Однако, это далеко не единственный недостаток системы особо охраняемых природных территорий Карелии. К сожалению, подавляющее большинство ООПТ Карелии расположено на территориях, в прошлом подвергшихся воздействию интенсивных лесозаготовок. Лишь 3 особо охраняемые природные территории - национальные парки "Водлозерский" и "Пааноаярви" и заповедник "Костомукшский" - располагаются в пределах крупных и средних массивов естественной, не преобразованной катастрофическими воздействиями человека, тайги. Площадь этих территорий составляет лишь 1,9% от общей площади Карелии, чего явно недостаточно для сохранения даже только эталонных массивов малонарушенных естественных лесов.
В целом как общая площадь, так и установленные режимы охраны особо охраняемых природных территорий Карелии не позволяют утверждать, что в республике обеспечен достаточный уровень охраны естественной лесной природы и биологического разнообразия.
Деятельность природоохранных неправительственных организаций в Карелии является исключительно удобной ширмой для множества руководителей лесного комплекса Карелии, списывающих на "зеленых" все свои недоработки и промахи. Однако, даже самый простой анализ современной ситуации показывает, что существуют значительно более значимые причины кризиса - сильное истощение лесного фонда в результате многих десятилетий варварских, ничем не ограничивавшихся лесозаготовок, неработоспособная и не отвечающая интересам жителей республики система органов лесного хозяйства, фактическая бесплатность лесопользования, слабость территориальной системы охраны природы. Затянувшийся многолетний конфликт между органами государственной власти Республики Карелия и природоохранными неправительственными организациями своим существованием обязан главным образом неверной информации о состоянии дел в лесном секторе республики, распространяемой заинтересованными в продолжении конфликта представителями лесного комплекса. Объективно этот конфликт не нужен ни природоохранным неправительственным организациям, заинтересованным в скорейшем разрешении проблемы сохранения наиболее ценных лесов, ни правительству Карелии, заинтересованному в сохранении позиций республики на европейских рынках древесной продукции. К большому сожалению, между этими двумя сторонами, объективно заинтересованными в скорейшем разрешении конфликта, постоянно вклиниваются целые полчища любителей действовать по принципу "разделяй и властвуй". Тем временем над уникальными таежными массивами, не имеющими себе равных во всей Европе, продолжает висеть угроза уничтожения, а Республика Карелия продолжает терять свои позиции на экологически ориентированных рынках лесной продукции. Безусловно, настала пора разорвать этот порочный круг и хотя бы установить прямой диалог между правительством Карелии и природоохранными неправительственными организациями, исключив всевозможных заинтересованных в продолжении конфликта нечистоплотных посредников.