Преобладают лиственничные леса, среди них на более сухих почвах лиственничные брусничные разнотравные, разнотравные лимнасовые, брусничные зеленомошные, на более влажных бруснично-голубично-багульчиковые зеленомошные и сфагновые. Сосновые леса занимают наиболее сухие почвы легкого механического состава, среди них преобладают толокнянковые и лишайниковые, кустарничковые зеленомошные, часто с примесью лиственницы. На влажных более богатых почвах расположены ничтожные площади ельников бруснично-зеленомошных.
В Южной Якутии в среднетаежных лесах встречаются ель аянская, кедр, пихта, ряд видов травяно-кустарникового яруса, характерных для южной тайги, что позволяет выделить особую южную полосу в подзоне средней тайги.
Обширные площади занимают разнообразные горные леса. Это до известной степени азональный тип, для которого характерно развитие на каменистых почвах, быстрая смена состава и структуры в зависимости от экспозиции и крутизны склонов, химических и физических свойств породы, высоты над уровнем моря. Флора горных лесов обогащена за счет представителей гольцовой флоры (дриады, рододендрона, арктоуса). В подлеске обильны береза растопыренная, кедровый стланик. Сомкнутость крон и высота древостоя весьма изменчивы. Нередко на верхнем пределе леса и на высоких плато развиты редколесья с сомкнутостью крон 0,3 и ниже и мозаичными покровами с обилием гольцовых видов. Некоторые особенности на характер горных лесов накладывает принадлежность к определенной зональной области. В пределах типа горного леса выделяются подтипы; притундровый, северотаежный и среднетаежный. Верхний предел горных лесов и редколесий весьма изменчив и зависит не только от зональных изменений климата, но и от местных факторов: на Становом хребте он достигает 1100-1200 м, на хребте Сунтар-Хаята и в южной части Верхоянского хребта 1400-1600 м, в северной его части 1100-1200 м, на хребте Черского 1000-1050 м, на Оймяконском нагорье 1300-1400 м, на Яно-Адычанском междуречье 550-580 м, на хребте Туора-Сис 200 м. Преобладают повсеместно лиственничные леса разнообразного состава. В подзоне средней тайги, особенно в Южной Якутии часты сосновые леса, там же имеет место небольшое участие темнохвойных лесов с кедром, пихтой, аянской елью. Горные леса требуют особо бережного отношения, так как они предохраняют горные почвы от эрозии.
Среди кустарникового типа наиболее широкое развитие имеют заросли кедрового стланика, образующие самостоятельный пояс, расположенный на границе между группами бореальных и гольцовых поясов в горах северо-востока и юга Якутии. Местами стланик образует подлесок в лесах и спускается на равнину. Высота зарослей в летний период до 4 м, сомкнутость крон 0,4-0,5. Значительно участие в зарослях березы растопыренной. В горах северо-востока республики преобладают лишайниковые (цетрария клубочковая, кладина звездчатая) и кустарничковые покровы. В Южной Якутии заросли стланика более мощные (сомкнутость полога 0,6-0,7), кустарничково-лишайниковые иногда сочетаются с участками пихтовых и сосновых лесов. В горных и предгорных местах нередки чистые заросли березы растопыренной, а на равнинах таежной зоны — березы кустарниковой.
Небольшие площади в таежной зоне занимают бореальные болота. Мощность торфа от 50 см до 125 см. Участки болот встречаются на Лено-Вилюйском водоразделе и в Южной Якутии. В отличие от тундровых болот, они однородны, в них преобладают осока ситничковая, пушицы узколистная и влагалищная с гипновыми и сфагновыми мхами, кустарниками (березой тощей, ивой черничной), кустарничками (кассандрой прицветничковой),
Растительность речных и горных долин очень своеобразна и разнообразна. В долинных комплексах доминирующее положение обычно занимают леса. Хотя долины — явление интразональное, но растительность носит некоторые зональные черты. В долинах в подзоне притундровых лесов сильно закустаренные и замоховелые лиственничные леса занимают 60-70% площади, развиты полигонально-валиковые, частично залесенные тундроболота, заросли ив аляскинской, удской и др. В северотаежной подзоне лиственничные зеленомошные и сфагновые леса занимают 70- 80%, лишь в верхней части бассейна Яны облесенность составляет 40-45%.
Луга частично антропогенного происхождения, занимают до 35%. Здесь распространены луга из вейников Лангсдорфа и незамечаемого, полевицы Триниуса, осок прямостоящей, мелкой и прямоколосоц, пушицы узколистной. По берегам рек обильны заросли ив Шверина и удской. В среднетаежной подзоне в долинах Лены, Вилюя, Алдана облесенность достигает 60-80%. В лиственничных лесах встречаются чистые ельники. В долинах, давно освоенных под сельское хозяйство, облесенность и закустаренность резко снижаются. В районе Якутска долинные леса составляют лишь 5%. Луга занимают до 45% площади. Здесь преимущественно распространены ячменные, лисохвостовые луга. По депрессиям и вокруг озер встречаются осоковые, тростянковые группировки. На высоких участках поймы — остепненные полевицевые луга и твердоватоосоковые степи. Степи и солончаки занимают 40% площади. В долине Амги (сельскохозяйственный район) ячменные, вейниковые и лисохвостовые луга занимают 50-60% площади долины. В горных долинах преобладают лиственничные горные леса с ольховником кустарниковым, шиповником иглистым, иногда кедровым стлаником, крупными злаками (вейником Лангсдорфа и др.). По галечникам — полосы чозении и тополя. На песчано-галечной пойме ограниченные площади занимают колосняковые, костровые, разнозлаковые луга. На надпойменных террасах распространены кобрезиевые луга.
Небольшие участки приналедной растительности распространены в горах северо-востока Якутии. Здесь преобладает хвощ пестрый. Это лучшие нажировочные зимние пастбища.
На небольших площадях центральной Якутии и на северо-востоке развиты степи и псаммофитная растительность на незакрепленных песках (тукуланы). Степи, занимавшие в плейстоцене обширные территории, ныне занятые тайгой, сохранились в долинах Лены, Яны, Индигирки, Колымы и в прилегающих горах. На надпойменных террасах преобладают степи с осокой твердоватой. По склонам коренных берегов и в горах преобладают ассоциации овсяницы ленской, тонконога гребенчатого, полыни замещающей, овсеца Крылова, ковыля Крылова. На Лено-Амгинском водоразделе располагается Чурапчинская лесостепь с разнотравно-злаковыми травостоями в сочетании с березовыми колками (чараны). Под влиянием антропогенных факторов долинные степи с осокой твердоватой расширяются, а самобытные ковыльные и овсецовые сокращаются. Необходимо принять ряд мер по их охране.