Строительство линии Новый Уренгой—Ямбург началось в 1984 г. Первый рабочий поезд от Нового Уренгоя до станции Озерная (214-й километр трассы) прошел в июне 1986 г., а временное движение по всей линии длиной 236 км от Нового Уренгоя до Ямбургского газоконденсатного месторождения открылось в феврале 1989 г. В постоянную эксплуатацию эта линия до сих пор не сдана.
Строительство двухпутной линии Среднесибирская (на дороге Новосибирск—Барнаул)—Мереть (станция на линии Проектная—Артышта между городами Ленинск-Кузнецкий и Белово) протяжением 230 км для вывоза угля из Кузбасса на Южно-Сибирскую и Транссибирскую магистрали было завершено по временной схеме в конце 1990 г. Рабочее движение поездов на 195 км трассы было открыто в ноябре 1990 г., за исключением участка в 35 км через Мунгайский горный перевал. Однако строительство последнего участка было законсервировано в 1991 г., а затем и прекращено. Проектировавшееся в 1989—1990 гг. сооружение линии Мереть—Инголь (станция на линии Красная Сопка—Кия-Шалтырь на юго-западе Красноярского края) как магистраль для вывоза угля КАТЭК на запад и как продолжение линии Среднесибирская—Мереть так и не началось.
В 1997 г. в Кузбассе было завершено строительство 37-километровых подъездных путей Прокопьевск—Егалак—Тыхтинский—Соколовская (Соколовское угольное месторождение), ветки длиной 16 км от этого месторождения до Ерунаковского угольного месторождения (к северу от Новокузнецка).
Восточная Сибирь
Линия Камышта (станция на линии Абакан—Аскиз)—Означенное (Саяногорск, берег р. Енисей) длиной 66 км в 1993 г. была переведена в режим временной эксплуатации (линия соединяет Саяногорский алюминиевый комбинат с основной сетью железных дорог).
В 1989 г. Томгипротранс разработал проект новой железной дороги на севере Иркутской обл. Усть-Кут—Киренск—Непа—Верхнечонское месторождение нефти. К ее сооружению не приступали.
В 1993 г. на юго-востоке Бурятии началось сооружение железной дороги длиной 160 км от станции Новоильинск (Транссиб) через Хоринск, Усть-Эгита в Еравнинский район (райцентр—Сосново-Озерское).
Зона БАМ
Последние участки БАМ (в том числе 54-километровый объезд строящегося Северомуйского тоннеля длиной 15 км; линии Тунгала—Верхнезейск, 156 км; Новая Чара—Таксимо, 250 км) были сданы в постоянную эксплуатацию в 1989 г. Общая длина БАМ составляет 1466 км.
В конце 1998 г. началось строительство ветки длиной 65 км от станции Новая Чара на юг к Чинейскому месторождению титано-ванадиевых руд и Катугинскому месторождению полиметаллических руд (тантал, ниобий, цирконит) в Чарской долине. Сдача ее в эксплуатацию намечена в конце 1999 г. От нее будет построена также ветка протяженностью 20 км до Удоканского медного месторождения.
В 1998 г. разработан проект постройки еще одной линии от разъезда им. Милько (к северу от Верхнезейска) на север в Якутию до угольного месторождения Эльгин длиной 350 км.
Строительство 144-километровой ветки от станции Февральск к каменноугольному месторождению Огоджа на востоке Амурской обл. началось осенью 1993 г.
В 1987 г. была введена в строй новая линия Шимановск (Транссиб)—Чагоян длиной 45 км для освоения крупного месторождения известняка.
Амуро-Якутская магистраль
Первый участок Амуро-Якутской железной дороги от станции Бамовская (Сковородино, северо-запад Амурской обл.) до Тынды 180 км был открыт в 1977 г.; его продолжение до Беркакита — в 1979 г., до Нерюнгри — в 1981 г. Далее на север линия АЯМ строилась медленно, и лишь в декабре 1992 г. первый поезд пришел в Алдан (расстояние Нерюнгри—Алдан составляет 283 км). В октябре 1995 г. поезда стали курсировать на новом 29-километровом участке от Алдана до станции Нижний Куранах, а в августе 1997 г. — до Томмота (протяженность всей линии Беркакит—Томмот составляет 360 км). Строительство последнего участка Томмот—Нижний Бестях (Якутск) длиной 441 км продолжается.
Сахалин
В 1993 г. был утвержден проект строительства новой линии узкой колеи (1067 мм) на юге о. Сахалин от станции Ильинск-Сахалинский до Углегорска, где расположен крупный Солнцевский буроугольный разрез. В 1995—1997 гг. проводилась реконструкция старого участка дороги Шахта—Холмск—Ильинск, где прокладываются обходные участки вместо многочисленных старых тоннелей, построенных еще японцами.
С 1994 г. начали действовать летние паромные переправы Холмск—Отару и Корсаков—Вакканай (о. Хоккайдо, Япония). В связи с этим в 1996 г. на Сахалине вновь заговорили о необходимости строительства железнодорожного тоннеля под Татарским проливом (его сооружение велось силами ГУЛАГа в 1951—1953 гг. со стороны материка к мысу Лазарева, со стороны Сахалина — от Погиби), который мог бы заменить перегруженную железнодорожную паромную переправу Ванино—Холмск. В связи с предполагающимся сооружением этого тоннеля длиной 8 км проектируется строительство железной дороги Комсомольск-на-Амуре—Лазарев—Погиби—Ноглики (в последний пункт уже подходит с юга Сахалинская железная дорога, а с севера — узкоколейная железная дорога Оха—Катангли). Вопрос о сооружении такой магистрали с тоннелем активно обсуждался в прессе в 1998—1999 гг.
Юг Дальнего Востока
Строительство Туманганской железной дороги из Китая (Хуньчунь) к российскому порту Зарубино (юго-запад Приморского края) длиной 120 км началось в 1994 г. Китайский участок Тумынь—Хуньчунь—Чанлинцзы—российско-китайская граница длиной 80 км был сдан в эксплуатацию в ноябре 1996 г.; прокладка российского участка от границы через Камышово до Махалино (Краскино) — в 1997 г.; пограничный переход Хуньчунь—Махалино (Краскино) и вся линия до порта Зарубино закончены постройкой в сентябре 1998 г. Эта линия открывает выход китайским грузам в российские порты.
Таджикистан
Сеть ширококолейных железных дорог разделена на три изолированные системы: Бекабад—Канибадам—Шураб на севере (в Ферганской долине, Ленинабадская обл.), Сарыасия (Узбекистан)—Пахтаабад—Душанбе—Янги-Базар (Кофарнихон) в центре; Амузанг (Узбекистан, близ Термеза)—Курган-Тюбе—Яван на юге (Хатлонская обл.). Две последние системы связаны узкоколейной железной дорогой Душанбе—Курган-Тюбе—Нижний Пяндж. Все железные дороги выходят на территорию Узбекистана.
Взамен старой узкоколейной линии Курган-Тюбе—Куляб в августе 1991 г. по этому направлению началось строительство ширококолейной линии длиной 150 км. Гражданская война в республике приостановила стройку, которая возобновилась в 1994—1995 гг. Первый ее участок длиной 30 км до Сангтуда был введен в эксплуатацию в декабре 1997 г., а в сентябре 1998 г. еще 10 км — до станции Саргазон (близ Дангара). Строительство линии до Куляба продолжается.
В 1994 г. было принято решение о постройке новой дороги длиной 90 км по Зеравшанской долине от Айни до Пенджикента с выходом в Узбекистан (главным образом для освоения месторождений золота, серебра, олова, вольфрама).
Туркмения
В этой республике строительство новых железных дорог по сравнению с другими бывшими союзными республиками приобрело необыкновенный размах. Это было в первую очередь связано с необходимостью связать воедино изолированные участки на севере (Дашховуз—Тахиаташ—Кернай) и востоке (Талимарджан—Керкичи—Келиф), которые оказались отделенными от остальной страны территорией Узбекистана. В Туркменистане строительство новых железных дорог (даже через пустыни) стало одним из приоритетов государственной политики.
В 1992 г. началось строительство дороги от станции Парахат (ныне им. Сапармурата Туркменбаши; близ Теджена) на юг через Хаузханский массив к Серахсу и далее по территории Ирана по 6-километровому туннелю под Копетдагом, и до Мешхеда. Рельсы и на туркменском участке Теджен—Серахс—граница длиной 135 км были уложены к марту 1995 г., а с иранской стороны длиной 175 км — к маю 1996 г. Движение поездов по новой международной линии Мешхед—Серахс—Теджен общей протяженностью в 320 км было открыто 13 мая 1996 г.
В августе 1994 г. была сдана 5-километровая ветка Артык (в 94 км к юго-востоку от Ашхабада)—Лютфабад (на территории Ирана).
В 1993 г. развернулось строительство еще одной железной дороги длиной 170 км от станции Газанджык (Казанджик) на север, до месторождения каменного угля в районе поселка Гызылгая (Западные Каракумы). В перспективе эта линия будет доведена через пески Каракумов до Дашховуза (Ташауза). В этом же году румынские строители начали строительство линии длиной 245 км на юг от Газанджыка до поселка Гызылетрек (Кызыл-Атрек) и далее до города Горган и каспийского порта Бендер-Торкемен в Иране.
В марте 1993 г. началось строительство еще одной магистрали длиной 215 км на востоке страны для соединения с основной сетью дорог изолированного территорией Узбекистана участка Талимарджан—Керкичи—Келиф (линия Бухара—Карши—Термез). Она начинается в городе Туркменабад (бывший Чарджоу, позже Чарджев) от станции Зергер (Чарджоу-2) и идет по левому берегу Амударьи через Сакар, Халач, Керки, по строящемуся мосту через Амударью до Керкичи. В 1997 г. были уложены пути до станции Сакар.
В декабре 1993 г. на севере страны была введена в строй небольшая ветка Тахиаташ—Кёне-Ургенч (Куня-Ургенч) длиной 32 км. Эта линия была удлинена в апреле 1995 г. еще на 40 км до поселка им. Сапармурата Туркменбаши. В настоящее время она удлиняется еще на 30 км до месторождения камня Кернай, находящегося в пустыне. В перспективе эта линия будет соединена с линией Газанджык—Кызылкая через пески Западных Каракумов.