С избранием на земском соборе в феврале 1613 года царем Михаила Федоровича Романова деятельность правительства Трубецкого-Пожарского-Минина прекратилась. Героев освободительной борьбы стали быстро оттеснять от трона завистники и недоброжелатели. Правда, царь Михаил Федорович отметил их заслуги: в июле 1613 года Дмитрий Пожарский стал боярином, а Кузьма Минин - думным дворянином (третий по значению чин в Боярской Думе). Ему пожаловали оклад 200 рублей в год и двор в Нижегородском Кремле у Спасо-Преображенского собора. Но должность казначея и руководителя Казенного приказа досталась Н.В.Траханиотову. Теперь Кузьма постоянно проживал в Москве, выполняя различные правительственные поручения, а его сын Нефед и братья оставались в Нижнем Новгороде.
После 1613 года Минин продолжал заниматься сбором "пятины" - двадцатипроцентного налога "с гостей Гостиной и Суконной сотен и с черных сотен и слобод". Его имя значится наряду с боярскими именами в грамоте, направленной в Польшу в конце 1614 года, - правда, теперь оно аж на девятнадцатом месте (фамилия Д.М.Пожарского стоит здесь одиннадцатой). Годом позже во время переговоров русской делегации с поляками на пограничье двух государств один из польских представителей, Ян Гридич, укорял русских послов: "...Да и теперь у вас... Кузьма Минин, мясник из Нижнего Новгорода, казначей и большой правитель, всеми вами владеет, и другие такие же многие по приказам у дел сидят".
20 января 1615 года царь Михаил Федорович "пожаловали есмя думного своего дворянина Кузьму Минича за его, Кузьмину, многую службу" вотчиной в селе Богородском Нижегородского уезда с девятью деревнями, перешедшими затем по наследству к его жене и сыну. В мае того же года постаревший Кузьма обратился к царю с челобитной, прося освободить сына, братьев и своих крестьян от подсудности нижегородским властям. Его просьба была удовлетворена. Вот почти полный текст царской грамоты от 31 мая 1615 года: "...В Нижней Новгород боярину и воеводам нашим князы Володимеру Ивановичу Бахтеяру-Ростовскому да Борису Ивановичу Нашокину, да дьяку нашему Ондрею Варееву. Бил нам челом думной наш дворянин Кузьма Минич, что живет он на Москве при нас, а поместья де и вотчинка за ним в Нижегородском уезде, и братья его и сын живут в Нижнем Новегороде, и им деи, и его людем и крестьяном, от исков и от поклепов чинится продажа великая, и нам бы его пожаловати, братью его и сына и людей и крестьян, ни в чем в Нижнем Новегороде судити не велети; а велети их судити на Москве. И как к вам ся наша грамота придет, и вы б на Кузьмину братью и на людей, и на крестьян в исцовых искех, опричь татиного и разбойнаго дела, суда не давали без наших грамот; а кому будет до его братьи и до людей и до крестьян дело, и они бьют челом нам на Москве; а прочет сю нашу грамоту и списав с нее слово в слово, отдали б есте подлинную нашу грамоту Кузьминым братьям и людем и крестьяном, вперед для иных наших воевод".
Сохранились сведения о пожертвовании Мининых Троице-Сергиевому монастырю. Вскоре после разгрома войск гетмана Ходкевича у стен Москвы "7120 (1612) году сентября в 29 день дал вкладу Кузьма Минин мерин бур сросл за 16 рублев". Тому же Троице-Сергиеву монастырю в 1631 году "марта в 10 день дал вкладу Нефед Кузьмин сын Минина денег 50 рублев" - немалую по тем временам сумму. Вкладная книга обители XVII века содержит под 1623 годом еще одну запись, очевидно, также имеющую отношение к семье Кузьмы Минина: "...генваря в 17 день дал вкладу из Нижнего троицкой Кузьминской человек Минина Петр Матвеев сын татарин да Арист Федоров сын шуянин с сыном своим Иваном в Нижнем Новегороде внутри города на Большой улице двор свой купленой с хоромы, а жити им в том дворе до своего живота, а оброку платити им в казну по 2 рубли на год".
Незадолго до смерти Кузьме Минину пришлось в 1615 году вместе с князем Ромодановским совершить поездку в Казань для проведения сыска по делу восставших черемисов (марийцев). После дознания он приказал подвергнуть пытке дворянина Саву Аристова, чьи злоупотребления и вызвали восстание. В Москву Минин уже не вернулся. Он умер, вероятно, на обратном пути в первой половине 1616 года и был похоронен на кладбище Нижегородского Кремля.
5 июля 1616 года подьячий Поместного приказа Елизарко Михайлов переписал грамоту царя Михаила Федоровича, пожаловавшего "думного нашего дворянина Кузьмину жену Минина, вдову Татьяну, с сыном Нефедьем, мужа ее вотчиною в Нижегородском уезде селом Богородицким с деревнями". А 31 октября 1616 года царем была удовлетворена жалоба Нефеда Минина на притеснения нижегородских властей. В тексте грамоты упоминаются наряду с вдовой и сыном братья покойного Кузьмы Минина: "... в Нижней Новгород, боярину и воеводам нашим князю Володимеру Ивановичу Бахтеярову-Ростовскому да Борису Ивановичу Нащокину, да дьяку нашему Дементью Образцову. Пожаловали есмя думного нашего дворянина Кузьмину жену Минина, вдову Татьяну, с сыном с Нефедьем, мужа ее вотчиною в Нижегородском уезде селом Богородицким с деревнями, на тысячу на шестьсот на десять четьи. И как к вам ся наша грамота придет, и вы б в Нижегородской уезд, в Кузьмину вотчину Минина, в село Богородицкое с деревнями, послали кого пригоже, да ту вотчину, село Богородицкое с деревнями, на тысячу на шестьсот на десять четьи, велели отказать думного нашего дворянина Кузьмине жене Минина, вдове Татьяне, с сыном с Нефедьем и велели ей тою вотчиною владети по нашей жаловалной вотчинной грамоте, какова наша жаловалная вотчинная грамота на ту вотчину дана мужу ее Кузьме, и крестьяном ее слушать велели во всем. А прочет сю нашу грамоту и списав с нее противень слово в слово, оставили б есте у себя, а подлинную нашу грамоту, справя, отдали б есте Кузьмине жене Минина, вдове Татьяне, с сыном с Нефедьем, и они ее держат у себя для иных наших воевод и приказных людей". Один из братьев покойного Кузьмы, Сергей Минин, принял грамоту 19 января 1617 года в Нижнем Новгороде, о чем свидетельствует запись на ее обороте.
Нефед Минин вскоре переехал в Москву, где в чине стряпчего пребывал при царском дворе. Во время двух бракосочетаний царя Михаила Федоровича (в 1624 году - с М.В.Долгорукой, а в 1626 году - с Е.Л.Стрешневой) он участвовал в свадебных церемониях в качестве фонарщика, что являлось немалой честью. Не раз ему приходилось встречаться с соратником отца, князем Д.М.Пожарским. Стряпчий "Нефед Кузьмин, сын Минин" присутствовал на приемах иностранных послов, выполнял придворные поручения. В одном из документов 1625 года упоминается некая Матренка Белошейка, сосланная из Москвы в Ярославль за воровство (разврат) по делу "Нефедья Минина". Последний, будучи женатым, вероятно, вступил в связь с этой женщиной, отличавшейся легкостью поведения. Умер он бездетным между 1 сентября 1632 года и апрелем 1633 года, до смерти владея отцовской выслуженной вотчиной в Нижегородском уезде и подмосковным поместьем, купленным в качестве вотчины. После его кончины село Богородицкое и двор в Нижнем Новгороде были отданы князьям Ивану Борисовичу и Якову Куденетовичу Черкасским. Ранее в нижегородском доме Кузьмы Минина поместили сосланную невесту царя Михаила Федоровича - Марью Хлопову. Вдове же Нефеда Минина Анне и матери Татьяне выделили небольшое поместье, из-за которого им пришлось несколько лет вести тяжбу с другим претендентом - стольником Д.И.Плещеевым.
Оставшись без мужа и сына, Татьяна Семеновна Минина приняла монашеский постриг с именем Таисии и передала причту Спасского собора "на пропитание" для поминания своих родителей торговую лавку "в Нижнем Новегороде в большом в шапошном ряду", в свою очередь полученную ею в 1635 году в заклад за 64 рубля от трех братьев Чапуриных - Кузьмы, Афанасия и Григория, нижегородских посадских людей. Скончалась она около 1640 года. "После Татьянины Кузьмины жены Минина" ее прожиточное поместье в Луховском уезде было передано другим владельцам.
Вдова же Нефеда Минина Анна вышла замуж за помещика Андрея Ивановича Зиновьева, и в последний раз ее имя упоминается в документе 1644 - 1645 годов о продаже подмосковной вотчины, доставшейся в наследство от первого мужа. На полученные деньги она, по-видимому, и заказала поминания рода "Мефодия Козмина сына Минина" в Успенском соборе Московского Кремля. В одном из списков (? 67) Успенского синодика XVII века, хранящемся в Отделе рукописей Государственного Исторического музея, есть краткая поминальная запись: "Козмы. Михаила. Сергиа. Симеона схим[ника]. Ефрема. Мисаила. Татианы. Мефодиа". Помимо хорошо известных имен Кузьмы Минина, его жены Татьяны и сына Нефеда, мы находим здесь еще пять: Михаил, Сергий, Симеон, Ефрем, Мисаил. Очевидно, это скончавшиеся другие дети Мининых. Один из них, как видим, принял монашескую схиму с именем Симеон.
В находящейся там же рукописи XVII века (? 65) синодика Успенского собора удалось обнаружить более пространную поминальную запись: "Род Нефеда Козмина сына Минина. Козму. Миха[и]ла. Сергия. Татиану. Инока схим[ника] Ефрема. Мисайла. Инока схим[ника] Мисайла. Сергия. Инока схим[ника] Никифора. Феодосию. Соломанию. Романа уб[и]е[наго]. Иякова убиенаг[о]. Мефодиа". Здесь мы видим еще пять новых имен - Никифора, Феодосия, Соломонии, а также убиенных Романа и Якова. Остается только гадать, кому же из Мининых они принадлежат. Может быть, овдовевшая и вышедшая вторично замуж Анна Зиновьева (Минина) включила в поминальник не только родню своего первого мужа Нефеда, но и каких-то других родственников.
Род Кузьмы Минина пресекся со смертью его сына Нефеда, но могли остаться потомки его братьев - Ивана и Федора, проживавших в Балахне, Бессона (Безсона) и Сергея, переехавших в Нижний Новгород. Существует предание о наличии у Кузьмы сестры Дарьи. Позднее, в XIX веке, находились люди, пытавшиеся установить через Дарью свое родство со знаменитым нижегородцем.