Приехав в Петербург, в Духовную академию, Добролюбов узнал, что до окончания вступительных экзаменов он должен жить на частной квартире. Думал ли он, когда переносил свои бедные семинарские пожитки в нанятое за 35 копеек в день помещение, что случайный наем комнатки имел роковое значение в его жизни. В другом углу той же комнаты поселился студент педагогического института - один из тех, кто год назад поступил в институт, не выдержав экзамена в академию. Студент поселился там на время, так как приехал из провинции раньше окончания каникул, в то время как никуда не уезжавшие жили еще на казенной даче. Вот с этой самой дачи пришел к нему товарищ и сообщил: "В институте, брат, слезы: на 56 вакансий явилось только 23 человека, и из их числа только 20 могли быть допущены к экзамену, потому что из трех остальных одному 18 лет, другому - 14, третий - какой-то отчаянный. Через несколько дней еще был экзамен: явилось пять человек, и все приняты почти без экзамена".
Это известие привело Добролюбова в волнение. Главный педагогический институт во многом уступал университету, но все-таки как высшее заведение светского характера нравился ему больше, чем академия. К тому же казенное содержание студентов института отлично решало денежный вопрос, затруднявший ему поступление в университет. Студенты института внушили Добролюбову, что ничто не мешает ему попытаться держать приемные экзамены в институт одновременно с академическими, так как институтское начальство допускает к экзаменам без предварительного представления документов. Если же отцу будут угрожать какие-либо неприятности со стороны духовного начальства из-за того, что сын поступил в институт вместо академии, то можно будет нарочно провалиться на академических экзаменах.
Известив обо всем родителей, Добролюбов 12 августа отправился к инспектору института А.Н. Тихомандритскому и спросил его, можно ли держать экзамен без документов, которые представит после, объяснил все дело и получил позволение явиться на экзамен 17 числа. В тот же самый день был назначен экзамен и в академии, но Добролюбов, сославшись на зубную боль, на него не явился. А вот на экзаменах в Педагогический институт он вновь блистал знаниями. По окончании экзаменов инспектор поздравил Добролюбова с поступлением на историко-филологический факультет. Каково же было его разочарование когда, вернувшись из института домой, он нашел письмо, в котором отец, не одобряя его самовольного поступка, писал ему, что если он не поступит в академию, хотя бы даже последним, он осрамит и себя, и своих родителей, и семинарию, и что он не ожидал от него такого легковерия. Как велико было отчаяние юноши, об этом можно судить по следующему письму к родителям: "Простите меня, мои милые, родные мои, папаша и мамаша, которых так много люблю и почитаю я в глубине души моей. Простите моему легкомыслию и неопытности! Я не устоял в своем намерении, и письмо ваше пришло уже слишком поздно - к вечеру того дня, в который поутру объявлен я студентом главного педагогического института. Не оправдал я надежд и ожиданий ваших, и - горе непослушному сыну! Тоска, какой никогда не бывало, надрывала меня эти два дня, и только Богу известно, скольких слез, мук, бесплодного раскаянья стоило мне последнее письмо ваше!.. Горе же мне, несчастному своевольнику, без благословения родителей! Неужели же оставите вы меня, столь много любившие меня, так много желавшие мне всего доброго? Простите, умоляю вас! Простите и требуйте, чего хотите, чтобы испытать мое послушание. Скажите слово - и я явлюсь тот же час из института, ворочусь в семинарию и потом пойду, куда вам будет угодно, хоть в казанскую академию. Лучше вытерпеть все муки раздраженного самолюбия, разбившихся надежд и несбывшихся мечтаний, чем нести на себе тяжесть гнева родительского. Избавьте же меня от этого состояния, простите, простите меня... Я знаю, что вы меня любите... Все еще надеюсь, что вы позволите мне назваться сыном вашим. Добролюбов".
Но опасения неприятностей, ожидавших будто бы отца Добролюбова от духовного начальства вследствие поступка сына, оказались напрасными. Архиерей отнесся к факту поступления Добролюбова в институт, напротив, одобрительно и выразил удовольствие успехом, с каким выдержал экзамен в высшее светское учебное заведение воспитанник семинарии, находившейся под его начальством. Тогда отец Добролюбова сменил гнев на милость и послал сыну разрешение на поступление в институт, исполнившее его неописуемой радости и восторга. Двадцать четвертого августа Добролюбов, забрав свои документы из академии, переселился в институт, чувствуя себя на седьмом небе. Первые впечатления об институте были самые светлые. По крайней мере, свою жизнь в институте он расписывал радужными красками. А вскоре начались занятия и поглотили его всего. При отличных способностях Добролюбов владел каким-то особенным даром учиться. Довольствуясь записыванием лекций в аудитории, он никогда не терял времени на "черную" работу, т.е. на переписку, на составление рефератов, на заучивание. Он читал везде и всегда, иногда внося краткое содержание прочитанного в толстую библиографическую тетрадь. В столе у него было столько разного рода заметок, редких рукописей, тетрадей, корректур, которыми он в первое время зарабатывал себе на пропитание, в шкафу - столько книг, что и ящик в столе, и полки в шкафу ломились...
Но жизнь двумя жестокими ударами нарушила эту безмятежность чистой души юноши и, сразу обрушив на его голову тяжкое горе, наполнила его мучительными сомнениями, доводившими в первые минуты до мрачного ожесточения, и вместе с тем пошатнула его от природы крепкое здоровье. Первым ударом была смерть страстно любимой им матери, последовавшая 8 марта 1854 года, в первый же год пребывания в институте. Долго скрывали от Добролюбова родные весть об этой потере, стараясь медленно подготовить его к ней. Зинаида Васильевна была уже в могиле, когда он получил первое известие о ее тяжкой болезни, причиненной неблагополучными родами. В какую тревогу и смятение повергло Добролюбова это известие, мы можем судить по выдержкам из письма его к отцу от 17 марта: "Я все не верю, я не могу подумать, чтобы могло совершиться это ужасное несчастие... Бог знает, как много, как постоянно нужна была для вас милая, нежная, кроткая, любящая мамаша наша как благодетельный гений, милый друг и хранитель... Боже мой! В прахе и смирении повергаюсь перед Твоей святой волей!.. Помоги моему неверию, подкрепи меня, сохрани мне, моим милым добрую нашу хранительницу! Я могу только молиться, я могу обращаться только к Господу Богу с моей глубокой горестью..."
Известие о смерти матери, пришедшее через неделю после этого, не застало, таким образом, Добролюбова врасплох: он успел привыкнуть к мысли о потере и при всем своем отчаянии сохранил столько мужества, что мог утешать отца и старался ободрить его. Как ни сильно было горе юноши, но жизнь со всеми своими заботами и суетою не давала времени всецело предаваться ему. Предстояли экзамены, которые Добролюбов выдержал прекрасно и был переведен на второй курс. А потом он поехал домой, в Нижний.
Но известно, что одна беда ведет за собой другую, и Добролюбова, едва успевшего утешиться от одного горя, внезапно постиг новый удар: 6 августа 1854 года в Нижнем Новгороде внезапно умер от холеры его отец, оставив все семейство на руках своего сына. Это событие повергло Добролюбова уже не в отчаяние, а просто в оцепенение. В первые минуты он до того растерялся, что был готов бросить институт и пойти на службу уездным учителем. Лишь возможность пристроить детей по родственникам и знакомым и то соображение, что в Петербурге частными уроками можно заработать больше, чем в должности учителя, отвратили его от этого шага. Вот что пишет он Д.Ф. Щеглову под первым впечатлением нового несчастья: "Тяжело мне, мой друг Дмитрий Федорович, но кажется, что я должен проститься с институтом. Судьба жестоко испытывает меня и ожесточает против всего, лишая того, что мне было особенно дорого в мире. 6 августа мой отец умер от холеры. Семеро маленьких детей остались на моих руках, запутанные дела по дому - тоже. А между тем я еще тоже считаюсь малолетним и подвержен опеке. Папеньку все в городе так любили, что принимают теперь в нас живейшее участие... Я чувствую, что ничего не могу сделать, и между тем знаю, что все должен делать я, за всех сестер и братьев..." Когда умер отец, Добролюбову было 18 лет. Но он понимал, что теперь он глава семьи и должен взять в свои руки устройство ее благосостояния. Сам нуждаясь в поддержке, он не только отказался от своей доли в наследстве, но тотчас же по возвращении в Петербург энергично взялся за уроки, корректуру, литературную работу, всякий лишний грош отсылая в Нижний, где за его малолетними братьями и сестрами присматривали несколько ближайших родственников.