Напоминающая по географическому положению, рельефу, геологическому строению и истории развития Сахару, пустыня Калахари имеет довольно развитый сплошной, местами достаточно густой растительный покров, тем самым она скорее походит на опустыненную степь или опустыненную сухую низкотравную саванну. Особенно это четко проявляется к северу от 22° ю. ш. Несмотря на то что местные жители назвали этот район «краем жажды», здесь круглый год держится травостой и вегетируют древесные насаждения, а после дождливого сезона (с декабря по март) буйно растут эфемеры.
К югу от 22° ю. ш. до р. Оранжевой Калахари приобретает характер настоящей пустыни: незначительные дожди выпадают редко в летний период, обеспечивая жизнь разрозненных небольших деревьев, кустарников и иногда, во влажные годы, — летних трав.
На крайнем юго-западе растительность дюнных гряд сильно нарушена, пески здесь развеваемые и полузакрепленные. Центральный район Калахари — это система закрепленных растительностью параллельных дюнных цепей с солончаковыми понижениями между ними.
Географически Калахари всегда считалась пустыней, а ботанически ее относили к саванне. Будущее освоение этих районов покажет, сможет ли она именоваться настоящей пустыней или окажется травянистой саванной.
Флора Калахари родственна не столько флоре пустынь юго-запада континента, сколько флоре саванн Судано-Замбезийской области. Здесь преобладают из древесных пород различные виды акаций, а из травянистых — многочисленные злаки. Наиболее пустынный облик имеют ландшафты в юго-западной части Калахари.
Типичный растительный покров Калахари такой же, как в сухой древесно-кустарниковой саванне. Мелкобугристые песчаные равнины поросли кустарниками Ochna pulchra и Burkea africanas. На более плотных почвах образуются разреженные древесные заросли из типичных видов саванны: акации (Acacia diraffae), терминалии (Terminalia sericea), нескольких видов гревии (Grewia sp. ). Травянистый покров формируется злаками Stipagrostis uniplumis, Aristida meridionalis, Schmidtia pappophoroides.
Характерные для ландшафта Калахари обширные понижения (пэны) с плоским глинистым днищем заполняются водой после редких дождей. Эти понижения покрыты обычно довольно густым низкорослым травянистым ковром из Sporobolus ioclados, Eragrostis devoxii, Panicum coloratura.
На песчаных почвах произрастают стелющиеся дикие арбузы тсамма (Citrillus lanatus) и гемсбок (С. naudinianus). Их сочные плоды охотно поедаются различными животными, не только травоядными, но и хищниками.
По мере продвижения на юг и юго-запад растительность все более приобретает пустынный облик. Мелкобугристые песчаные равнины сменяются высокими песчаными дюнами с разреженным покровом из дерновинных злаков — аристиды, эрагростиса. В междюнных понижениях растут отдельные ксерофитные кустарники, появляются суккуленты из молочайных, аизооновых, толстянковых. Растительность становится все более сходной с той, которая типична для внутриконтинентальных районов пустыни Намиб.
В опустыненных саваннах Калахари обитают многие широко распространенные животные, свойственные саваннам Африки. В южной и западной частях этой области число саванновых видов уменьшается и появляются типичные пустынные обитатели.В Южной Калахари наиболее многочисленны карликовая песчанка, короткоухая песчанка и полосатая мышь, а также кафрский долгоног, уже упомянутые при описании пустыни Намиб. Кроме того, здесь обычны крысы паротомисы (Parctomys brantsi), земляные белки (Xerus inauris), живущие колониями. Длинные подземные ходы роет готтентотский пескорой (Cryptomys hottentotus); глаза его редуцированы, а мощные резцы используются при рытье почвы. Этот грызун относится к особому семейству зем-лекоповых. Встречается здесь южноафриканский дикобраз (Hystrix africa-eaustralis).
Из копытных в Южной Калахари обитают капский орикс и антилопа спрингбок (Antidorcas marsupialis). В центральной и северной части население копытных гораздо богаче: здесь встречаются стада голубых гну (Connochaetes taurinus), обыкновенный бубал, или конгони (Alcelaphus buselaphus), и куду (Tragelaphus strepsiceros). Обилие копытных в сухих саваннах привлекает сюда крупных хищников. Они сопровождают стада антилоп и собирают «дань» с их поголовья. Здесь можно увидеть прайды львов, стаи гиеновых собак, одиночных гепардов, и даже леопард заходит в наиболее заросшие деревьями участки калахарской саванны.
Мелкие хищники, охотящиеся на грызунов, ящериц и других мелких животных, хотя и менее заметны, но весьма обычны. Это большеухая лисица (Otocyon megalotis), степной кот, а также чепрачный шакал (Canis mesomelas), сочетающий активную охоту с питанием всевозможной падалью.
Все три вида падальщиков из семейства гиеновых, населяющие Намиб, встречаются и в Калахари: пятнистая и бурая гиены и земляной волк. Однако распределение их в Калахари различно: пятнистая гиена обычна повсюду, а бурая гиена и земляной волк приурочены в основном к наиболее засушливым южным и западным районам этой области. Земляной волк питается в основном термитами и другими насекомыми, а также яйцами наземногнездящихся птиц и падалью. Бурая гиена, ведущая в пустыне Намиб одиночный образ жизни, здесь подобно пятнистой гиене объединяется в кланы по 10—12 особей. Это объясняется большей доступностью кормовых ресурсов в Калахари по сравнению с Намибом. Помимо падали бурая гиена использует в пищу мелких грызунов, ящериц, насекомых, поедает плоды диких арбузов.
Обычен в пустыне Калахари родич барсуков медоед (Mellivora capensis), тот же самый вид, который населяет и наши Юго-восточные Каракумы. Он активен в сумерках и ночью, а днем прячется в норе. Медоед раскапывает норы земляных белок и песчанок, поедает насекомых, кладки птиц, падаль, но особенно любит мед из гнезд диких пчел.
На акациях размещаются колониальные гнезда общественных ткачиков, а внутри их шатра нередко устраивает свое гнездо карликовый сокол (Polihierax semitorquatus). Для обитателей колонии он не опасен, так как питается в основном насекомыми, а также ящерицами и грызунами. Наиболее характерные, «ландшафтные» птицы Калахари — различные жаворонки, гнездящиеся на земле. Из восьми видов, обитающих в этой пустыне, самые обычные — Mirafra africanoides, M. apiata, Eremopteryx verticalis. Питание жаворонков смешанное — термиты, саначовые, гусеницы, различные семена.
В Центральной и Южной Калахари гнездятся пустынные рябки Pterocles namaqua и P. burchelh. Чтобы напоить птенцов, они летают на водопой за десятки километров. Особая структура грудных и брюшных перьев, наиболее выраженная у самцов, позволяет им удерживать в оперении до 20 мл воды на расстоянии полета в 30 км. Птенцы пьют воду, высасывая ее из оперения родителей.
На юго-западе, в наиболее пустынных ландшафтах, гнездится африканский бегунок (Rhinoptilus africanus). Этот небольшой кулик выдерживает сильный перегрев во время насиживания кладки, расположенной прямо на земле. Насиживающая птица в жару плотнее прижимается к кладке, защищая ее от жарких лучей солнца, а сама взъерошивает перья на спине и часто дышит, вибрируя горлом. Все это способствует охлаждению организма. Питается бегунок в основном термитами, воды не пьет вовсе.Ящерицы Калахари относятся к семействам настоящих ящериц лацертид (группа ящурок), сцинковых (различные мабуйи) и агамовых. Встречаются здесь также и хамелеоны, причем в саваннах обитает обыкновенный хамелеон, ведущий древесный образ жизни (Chamaeleo dilepis), а на юго-западе, в пустынных биотопах, живет наземный пустынный хамелеон, упомянутый уже для Намиба.
Наиболее обычны различные ящурки — Meroles suborbitalis, Eremias namaquensis. Все они ведут наземный образ жизни, охотятся на всевозможных насекомых. У ящурки Eremias lugubris окраска взрослых особей палево-красная, под цвет песка, зато молодые — ярко-черные, с белыми пятнами на голове и спине. Такая окраска делает их удивительно похожими на обитающих в этих же местах ядовитых жуков. Сходство с жуками молодые ящурки подчеркивают особой «жучиной» походкой на широко расставленных ногах, с выгнутой спиной. Если же ящурка обнаруживает, что ее «обман» раскрыт и хищник преследует ее, она переходит на обычный ящеричный бег. По достижении размера 5 см окраска ее становится однотонно-красной и ящурки «забывают» о жучиной походке. Так в течение индивидуального развития мимикрирующая окраска сменяется на покровительственную.
Ящурки все без исключения наземные, а среди мабуй есть и наземные, и полудревесные виды, охотно забирающиеся на стволы и ветви акаций и других кустарников. В южных районах в толще песка можно обнаружить своеобразных безногих слепых сцинков Typholosaurus.
За последние десять — пятнадцать лет в ряде аридных областей нашей планеты наблюдалось резкое усиление процессов аридизации и расширение пустынь, следствием чего явилось сокращение или полное уничтожение их биологической продуктивности. В литературе эти процессы названы опустыниванием. Оно имело место и в давно минувшие времена. В настоящее время в связи с большими потерями продуктивных земель опустынивание имеет глобальное значение и привлекло внимание Организации Объединенных Наций, общественных и научных кругов мира.
Два фактора в большей степени способствуют усилению процессов опустынивания и расширению границ пустынь. Это климатические колебания и антропогенные воздействия. Часть ученых склонна считать главной причиной проявления процессов опустынивания климат, периодические засухи. По мнению этих ученых, с точки зрения экологии пустыни — истощенные, обедненные жизненными формами территории — сильнее отражают, чем поглощают, солнечные лучи, снижают интенсивность конвекции воздуха и в результате способствуют уменьшению количества атмосферной влаги, выпадающей в виде осадков. Высказывается даже предположение, что по этим причинам в умеренных широтах, где пустыни наиболее распространены, имеет место сдвиг «дождевых поясов», тем самым еще более обостряются и без того сложные процессы опустынивания.