В ноябре 1995 Халеда Зиа согласилась на проведение досрочных парламентских выборов. Они состоялись в феврале 1996, но основные оппозиционные партии (Авами лиг, партия Джатия, Джамаат-э-ислами и другие) бойкотировали их, и на избирательные участки пришло лишь 15% избирателей. Оппозиция продолжила кампанию массовых протестов, объявив в марте 1996 всеобщую стачку, и Халеда Зиа вынуждена была уйти в отставку. Парламент внес изменения в конституцию, которые открыли путь к сформированию временного правительства во главе с бывшим верховным судьей Мохаммедом Хабибуром Рахманом. Временный режим сместил и прежнее руководство вооруженными силами.
В июне 1996 Авами лиг, набрав 147 из 300 выборных мест в парламенте, пришла к власти в союзе с партией Джатия, получившей 31 место. НПБ потерпела поражение, довольствовавшись 116 мандатами. Новое правительство возглавила Хасина Вазед. Дочь Муджибура Рахмана, родившаяся в 1947, она училась в университете Дакки, а после убийства заговорщиками ее отца в 1975, вместе с семьей уехала в ФРГ, а затем жила в Индии. В 1981 вернулась в Бангладеш, реорганизовала и возглавила партию Авами лиг.
Правительство Хасины Вазед освободило в январе 1997 из тюрьмы бывшего президента Эршада, несмотря на протесты оппозиции и правозащитных групп. Были приняты меры против лиц, организовавших в 1975 убийство Муджибура Рахмана. В ноябре 1998 суд в Дакке приговорил 15 из 19 обвиняемых к смертной казни (из них 12 заочно). В октябре того же года власти арестовали еще семь человек, обвиненных в осуществлении путча в 1975, включая 3 депутатов от оппозиции. Все эти меры вызвали ликование среди сторонников Авами лиг и бурные протесты оппозиционных партий. Последние провели четырехдневную всеобщую забастовку, которая сопровождалась ожесточенными уличными столкновениями в Дакке и Читтагонге.
Администрация Авами лиг стремилась к улучшению отношений с Индией, которые испортились после убийства первого, проиндийского лидера страны Муджибура Рахмана и возведения Индией плотин на Ганге. В конце 1996 власти Бангладеш и Индии достигли договоренности о разделе вод Ганга. Бангладешская сторона получила доступ к водным резервуарам Фаррака в засушливые месяцы года. Страны отказались от поддержки повстанческих движений. В марте 1997 правительство договорилось о прекращении огня с поддерживавшимися Индией повстанцами из группировки «Джана шангати самити» в Читтагонгских горах на юго-востоке страны, где преимущественно буддийское население оказывало сопротивление проектам индустриализации и переселения из других областей страны. Партизаны согласились не выдвигать требование независимости и принять план местной автономии. 50 тысяч беженцев, нашедших укрытие в Индии, смогли вернуться в этот район. В свою очередь, Хасина Вазед заверила соседнюю страну, что повстанцы, действующие в северо-восточных районах Индии, не смогут находить убежище в Бангладеш. В июне 1999 индийский премьер-министр Ваджпаи подписал в Дакке соглашение о расширении торговли и транспортных связей между обоими государствами и предоставлении Бангладеш кредита в размере 40 миллионов долларов. Подготовка соглашения о предоставлении Индии права транзита через территорию Бангладеш вызвала острые возражения со стороны оппозиционных партий. В декабре 1999 Индия и Бангладеш подписали новое соглашение, которое предусматривало окончательное определение линии границы, а также принятие мер по пресечению преступных действий через границу, включая торговлю оружием, наркотиками, похищение людей и т.д.
Бангладеш развивала отношения и с другими странами. В марте 2000 страну впервые посетил президент США (Билл Клинтон), обсудивший вопросы расширения торговых связей и сотрудничества в эксплуатации природных ресурсов. С американской фирмой было подписано соглашение о разработке месторождений природного газа. В апреле 2000 Азиатский банк развития предоставил Бангладеш 500 миллионов долларов на проекты в области здравоохранения, образования и борьбы с бедностью.
Положение правительства Авами лиг осложнялось экономическими трудностями и последствиями новых катастрофических наводнений (в августе – сентябре 1998 погибли 1500 человек). Оппозиция, возглавляемая НПБ и исламистскими партиями, пыталась обратить против Хасины Вазед ту же самую стратегию, которая помогла Авами лиг в 1996 добиться отставки Халеды Зиа. В стране проходили беспрерывные массовые забастовки и демонстрации с требованием отставки правительства. С конца января по конец февраля 1999 в стране были проведены три всеобщих забастовки; в ходе столкновений во многих городах погибли минимум 15 человек, сотни получили ранения. В марте 1999 неизвестные (предположительно, исламские фундаменталисты) взорвали бомбы на фестивале Коммунистической партии в Джессоре, 8 человек были убиты и более 200 ранены. В мае 1999 в ходе многочисленных рейдов полиция арестовала более 300 подозреваемых. Оппозиция обвинила власти в политически мотивированных репрессиях.
В марте 1999 оппозиционные партии (НПБ, две исламские партии и Джатия) начали кампанию за проведение досрочных парламентских выборов. Они обвинили правительство в осуществлении либеральной экономической политики, неспособности бороться с коррупцией, проведении произвольных арестов и зависимости от Индии. С сентября 1999 возобновились разрушительные всеобщие стачки и жестокие столкновения в Дакке и трех других городах, в результате которых погибли 22 человека. В октябре взрыв в мечети в городе Кхулна привел к гибели 8 человек. После того, как Хасина Вазед категорически отказалась уйти в отставку до истечения срока ее полномочий в 2001, оппозиционные партии начали в ноябре 1999 бойкот заседаний парламента. В 2000 правительство ввело в действие специальный «антитеррористический закон» (Акт об общественной безопасности), который существенно расширял полномочия сил безопасности и вызвал опасения со стороны правозащитных организаций. Со своей стороны, оппозиция ответила проведением в феврале 2000 новой всеобщей забастовки. В июле ситуация обострилась еще больше после того, как полиция произвела аресты десятков лидеров исламских студенческих группировок; Хасина Вазед обвинила оппозицию в организации покушения на ее жизнь.
Несмотря на продолжающиеся протесты, правительство Авами лиг удержалось у власти до 2001. Однако на всеобщих выборах в октябре 2001 партия потерпела поражение и уступила власть коалиции НПБ, Джамаат-э-ислами и партии Джатия (фракции Назиура). Новое правительство возглавила Халеда Зиа.