В мае 1988 Зия добился крупнейшего внешнеполитического успеха, когда Советский Союз начал вывод войск Афганистана. Хотя повстанцы-мусульмане воевали американским оружием, Пакистан предоставил им на своей территории необходимые базы. Безопасность северо-восточных границ Пакистана заметно окрепла с завершившимся в феврале 1989 выходом советской армии из Афганистана и ослаблением там позиций левых.
В конце мая Зия отправил в отставку правительство Джунеджо и распустил Национальное собрание из-за разногласий по вопросу о контроле над вооруженными силами. На ноябрь 1989 были назначены новые выборы.
Зия находился на вершине власти, когда 17 августа 1988 стал жертвой загадочной авиационной катастрофы. Вместе с ним погибли несколько видных генералов. Принявший на себя обязанности президента председатель Сената Гулам Исхак-хан, лицо штатское, объявил о предстоящих в ноябре выборах. В октябре Верховный суд постановил, что кандидаты могут баллотироваться от политических партий. На выборах победила ППН, которая получила относительное большинство в парламенте, и ее лидер Беназир Бхутто заняла пост премьер-министра 1 декабря 1988. Новый кабинет достиг некоторых успехов в выполнении программы социальных и политических реформ, но неожиданно в августе 1990 Исхак-хан отправил Бхутто в отставку. Премьер-министром был назначен Гулам Мустафа Джатой, бывший союзник Бхутто.
На парламентских выборах в октябре 1990 руководимая Бхутто ППН потерпела чувствительное поражение от Исламского демократического альянса, ведущая сила которого, Пакистанская мусульманская лига, выступила в союзе с партией «Джамаат-и ислами». Премьер-министром был выдвинут лидер Лиги Миан Наваз Шариф. В 1992 «Джамаат-и ислами» покинула альянс, вскоре крупные разногласия обнаружились между Исхак-ханом и Шарифом, в результате чего последний был отправлен в отставку 18 апреля 1993. Декрет президента был, однако, признан неконституционным Верховным судом Пакистана, и 26 мая Шариф вернулся на свой пост. Но противоречия устранены не были, поскольку Шариф желал удалить из текста Конституции положения, дававшие президенту право на роспуск высших органов государственной власти. Конфликт был разрешен 17 июля военными, которые сместили и Шарифа, и Исхак-хана. Временное правительство возглавил бывший вице-президент Всемирного банка Моин Куреши, функции главы государства были возложены на председателя Сената.
На новых выборах победила ППН, и в октябре 1993 Бхутто возвратилась в кресло премьер-министра. В ноябре парламент избрал президентом страны одного из ведущих функционеров ППН Сардара Фарук Ахмад-хан Легари. Обвинив правительство в некомпетентности, коррупции и нарушении закона, Легари отправил его в отставку и распустил 5 ноября парламент и законодательные собрания провинций. Бхутто и ее муж Азиф Зардари были обвинены в укрывательстве доходов в Великобритании, Швейцарии и других странах. Премьер-министром нового правительства стал старейший политик Мерадж Халид.
В феврале 1997 выборы принесли убедительную победу ПМЛ, завоевавшей свыше 2/3 депутатских мест в Национальном собрании, и дали возможность Шарифу сформировать кабинет министров. Ему удалось юридическим путем лишить президента права смещать правительство и прекращать деятельность законодательных органов. Легари был вынужден в декабре 1997 подать в отставку из-за несогласия с премьером по данному вопросу, а также по вопросу о составе Верховного суда. В том же месяце новым президентом страны был избран отставной судья Рафик Тарар.
В мае 1998 Пакистан провел атомные испытания в ответ на аналогичные испытания в Индии, осуществленные месяцем раньше. США применили санкции против обеих стран, что особенно чувствительно сказалось на Пакистане с его слабой экономикой. Премьер-министр столкнулся не только с экономическими трудностями, но и с противодействием предложенным им конституционным изменениям, согласно которым установления ислама должны играть главенствующую роль при интерпретации законов Конституции. Поскольку у властей появляется возможность трактовать, какие из их декретов базируются на мусульманском праве, исполнительные федеральные органы фактически выводятся из-под юридического контроля со стороны государства. Оппоненты правительства указывают, что тем самым создается угроза возрождения в Пакистане диктаторского режима.
В начале октября 1999 в Пакистане произошел военный переворот, во главе которого встал генерал Первез Мушарраф, сместивший Шарифа. Смещена была вся исполнительная власть как на федеральном, так и на местном уровне, во всех четырех провинциях. В результате этих событий членство Пакистана в Содружестве было приостановлено; ряд международных организаций (в том числе МВФ) предупредил о возможном прекращении финансовой помощи в том случае, если не будет восстановлен демократический режим правления.
Военный переворот 12 октября 1999 года.
Военный переворот, произошедший в Пакистане 12 октября, был абсолютно спокойно воспринят населением этой страны, в которой целые поколения жили под властью военных. В парламентской демократии, которую пакистанцы требовали ввести на митингах и демонстрациях в конце 80-х годов, народ успел разочароваться. За полувековую историю Пакистана армия уже несколько раз брала власть в свои руки, и поэтому свержение очередного премьер-министра Наваза Шарифа не кажется жителям этой страны каким-то исключительным, чрезвычайным событием. Совершенно по-другому воспринимают переворот в Пакистане за пределами этой страны. Приход к власти военной хунты в стране, обладающей ядерным оружием, все больше становится "знаковым" событием, с которого начинается отсчет новой эпохи в международных отношениях, которую С.Хантингтон назвал "столкновением цивилизаций".
На внешнем плане причины военного переворота в Пакистане кажутся предельно прозрачными. Несколько месяцев назад индийские войска разгромили вторгшихся на территорию Кашмира пакистанских спецназовцев в секторе Карги. Операция по захвату Кашмира, разработанная пакистанскими военными, провалилась, а премьер-министр Наваз Шариф не проявил особого рвения в политическом "прикрытии" операции, заявив, что представители армии действовали по собственной инициативе. Военные были возмущены таким поведением премьера, расценив его как "предательство национальных интересов". Однако на Наваза Шарифа надавили США, оказавшиеся после пакистанского вторжения в Кашмир в крайне сложном положении: Пакистан формально находится в американской сфере влияния, зависит от американской военной помощи, и даже безразличная реакция США на действия Пакистана была бы расценена Индией как потворство агрессии. А поскольку вторжение в Кашмир совпало по времени с "миротворческой операцией" НАТО на Балканах, вызвавшей массовые протесты в России и Китае, то конфликтовать еще и с Индией американской администрации не хотелось. После завершения вооруженного конфликта Индия и вовсе начала адресовать свои претензии в адрес Пакистана американцам напрямую, усиливая внешнеполитическое давление. В свою очередь, США требовали от премьер-министра Пакистана "усилить контроль над армией", что последний и попытался осуществить. И когда 11 октября Наваз Шариф попытался отправить в отставку председателя комитета начальников штабов вооруженных сил Пакистана генерала Первеза Мушаррафа, реакция армии была вполне, по пакистанским понятиям, логичной и прогнозируемой.
"КАСТОВАЯ" АРМИЯ
Другой "прозрачной" причиной переворота, побудившей пакистанскую армию взять власть, было опасение "упустить время" для адекватного ответа на новую индийскую геополитическую доктрину, взятую на вооружение окончательно утвердившимся у власти в Дели религиозными националистами. В Пакистане многие убеждены в том, что Индия после победы Атала Бихари Ваджпайя будет развиваться в "китайском направлении" и займется строительством мощного национального государства с глобальной сверхзадачей и "имперской" идеологией. На смену пацифистско-плюралистическим доктринам ИНК, согласно которым Индия объявлялась страной "ста народов" и "ста религий", приходит концепция одной доминирующей религии и одной главенствующей нации. Возможно, что в самое ближайшее время Индия действительно станет одним из ключевых субъектов мировой политики, радикально отличающейся от привычной "старой Индии", ведомой Неру и кланом Ганди. Конкурировать с "новой Индией" Пакистан в условиях даже ограниченной парламентской демократии не может. В этом контексте вполне оправдано предположение, что военные решили взять власть не просто для того, чтобы отправить в отставку неугодного премьера, а через 90 дней объявить новые выборы, но на гораздо более длительный срок.Обеспечить максимально возможную мобилизацию всех военных, экономических и финансовых ресурсов на решение этой задачи может в условиях Пакистана только авторитарный военный режим, подобный тому, который существует сегодня в Турции, где армия является доминирующим политическим фактором. В этой связи стоит отметить, что турецкая и пакистанская армии как социально- политические институты имеют между собой много общего. В обеих странах армии представляют собой замкнутые "кастовые" образования, сплоченные железной дисциплиной и общими корпоративными интересами, отстаивать которые военные готовы любыми средствами. При этом высший офицерский состав, и особенно генералитет, формируется при содействии некоего западного партнера, "курирующего" проблемы военного строительства этого государства. В случае с Турцией этим "партнером" выступает Израиль, где на основании соглашений о военном сотрудничестве проходит обучение элита турецкой армии. Для Пакистана такими партнерами до недавнего времени были США и Великобритания, при содействии которой пакистанское государство и возникло 52 года тому назад.