В настоящее время в заповеднике около 100 лосей. Они занимают все сколько-нибудь подходящие местообитания, но в основном концентрируются в долинах рек с разнообразной древесно-кустарниковой растительностью. В бесснежный период они распространены во всех высотных поясах вплоть до высокогорий, нередко совершая переходы через перевалы. С выпадением глубоких снегов все копытные спускаются к побережью Байкала, где глубина снега не превышает критического уровня, и горно-таежные леса пустеют.
Численность мышевидных грызунов в борах обычно невысока и в годы депрессий падает до очень низкого уровня. Здесь обитают красная и красно-серая полевки. Если в тем-нохвойных лесах устойчиво преобладает красная полевка, то в сосняках обычно доминирует красно-серая. Плотность населения бурундуков в борах несравненно ниже, чем в кедровниках.
Обилие куриных птиц в сосновых лесах прибайкальских равнин очень невысоко. Если вблизи Байкала каменный глухарь в небольшом числе еще встречается, то в 10-15 км от озера единичные встречи этой птицы отмечаются далеко не каждый год. Рябчиков в борах также значительно меньше. Здесь довольно много дятлов. Нередко можно увидеть и самого крупного из них — желну. Часто встречается большой пестрый дятел. Из воробьиных птиц, помимо обычных для всей территории кедровок, кукш, поползней и нескольких видов синиц, летом в светлых борах встречаются вьюрок, мухоловка-касатка, рыжая овсянка и ряд других видов. В сосняках вблизи рек отмечен на гнездовье вальдшнеп. Нередко у кромки леса можно увидеть канюка, пустельгу. Встречаются тетеревятник и перепелятник. Ночью иногда можно услышать филина. В светлых лесах чаще попадается на глаза ястребиная сова.
Чистые березняки, особенно если они имеют характер парковых лесов, населены довольно слабо. Многие животные посещают эти леса, но не обитают здесь постоянно. Часто, особенно в снежный период, в березовых лесах можно встретить лося. Северные олени зимой предпочитают смешанные березово-сосново-лиственничные леса, где есть брусника и другие кустарнички. Соболь, белка и другие пушные звери в березняках редки. Несколько чаше, чем в иных типах леса. встречается здесь заяц-беляк, но и он предпочитает смешанные леса с преобладанием березы или березняки, перемежающиеся с другими лесами. Бурундуков и других мелких грызунов в березняках мало. Численность бурозубок резко колеблется по годам, лишь в отдельные сезоны отмечается довольно много средних бурозубок. Из куриных птиц для березняков характерен рябчик, но и он предпочитает держаться на участках, соседствующих с темнохвойными и смешанными лесами. Зимой в березовых лесах кочуют стайки синиц и поползней. Временами появляются стаи чечеток, охотно питающихся семенами березы. Летом здесь часто слышатся голоса вьюрков. Встречаются пеночка-зарничка, соловей-красношей-ка и разные виды синиц, а ближе к опушкам - обыкновенная чечетка.
Берега рек, ключей, озер, небольшие сырые заболоченные участки на прибайкальской равнине отличаются богатым фаунистическим комплексом. Из млекопитающих с водоемами прочно связаны выдра, ондатра, обыкновенная кутора. На луговинах по берегам водоемов обитает полевка-экономка. распространенная весьма широко — от побережья Байкала до альпийского пояса, но в лесных биотопах она отсутствует.
Берега водоемов часто посещают все копытные. Лоси кормятся здесь зимой. Обилие мышевидных грызунов в заросших высокотравьем и захламленных поймах привлекает соболя. В долинах рек особенно многочислен горностай. Здесь же встречается ласка.
В речных долинах всегда многочисленны рябчики. С берегами водоемов всегда связаны гнездовья всех водоплаваюших птиц и большинства куликов. На богатых рыбой реках и озерах охотятся скопа и орлан-белохвост. Их гнезда обычно располагаются на деревьях в непосредственной близости от водоемов. В обрывистых берегах по Большой речке гнездится малочисленный в северо-восточном Прибайкалье зимородок. Летом приречные леса. кустарники и высокотравьс дают приют множеству птиц: белой, желтоголовой и горной трясогузкам, бурой пеночке, седоголовой и желтобровой овсянкам, таежной и малой мухоловкам, пятнистому сверчку, пеночке-зарничке и многим другим. Во влажных, заливаемых талыми водами местах многочисленны азиатский и обыкновенный бекасы. В приречных ельниках гнездятся белокрылые клесты.
С долинами рек и ключей в Прибайкалье связаны луговые поляны. Сочное разнотравье привлекает сюда копытных. Весной на еще залитых талой водой, но уже начинающих зеленеть полянах пасутся лоси и северные олени. В начале июля, когда поднимаются заросли борщевика, разнотравные луга охотно посещают медведи. В долине р. Давше на 32 га лугов отмечалось от 4 до 6 медведей одновременно.
Вблизи полян постоянно обитают зайцы-беляки. На большей части территории заповедника зайцев нет или же они крайне малочисленны. и лишь на луговых полянах в долинах рек и субальпийском поясе их численность редко снижается до критического уровня. В отдельные годы здесь высока численность полевки-экономки.
Зимняя орнитофауна открытых местообитаний бедна. С наступлением весны облик полян резко изменяется. На залитых лугах останавливаются на отдых и кормежку журавли, чибисы, турухтаны, азиатские и обыкновенные бекасы, фифи, черныши, перевозчики, большие стаи темнозобых и некоторых других дроздов, различные овсянки. Часто можно видеть облетающих кромки кустарников полевых луней, встречаются канюк, черный коршун, пустельга, орлан-белохвост, скопа и другие хищники.
В начале июня число перелетных птиц заметно уменьшается. Поют вьюрки, дубровники, белошапочные овсянки, чечевицы, соловьи-красношейки. Кукуют обыкновенная и глухая кукушки. Барабанят дятлы. Кричат журавли. Воркуют большие горлицы. Продолжаются токовые полеты бекасов и тяга вальдшнепов.
Территориальные группировки животных горно-лесного пояса имеют много общего с сообществами лесов прибрежных равнин. Из млекопитающих, характерных для горной тайги, можно отметить лишь кабаргу и алтайскую пищуху. Распространение кабарги отличается мозаичностью, на значительном пространстве горно-лесного пояса она практически отсутствует. Алтайская пищуха обитает преимущественно в альпийском и субальпийском поясах, а в горно-лесном поясе, как правило, малочисленна. Зверек распространен только там. где есть каменные россыпи, в которых он находит убежища, и хотя бы небольшие открытые участки с разно-травной растительностью, где может найти пищу и заготовить сено на зимний период.
Все остальные виды млекопитающих, встречающиеся в горной тайге, обитают и в других высотных поясах. Из копытных это лось и благородный олень. Из прочих — медведь, куньи, белка, заяц-беляк, мелкие грызуны. Из птиц, характерных только для горно-лесного пояса, следует отметить пестрого каменного дрозда, оляпку, крапивника, серого снегиря, очень редкую для заповедника каменущку. Большинство массовых видов птиц, обитающих в горно-лесном поясе, встречаются и в других высотных поясах. Таковы рябчик, многие хищные птицы, дятлы, кедровка, кукша, синицы, трясогузки- Зимние условия в горах сложнее, чем на побережье. С выпадением глубоких снегов откочевывают на равнину северные олени, лоси, изюбри, улетают многие птицы. С наступлением весны наблюдается обратный процесс.
Для наиболее высокой части Баргузинского хребта
(альпийского и субальпийского поясов) из млекопитающих характерны черношапочный сурок, алтайская пищуха и большеухая полевка. Эта высокогорная полевка в Прибайкалье нигде, кроме альпийского пояса, не встречается. Обитает она на разнотравных лугах у каменистых россыпей.В июне в альпийский пояс с побережья поднимаются северные олени. В верховья рек приходят лоси. В высокогорье держится значительная часть медведей. Некоторые из них, по-видимому, живут здесь постоянно. Соболь встречается до верхней границы лесной растительности, но численность его в таких местах, как правило, низка. Зато обычен горностай. В субальпийском поясе живет и заяц-беляк,
Из куриных птиц для высокогорья характерны тундряная и белая куропатки. Белая куропатка на зиму откочевывает на побережье Байкала, в низовья рек; Рябчик встречается до верхних пределов распространения хвойных пород. Летом на высокогорных озерах гнездятся горбоносые турпаны. В верхних частях альпийского пояса там, где обычны скалы и пустоши, гнездятся гималайская и альпийская завирушки, горный вьюрок, каменка-плясунья, белопоясный стриж. В альпийском поясе многочисленны горный конек и соловей-красношейка. В кедровом стланике гнездятся щуры, а в ерниках в верхней части субальпийского пояса - полярные овсянки. Широко распространены в субальпийском поясе сибирская и бледная завирушки, пеночка-таловка. В пихтовых редколесьях гнездятся краснозобый дрозд, сибирская чечевица и чиж. Целый ряд мелких птиц, очень широко распространенных по всей территории, особенно многочисленных в верхних поясах гор: пятнистый конек, буроголовая гаичка, пеночка-зарничка, обыкновенная чечевица, чиж, малая мухоловка, горная трясогузка, оляпка и некоторые другие виды.
Среди всех красот и богатств Подлеморья Байкал занимает особое место, и прежде всего потому, что он — величайшая загадка, которую природа подарила нам около 25 млн. лет назад и разгадать которую не удалось до сих пор... Так что же это, озеро или море?Российский посол Милеску Спафарий, переплывший Байкал в 1675 году, пишет: “...Байкал можно называтися и морем для того, что от него течет большая река Ангара... и мешается с большим морем, и объезжати его кругом нельзя — величина его в длину и в ширину, и в глубину велика есть. А озером можно называтися для того, что в нем вода пресная, а не соленая”. На сходство с морем указывал, например, путешественник англичанин Джон Белл: “...вода, мчась поверх утесов, шумит как морской прибой, так что люди в этих местах не слышат своего голоса”.