С этого времени в жизни Данилевского начался длительный период научных экспедиций по России, главная цель которых состояла в изучении крупных рыбных промыслов, имевших для государства важное хозяйственное значение. Обобщением результатов каспийской экспедиции стало несколько томов капитального издания "Исследования о состоянии рыболовства в России" (СПб.,1860) под редакцией Бэра. Третий и пятый тома были составлены Данилевским. В 1862 г. Русское Географическое Общество присудило Данилевскому малую золотую медаль за статистические исследования Каспийского рыболовства.
Если первые четыре года Николай Яковлевич был помощником Бэра, то с 1857 г. он в качестве начальника экспедиции самостоятельно проводил исследования на берегах Белого моря, Ледовитого океана, на Печоре, занимался изучением рыбных промыслов в Азовском и Черном морях. Отчеты экспедиций свидетельствуют, что все они были делом души Николая Яковлевича, а не только обязанностью. В одной из экспедиций Николай Яковлевич сопровождал великого князя Алексея Александровича в путешествии на евер России: в Архангельск и Соловецкий монастырь.
В общей сложности Николай Яковлевич провел в экспедициях и командировках 30 лет своей жизни.
Специализируясь по вопросам прикладной ихтиологии, исследуя рыболовные промыслы во всей Европейской части России, Н.Я. Данилевский составил для них действующие постановления. В 1912 г. проект устава по рыболовству, созданный К. Бэром и в большей части Н.Я. Данилевским, обсуждался в Государственной думе и был ею принят. Творческое наследие Николая Яковлевича в области рыбного промысла по отзыву специалистов, "и до сих пор не потеряло своего значения. В них сказывается выдающийся по точности исследователь, способный не только собрать обильнейший материал, но и овладеть им, умело его систематизировать".
Хочется сказать, что в силу своего характера Николай Яковлевич везде пользовался уважением, доверием и авторитетом. Так, во время пребывания экспедиции в Ново-Петровском укреплении на полуострове Мангышлак, Николай Яковлевич познакомился с известным украинским поэтом – Тарасом Шевченко, бывшем там в числе солдат как политический ссыльный. В октябре 1854 г. Тарас Григорьевич писал своему другу Залескому: "Данилевский такой человек, что может в нашей пустыне вскружить и не мою голову. Во все время пребывания его здесь я почти не расставался с ним. Он своим присутствием оживил во мне, одиноком, давно прожитые прекрасные дни. <…> он во всех отношениях прекраснейший человек; жаль только, что он ученый, а то был бы настоящий поэт". Спустя месяц после отъезда экспедиции Т. Шевченко опять вспоминал о Данилевском: "Он прожил у нас только 2 месяца, и за это время я сблизился с ним до искренней дружбы. Проводивши его, я чуть с ума не сошел. В первый раз в жизни моей я испытывал такое страшное чувство. Никогда одиночество не казалось мне таким мрачным, как теперь… Ты говоришь, что ты в своем углу сроднился со своим безотрадным одиночеством; я тоже думал, пока не показался в моей широкой тюрьме живой человек - человек умный и благородный, в широком смысле этого слова и показался для того, чтобы встревожить мою дремавшую бедную душу ".
В октябре 1857 г. Высочайшим приказом Н.Я. Данилевский стал чиновником в Министерстве Государственных Имуществ в департаменте сельского хозяйства. С этого времени вся его служебная деятельность была связана с этим Министерством; он был избран членом ученого комитета и совета этого Министерства. В 1884 г. ученый получил чин тайного советника.
В 1869 г. Данилевского избрали членом Комитета Каспийских рыбных и тюленьих промыслов. А ихтиологи в знак уважения к трудам Н.Я. Данилевского один из местных видов ельцов в бассейне Дона назвали елец Данилевского (Leuciscus danilewskii). За исследование Кубанской дельты, напечатанное в "Записках Географического Общества", он был награжден высшей наградой Географического Общества – Большой Константиновской медалью.
Во второй половине 60-х годов, параллельно с напряжённой и непрерывной работой в экспедициях Николай Яковлевич подготовил исторический отклик на современное общественно-политическое состояние Европы, знаменитую монографию " Россия и Европа".
Переезд в Крым
В 1872 г. Николая Яковлевича перевели в Крым, назначив председателем Комиссии для составления правил о пользовании проточными водами в Крыму. Помимо этого служебная деятельность Н.Я. Данилевского заключалась в работах по борьбе с филлоксерой в Крыму, заразившей там виноградники.
В октябре 1880 г. Николай Яковлевич обнаружил на южном берегу Крыма в имении Раевского в Тессели насекомое филлоксеру и предложил единственный по его убеждению способ борьбы с этой "чумой" виноградников: полное уничтожение зараженных виноградников, с последующей специальной обработкой почвы и сжиганием кустов и корней больных растений. В свое время этим способом воспользовалась Швейцария, сумев справиться лучше других стран с последствиями заражения филлоксерой. Николай Яковлевич в силу добросовестности характера считал крайне необходимым прежде работы, которой ему предстояло руководить, ознакомиться с тем, как ведется это дело за границей. Он побывал в Швейцарии и Франции и подробнейшим образом ознакомился с тонкостями способа уничтожения филлоксеры виноградной, употребленным в Женеве в 1875 и 1876 годах и в Невшателе с 1877 по 1878 год. Дома работу по борьбе с виноградным вредителем Данилевский начал с уничтожения собственных виноградников…
По понятным причинам многие не хотели уничтожать свои виноградники. В прессе, как обычно это бывает, поднялась волна против Данилевского. Дело дошло до того, что ему не давали возможности отвечать в печати на ругательные статьи в его адрес. В одном из писем Николай Яковлевич пишет своему другу Н.П. Семенову о том, что в настоящее время "помощь Ваша мне всего нужнее. На меня нападают и ругают во всех газетах, что хуже чем приговор … обвиняют, что и филлоксеру-то я выдумал неизвестно из каких побуждений…". Николай Яковлевич был убежден, что "клевету нельзя оставлять без ответа" и просил о содействии напечатать в журнале опровержения.
И только благодаря прямоте и твердости характера Николай Яковлевич справился с порученной ему работой. И как справился! Результатов, каких достиг Данилевский в Крыму, не было в то время ни в одном европейском государстве.
С осени 1880 г. Н.Я. Данилевский окончательно поселился на Южном берегу Крыма в своем имении Мшатке под Байдарскими воротами, в двух километрах от Фороса. В имении со своей семьей он мог оставаться только зимой, а в другое время года ему постоянно приходилось покидать родных для служебных командировок. Зимнее время Николай Яковлевич использовал для литературно-научных занятий, обработки результатов, полученных в экспедициях.
Хотя большую часть времени Николай Яковлевич проводил в экспедициях и мало бывал в обществе, его труды и имя были хорошо известны в России. Достаточно сказать, что в 1885 г. в имение к Данилевским для знакомства с Николаем Яковлевичем из Симеиза приезжал Л.Н. Толстой. Николай Яковлевич показывал ему свой уникальный парк, поделенный на участки по растительным сообществам. Эти участки соответствовали культурно-историческим типам, изложенным в "России и Европе".
В октябре 1885 г. Николай Яковлевич вернулся из очередной командировки в Тифлис по исследованию рыболовства на озере Гохчи. Эта экспедиция Николая Яковлевича Данилевского оказалась последней: по возвращении из поездки в Тифлис у него случился сердечный приступ и 7 ноября 1885 г. он скоропостижно скончался. Похоронили Николая Яковлевича Данилевского в его имении Мшатка в той части парка, которая называлась "кипарисовым залом".
Дом, где жили Данилевские сгорел вместе с уникальной библиотекой и архивом ученого в 1918 г. А в 30-е годы 20 в. могилу Данилевского, принадлежавшего "к числу тех редких людей, которых можно было бы назвать "искателями истины", которой он всю жизнь служил всеми своими трудами, всей душой и всеми помыслами", залили бетоном… Слава Богу, что в мае 1996 г. бетон с могилы был снят и поставлен крест.
Исследование дарвинизма
Н.Я. Данилевский занимался не только прикладной зоологией, но его интересовали и общие вопросы биологии. В связи с этим нельзя не упомянуть о его капитальном сочинении «Дарвинизм. Критическое исследование», которому было суждено остаться неоконченным из-за смерти автора. Вышел этот труд уже после смерти Николая Яковлевича в конце 1885 года.
Н.Я. Данилевский был одним из фундаментальных критиков Ч. Дарвина, видевшим в дарвинизме учение, которое "изменяет, переворачивает не только наши ходячие и наши научные биологические взгляды и аксиомы, а вместе с этим и все наше мировоззрение до самого корня и основания". Ученый очень хорошо понимал, что со знанием можно манипулировать, и что разные силы делают это по-разному, используя одни и те же факты.
Одним из этапов формирования материалистического сознания, отрицающего существование духа, разумность мира, в XIXв. было появление и внедрение в умы учения Ч. Дарвина. Хотя многие признанные ученые XIX и XX веков (Виганд, Бэр, Любищев, Чайковский и др.) указывали на принципиальные ошибки, нелогичность, гипотетичность дарвинизма, до настоящего времени информация подается таким образом, что гипотеза английского ученого является последним словом науки, сумевшим объяснить происхождение живого.
Было многое сделано, чтобы "Дарвинизм. Критическое исследование" Н.Я. Данилевского осталось мало замеченным и как можно меньше оказывало влияния на читающую публику. После первого издания в 1885 г. это сочинение до сих пор ни разу не переиздавалось. И это при том, что практически в каждой критической работе о дарвинизме историки науки, биологи XX в., как правило, ссылаются на Н.Я. Данилевского. "По закону жанра" труд "Дарвинизм" Н.Я. Данилевского, представленный в Российскую Академию Наук для соискания премии, не был удостоен последней.
Заключение
Разработка биологических основ рационального рыбного хозяйства, начатая Бэром и Данилевским, не потеряла своего значения и в настоящее время. Многие мысли, высказанные учеными в XIX столетии, используются и при современных исследованиях. Мы надеемся, что жизнь и деятельность Николая Яковлевича Данилевского, "энциклопедически образованного, глубокого ученого и цельного, необыкновенно симпатичного, до глубины души русского человека" станет, безусловно, предметом дальнейшего изучения. А естественнонаучное наследие Н.Я. Данилевского, включая в первую очередь его "Дарвинизм. Критическое исследование" займет подобающее ему место в истории науки.