия города ваххабитами в 1802 году, да могила местного святого, разграбленная этими фанатиками. После десятидневного пребывания в Таифе, где за ним следили и где он не осмеливался выходить за пределы города, Буркхардту удалось добиться, чтобы его с миром отпустили в Мекку. Буркхардту повезло: завоеватели-ваххабиты ушли, оставив Хиджаз и священные города туркам и египтянам. Он был первым из тех, кто проник в Хиджаз вслед за победившими ваххабитов турецко-египетскими армиями. 7 сентября он двинулся в Мекку. Отлично изучив Коран и превосходно зная все мусульманские обряды, Буркхардт прекрасно исполнял роль паломника. Его первой заботой было как это предписывает закон каждому правоверному, вступающему в Мекку, облачиться в ирам то есть в одежду без швов; одним куском коленкора обертывают чресла, другой набрасывают на грудь и плечи. Первая обязанность паломника идти прямо в мечеть, даже не обеспечив себя ночлегом. Буркхардт выполнил это требование, как выполнил и прочие предписанные для этого случая обряды и церемонии специального характера.
Буркхардт приезжает в Мекку в декабре 1814 года и пытается жить так уединенно, как только возможно, выдавая себя за хаджи или за частное лицо из Египта . Вообще, заслуга Буркхардта при описании Мекки состояла в умении понять главное. Он прочел и использовал арабские тексты, касающиеся священного города и его истории, и они помогли ему больше узнать и лучше увидеть. Так, например, ему стало известно, чем была Кааба до ислама. До Мухаммеда, когда Аравия была языческой, Кааба была предметом поклонения, и предки мусульман приходили сюда совершать тавваф, то есть семь кругов, как делают сегодня и их потомки. Здание украшали тогда фигуры ста шестидесяти богов. Однако имелась существенная разница в манере совершения церемонии, ибо в то время мужчины и женщины должны были являться сюда совершенно обнаженными, отбрасывая свои грехи вместе с одеждой; таким образом, хадж, или мусульманское паломничество, есть не что иное, как продолжение старого обычая . Сама Кааба так часто разрушалась и восстанавливалась, что от седой древности в ней не осталось и следа. Но она существовала раньше мечети, двор которой окружает ее сейчас. Буркхардт выяснил также, что Кааба была полностью реконструирована в 1627 году и что акведук, по которому вода приходит в город с горы Арафат, был построен Харун ар-Рашидом (знаменитым халифом из сказок Тысячи и одной ночи ). Буркхардт подробно описывает Мекку и ее святилища. В отчете приведены самые обстоятельные сведения о других достопримечательностях: о священных колодцах под названием Земзем (вода из них считается верным средством от всех болезней), о Вратах Спасения, о здании Макам-Ибрагим, заключающем камень, на котором стоял Авраам, когда он строил Каабу, и который сохранил отпечаток его колен, а также о других строениях внутри храмовой стены. Буркхардт писал: Хотя жители Мекки и отличаются большими достоинствами, хотя они приветливы, гостеприимны, веселы и горды, они в то же время у всех на виду нарушают предписания Корана пьют, играют и курят. Обман и вероломство перестали считаться преступлением у жителей Мекки; отлично зная, что их пороки вызывают сплетни, всякий из них сам громит порчу нравов, но никто не подает примера к исправлению . Швейцарский путешественник видел Мекку после паломничества, то есть в самое обычное время. Мечеть служит местом прогулок: Тысячи зажженных во время рамадана ламп большой мечети делают из нее место свидании для иностранцев. Они приходят сюда прогуляться либо просто сидят группами и разговаривают . Мечеть служит также и школой, где группы учеников сидят у подножия колонн и, раскачиваясь, повторяют Коран.
Здесь в случае необходимости можно найти уличного писца или продавцов магических заклинаний, написанных на обрывках пергамента. Так как ваххабитов уже не было, Буркхардт сумел войти в город и оставил описание гробницы пророка, построенной в начале XVI века. В районе Медины посещают еще два священных места. Первое деревня Коба. Около этой деревни Мухаммед сделал первую остановку, когда окончательно покинул свой родной город Мекку, не принявший его веры, и переселился в Медину, где была начата его пророческая деятельность (хиджра). В окружении нескольких деревьев там стоит самая заурядная мечеть и тридцать-сорок домов вокруг нее . Другое почитаемое место то, где Мухаммед принял решение обращаться отныне во время молитвы не в сторону Иерусалима, а в сторону Мекки. Решение это, наполненное глубоким смыслом и значением, было принято в Эль-Кибле, расположенном в часе пути к северо-западу от Медины и ставшем объектом благоговейных посещений. В Эль-Кибле сохранились два грубых столба, символизирующих два направления. 15 января 1815 года Буркхардт покинул Мекку, пристав к небольшому каравану паломников, направлявшихся к могиле пророка. Путешествие в Медину, так же как и переход из Джидды в Мекку, совершается ночью, что затрудняет задачу наблюдателя, а зимой порождает неудобства большие, чем если бы оно совершалось при дневном свете. Надо пересечь долину, поросшую кустарником и финиковыми пальмами. Местность в восточном конце ее хорошо обработана и носит название Вадн-Фатме или просто Эль-Вади. Немного дальше лежит долина Эль-Зафра, знаменитая насаждениями финиковых пальм и базаром, на который стекаются все соседние племена. Буркхардту понадобилось тринадцать дней, чтобы добраться до Медины. Он собрал много сведений об арабах и ваххабитах. Как и в Мекке, здесь первая обязанность паломника посетить гробницу и мечеть Магомета. Однако здешние обряды проще и короче, и паломник отделывается от них в четверть часа. Пребывание в Мекке оказалось очень вредным для Буркхардта. В Медине он заболел перемежающейся лихорадкой. Скоро приступы стали ежедневными, а затем появлялись раз в три дня. Буркхардт так ослаб, что уже не мог подниматься со своего коврика без помощи раба парня, по характеру и привычкам пригодного для ухода скорее за верблюдом, чем за своим изнуренным и павшим духом хозяином . Болезнь на три месяца приковала Буркхардта к постели. Ему пришлось отказаться от намерения пройти пустыней до Акабы, и он поспешил добраться до Янбо, откуда мог бы отплыть в Египет. В отчете Буркхардта содержится много любопытных подробностей о Медине и ее жителях, о ее окрестностях и о других менее примечательных местах, которые посещают паломники.
От посещения Хиджаза путешественник отказывается. 21 апреля 1815 года Буркхардт присоединился к каравану и с ним пришел к воротам Янбо, где свирепствовала чума. Путешественник вскоре заболел. Он так ослаб, что ему было не под силу даже искать убежища в деревне. Об отъезде из города не могло быть и речи, так как все корабли, готовые к отплытию, были переполнены больными солдатами. Ему пришлось провести восемнадцать дней в этом городе, охваченном эпидемией, прежде чем удалось сесть на небольшое судно, доставившее его в Кусейр. Оттуда пешком он отправился в Египет. 26 июня 1815 года он возвратился в Каир. Буркхардт узнал там о смерти своего отца. Здоровье самого путешественника было сильно подорвано болезнью. Поэтому он только в 1816 году мог совершить восхождение на гору Синай. Занятия естествознанием и подготовка к печати путевых дневников, а также о6ширная переписка поглощали все его время до конца 1817 года. Он собирался присоединиться к каравану, направлявшемуся в Феццан, когда у него внезапно начался бурный приступ лихорадки. Проболев несколько дней, 15 октября 1817 года Буркхардт скончался со словами: Напишите матери, что мои последние мысли были о ней . Буркхардт углубил и расширил знания о районе священных городов. Несмотря на то что он побывал в Таифе, путешественник не столько открыл неизвестное, сколько блистательно объяснил и описал то, о чем знали лишь приблизительно. Никогда, писал он своему отцу в письме от 13 марта 1814 года из Каира, никогда я не сказал ничего о виденном или встреченном мною, что не было бы вполне согласно с моей совестью ведь не для того же, чтобы писать романы, я подвергался таким опасностям! Исследователи, побывавшие после Буркхардта в странах, посещенных им, единогласно подтверждают правдивость этих слов и восхваляют его точность, его знания, его проницательность. Его Путешествие в Аравию и Заметки о бедуинах вышли в свет почти сразу после его смерти.