Началось сооружение дороги Ералиево—Бекдаш—Туркменбаши (Туркмения), которая даст выход нефти Тенгиза, Каражанбаса и Мангышлака в порты Ирана.
Ряд железных дорог на территории Казахстана в административном отношении входят в состав Российских железных дорог (в том числе участки Красный Кут—Астрахань, Орск—Никельтау, Карталы—Тобол, Утяк—Петропавловск—Исилькуль, Кзылту—Иртышское), Узбекских железных дорог (Бейнеу—граница). В то же время некоторые железные дороги на территории России входят в состав Казахстанских железных дорог (Чингирлау—Илецк—Яйсан на линии Уральск—Актюбинск; Локоть—разъезд Казахстанский на линии Локоть—Защита).
Киргизия
После приобретения независимости сеть железных дорог оказалась разорванной. Основная линия проходит на севере от ст. Луговая (территория Казахстана) через Бишкек и Токмак до Рыбачьего (на берегу озера Иссык-Куль); на юго-западе на территорию страны заходят короткие ветки с территории Узбекистана: Учкурган—Ташкумыр, Карасу—Джалал-Абад—Кок-Янгак, Карасу—Ош, Ахунбабаева—Фергана—Кызылкия, а также узкоколейная ветка Пролетарск—Сулюкта. Для объединения этих южных веток с северной магистралью в 1993 г. началось проектирование Транскиргизской железной дороги Балыкчи (Рыбачье)—Кочкорка—Казарман—Кара-Кече—Джалал-Абад длиной 900 км, которая должна пересечь горы на абс. высоте до 1500 м. Строительство первого участка Балыкчи—Кочкорка началось в 1998 г.
В 1997 г. стал активно обсуждаться проект железной дороги Андижан—Ош—Кашгар (для связи Узбекистана и Киргизии с Китаем).
Литва
В 1990—1991 гг. была восстановлена железнодорожная связь между Литвой и Польшей. Для этого проложена совмещенная колея 1520 мм и 1435 мм на участке Шяштокай (станция на линии Казлу-Руда—Алитус)—Моцкава длиной 8 км и колея 1435 мм на участке от Моцкава до границы (14 км) и далее на Тракишки и Элк. Это позволило организовать стыковочное движение поездов из Литвы в Польшу, минуя территорию Белоруссии; раньше движение осуществлялось через станции Поречье, Гродно, Кузница.
В 1988 г. был введен в строй западный объездной участок вокруг Вильнюса длиной 24 км между станциями Киртимай и Лянтварис, а в 1991 г. — южный объезд Вильнюса между станциями Кивишкес—Немежис—Вальючюнай—Вайдотай длиной 32 км.
Молдавия
Новых железных дорог за рассматриваемый перриод здесь не строилось.
Россия
Европейская часть
Новых железных дорог на территории страны в 90-е годы не строилось. В 1991 г. началась электрификация участка Раздельная (Украина)—Кучурган—Тирасполь—Бендеры, но она из-за гражданской войны в Приднестровье была прекращена. Из-за особенностей конфигурации государственной границы некоторые участки сети Молдавской железной дороги расположены на территории Украины (Джурджулешты—Рени—Этулия на крайнем юге, в районе г. Болград, Бессарабка—Карабуцены). В то же время на территорию Молдовы заходит небольшой участок украинской дороги Мамалыга—Крива—Липканы—Ларга (на крайнем северо-западе, на границе с Черновицкой обл. Украины).
Особенно интенсивное строительство новых железных дорог развернулось на севере Европейской части России.
В 1992—1999 гг. велось строительство первой негосударственной дороги Кочкома—Ледмозеро длиной 126 км, которая соединит напрямую линии Мурманск—Санкт-Петербург (участок Беломорск—Петрозаводск) с Западно-Карельской дорогой (Суоярви—Юшкозеро) и линией Ледмозеро—Костомукша—Кивиярви—Вартиус (Финляндия). Эта дорога будет обслуживать не только АО “Карельский окатыш” (быв. Костомукшский ГОК), но и явится первым участком будущей магистрали Белкомур. Первый 22-километровый участок новой дороги был введен в строй в декабре 1994 г., а вся дорога еще не открыта.
В 1995 г. была создана межрегиональная компания Белкомур (Белое море—Коми—Урал), целью которой стали составление проекта и строительство экспортной железной дороги длиной 1200 км с Урала через территорию Коми в порты Белого и Балтийского морей. Дорога должна пройти из Перми (ст. Григорьевская) через Кудымкар на Черную и Сыктывкар (570 км). Далее будут использованы уже существующие участки Сыктывкар—Микунь—Вендинга (на территории Республики Коми) и Каропогоры—Архангельск (Архангельская обл.), которые подлежат полной реконструкции. В состав этой магистрали войдут также действующие участки Архангельск—Обозерская—Беломорск—Кочкома и строящаяся линия Кочкома—Ледмозеро и далее линия Ледмозеро—Костомукша—Финляндия. Таким образом, будет сформирован сухопутный выход из промышленно развитого Урала и богатой сырьевыми ресурсами Республики Коми в порты Белого моря и Ботнического залива. Строительство первого участка Вендинга—Карпогоры длиной 230 км началось в январе 1999 г.
В 1996 г. предлагалась разработка проекта строительства еще одной дороги на севере страны: Пудож (Карелия)—Каргополь—Верхняя Тойма—Красноборск—Котлас—граница Республики Коми. Но практически ничего сделано не было.
В 1994 г. началась реконструкция дороги Ручьи Карельские—Алакуртти. Предусмотрено строительство линии длиной 68 км от Алакуртти до границы с Финляндией и далее до станции Саале (Финляндия); эта линия существовала в 1940—1956 гг., но потом была разобрана.
В Калининградской обл. в мае 1993 г. был введен в эксплуатацию новый участок дороги с европейской колеей 1435 мм от Южного вокзала Калининграда до ст. Дзержинская-Новая длиной 5 км на линии Дзержинская—Мамоново—Бранево (эта линия длиной 47 км была реконструирована), что позволило открыть движение пассажирских поездов Калининград—Гдыня—Берлин.
В 1991 г. на Южном Урале и в районе Ростова-на-Дону были введены в эксплуатацию три обходных пути: вокруг Орска длиной 20 км (Алимбетово—Орск-Сортировочный), Батайска (16 км) и станции Лихая.
На Северном Кавказе в 1989—1993 гг. по частям была введена в строй дорога Песчанокопская (на линии Тихорецкая—Сальск)—Красная Гвардия—Передовая (на линии Кавказская—Ставрополь) длиной 102 км; участок Песчанокопская—Красная Гвардия открыт в 1989 г., а Красная Гвардия—Передовая — в апреле 1993 г. Она напрямую соединила Ростов-на-Дону со Ставрополем через Сальск, в обход главного хода Северо-Кавказской магистрали Ростов—Тихорецкая—Кавказская. По этой линии стал курсировать поезд Москва—Ставрополь. Однако из-за нехватки средств на эксплуатацию в конце 1997 г. участок этой линии Песчанокопская—Красная Гвардия был законсервирован и по нему было прекращено движение пассажирских поездов (такая же история случилась и с соседней линией Куберле—Цимлянская).
Так как Чеченская Республика после окончания российско-чеченской войны фактически отделилась от России, железнодорожная связь между западной частью Северного Кавказа, Астраханью и Дагестаном, а также связь России с Закавказьем (Азербайджаном, Грузией, а через нее с Арменией) практически прервалась: по территории Чечни проходят участки Транскавказской магистрали Прохладная—Моздок—Червленная—Гудермес, Беслан—Слепцовская—Грозный—Гудермес—Хасавюрт—Махачкала, Гудермес—Кизляр. В результате Дагестан оказался полностью изолирован от остальной территории России, поэтому в конце 1996 г. началось строительство новой трансдагестанской линии Кизляр—Бабаюрт—Карлан-юрт (Сулак) длиной 79 км для соединения Махачкалы с Кизляром в обход территории Чечни. Движение поездов по ней открылось 26 июля 1997 г. (официально она введена в эксплуатацию 11 сентября 1997 г.). Это позволило восстановить движение поездов Москва—Махачкала, Москва—Баку, Москва—Тбилиси, а в конце года — Ростов—Махачкала.
Западная Сибирь
Новые железные дороги строились здесь на Ямале, в районе Уренгоя и Ямбурга, а также в Кузбассе.
Сооружение линии на Ямал от станции Обская (на линии Чум—Лабытнанги Северной дороги) на левом берегу р. Обь (напротив Салехарда) через Лаборовое, Паюта, Бованенково до пос. Харасавэй (с веткой Паюта—Новый Порт) длиной 540 км началось в 1986 г. Основной ее задачей является соединение Бованенковского газоконденсатного месторождения на западе Ямала с основной сетью железных дорог. Одновременно с ее постройкой в 1988—1996 гг. была проведена реконструкция старого участка Воркута—Лабытнанги (части бывшей “мертвой” дороги Воркута—Игарка). К лету 1995 г. пути были уложены до 224-го километра, где осуществлялось движение рабочих поездов. В 1997 г. путь был уложен до 360-го километра трассы (до станции Тобато), а движение рабочих поездов осуществлялось до 270-го километра (курсировал также пассажирский поезд Обская—Паюта). Строительство линии продолжается.
Другая линия на Тюменском Севере от Сургута в сторону Уренгоя была построена в 1983—1990 гг. Ее участки сдавались в постоянную эксплуатацию: от Ноябрьска до Пурпе (184 км) — в начале 1985 г., от Пурпе до Пура (110 км) — в декабре 1985 г., от Пура до Коротчаево (82 км) — в 1990 г. Движение пассажирских поездов по временной схеме до станции Новый Уренгой было открыто в ноябре 1985 г. Участок Коротчаево—Новый Уренгой (21 км) находится ныне в постоянной эксплуатации. Строительство линии Новый Уренгой (Ягельная)—Пангоды—Надым (219 км) было законсервировано в 1991 г. (на этой линии осуществляется движение рабочих поездов).