Но недолго продолжалось мирное существование.
Церковные власти близлежащих областей старались любыми способами подчинить себе санмаринцев, но они всегда с достоинством отвечали ударом на удар.
В 1303 году прибывшие в Сан-Марино послы от церкви Феретрано были заключены под стражу, и вновь начались военные действия, которые закончились успешно для санмаринцев, отважная милиция которых вынудила епископа Уберто подписать мир в 1320 году.
В 1322 году впала в немилость синьория графа Федерико из Монтефельтро, союзника санмаринцев. Епископ Бенвенуто и семейство Малатеста из Римини старались привлечь санмаринцев на свою сторону с помощью даров и таких пожалований, как прощение церкви, освобождение от налогов собственности санмаринцев вне территории страны, право на свободную торговлю, возможность переводить в Сан-Марино ренту от вложений. В обмен было запрошено считать недругами Урбино, которые в это время нашли прибежище в Сан-Марино.
Слишком высока была цена измены, и санмаринцы решили отказаться и продолжили борьбу против Малатеста до 1366 года.
Ещё долгое время Малатеста беспокоили санмаринцев своими нападениями, но спесь синьора из Римини обернулась против него самого, так как ухудшились его отношения с папой Пио II и его союзником Альфонсо из Арагоны, королем Неаполя, у которого Малатеста забрал обманным путём крупную сумму денег.
В этой ситуации 21 сентября 1461 года санмаринцы подписали договор о союзе с церковью Рима и вновь начали войну, которая закончилась в 1463 году завоеванием замков Фьорентино, Монтеджардино и Серравалле, принадлежавших семейству Малатеста, а замок Фаэтано добровольно присоединился к Республике.
Это была последняя война санмаринцев, после которой границы территории страны больше не претерпевали изменений.
В течение нескольких десятилетий в стране царствовал мир, но потом в 1503 году Чезаре Борджа, герцог Валентине, сын папы Александра VI, занял Республику. К счастью, санмаринцы не долго должны были терпеть тиранию, через несколько месяцев, пользуясь тем, что в герцогстве Урбино поднялось восстание, санмаринцы поднялись на борьбу против войск Валентине и, благодаря отважным воинам и хорошему вооружению, разбили врага.
Почти через 40 лет, а точнее, во время папства Павла III, в ночь на 4 июня 1542 года, ФАБИАНО ДА МОНТЕ САНСОВИНО попытался завоевать Сан-Марино, имея 500 солдат, много кавалерии и всё необходимое для штурма крепостных стен. Но из-за густого тумана вражеские войска не смогли приблизиться к городу до восхода солнца, и план захватить врасплох и уничтожить санмаринцев провалился. Фабиано да Монте Сансовино вернулся на исходные позиции, и с того времени не удалось точно выявить ответственных за эту преступную акцию, но посол императора Карла V в Риме предложил санмаринцам императорские привилегии и порекомендовал не доверять папским министрам в Романье.
Впоследствии, в 1631 году, после смерти последнего герцога Урбино, правление герцогства было передано святому престолу. В том же году вошел в действие договор о протекции, подписанный между Сан-Марино и святым престолом еще в 1602 году.
В те времена Республика переживала глубокий кризис общественной и экономической жизни отсутствие интереса к государственным делам и равнодушие санмаринцев, уровень культуры которых падал все ниже. Этому процессу способствовало и вымирание некоторых знатных семейств, которые принимали близко к сердцу защиту свободы, и эмиграция за границу в поисках работы и почестей лучших представителей общества (говоря современным языком - "умов").
Этот отрицательный период продолжался до 1739 года, когда Республика пережила самое серьезное покушение на свободу и независимость страны за всю свою многовековую историю. Под предлогом ареста двух санмаринских конспираторов, происшедшего в церкви, КАРДИНАЛ АЛЬБЕРТОНИ, папский легат в провинции Романья, 17 октября 1739 года вошел со своими войсками в Сан Марино.
Нашествие было предварено рядом бесчестных предприятий, как, например, арест санмаринцев на итальянской территории Романьи или блокировка границ, препятствующая поставкам необходимого продовольствия в Сан-Марино. Кардиналу Альберони не удалось сломить этим санмаринцев, и он решил прибегнуть к силе и оккупировал территорию.
Дома знатных и уважаемых горожан были ограблены, потому что их хозяева отказались давать клятву верности папе, капитаны-регенты были упразднены и заменены Гонфалоньером и двумя блюстителями порядка.
Санмаринцы, не желая подчиниться тирании, направляли секретные послания протеста Папе, прося избавить их от неслыханного и криминального беззакония.
Из Рима прибыл на гору Титано кардинал Энрико Энрикес, направленный сюда с целью рассмотрения сложившейся в Сан-Марино ситуации. После его расследования Папа удалил кардинала Альберони от границ Сан-Марино, и 5 февраля 1740 года Республике были возвращены свобода и суверинитет. Это событие оказало благотворное влияние на Республику, очнувшуюся от апатии и равнодушия предыдущих лет. Возродился дух защиты, и граждане, ощутив прилив любви к Родине, вновь почувствовали в себе республиканскую гордость.
Эпизод с кардиналом Альбертони был великолепно описан поэтом КАРДУЧЧИ в 1894 году в его знаменитой речи о "вечной свободе".
Будущее готовило и светлые моменты в жизни санмаринцев Во время итальянского похода НАПОЛЕОН БОНАПАРТ прошел вблизи границ крошечной Республики.
Восхищаясь гордостью этого маленького народа и его традициями свободы, Наполеон заявил: "НЕОБХОДИМО СОХРАНИТЬ САН МАРИНО КАК ПРИМЕР СВОБОДЫ" и направил на гору Титано Монжа, своего посла и выдающегося математика, поручив ему выразить санмаринцам свое дружеское расположение. Такое высокое признание традиций свободы и независимости ранее никогда не было обращено к Республике Сан-Марино. Теплые отношения с Францией сохранялись и в дальнейшем в 1805 году.
Бонапарт встретил со всеми почестями АНТОНИО ОНОФРИ, посланца Республики, приехавшего в Милан для расширения Торгового договора, уже заключенного между Сан-Марино и Цизальпинской Республикой. После Наполеона Бонапарта независимость Сан-Марино была признана и подтверждена участниками Венского конгресса 1815 года, которые внесли ее название с соответствующими суверенными характеристиками в число европейских государств.
Республика Сан-Марино не осталась в стороне от борьбы за национальное единство Италии и давала временное пристанище и защиту патриотам и беженцам, стучавшимся в её дверь. Многие известные деятели нашли здесь убежище в ожидании возобновления борьбы. Особенно горды санмаринцы одним выдающимся событием. После падения Римской республики, Гарибальди, не сдавшись врагу, остановился со своими волонтерами у границ Республики.
Преследуемый австрийцами, он вошёл в Сан-Марино и обратился с просьбой об убежище для себя и своих 2.000 солдат. Солдаты получили приют, провиант, а раненые - медицинскую помощь. Правительство Республики запросило в обмен оградить страну от несчастий и разрушений войны. Генерал Гарибальди дал своё согласие, произнёс речь с вершины парадной лестницы конвента капуцинов, обращаясь к войскам, о роспуске первого Римского легиона.
Это произошло 31 июля 1849 года, так легендарный герой сложил оружие.
В ту же ночь, в то время как австро-папские войска окружали Республику, Гарибальди со своими 250 верными товарищами с помощью санмаринца НИКОЛЫ ДЗАНИ, выбрались из Сан-Марино за 15 минут раньше до окончательного окружения.
Папские власти были недовольны тем, что Гарибальди была оказана помощь, и старались отомстить за это. Серьёзной опасностью для Республики был 1854 год, когда Папские власти предложили герцогу Тосканы захватить Сан-Марино, "гнездо либералов", военным путём. Вмешательство Франции, которая направила в Сан-Марино своего посла с предложением защиты императора Наполеона III, позволило предотвратить опасность.
Санмаринские добровольцы приняли участие во всех битвах Италии за независимость, включая войну 1915-1918 гг., и на фронтах действовал ВОЕННО-ПОЛЕВОЙ ГОСПИТАЛЬ с санмаринским персоналом.
Во вспыхнувшей второй мировой войне Республика скрупулёзно соблюдала традиционный нейтралитет, а несчастным итальянским братьям было предоставлено убежище на территории страны, более ста тысяч беженцев (в восемь раз больше тогдашнего населения) нашли здесь приют.
Аренго, или ассамблея глав семейств, в древности было верховным органом. Впоследствии, в связи с трудностями принятия законов таким многочисленным собранием, его законодательная власть перешла к Большому Генеральному Совету.
Однако аренго сохранило за собой право модифицировать Статуты Республики и "право петиции". Это последнее право используется и в наши дни, и капитаны-регенты получают многочисленные прошения, предоставляемые гражданами в первое воскресенье после 1-го апреля и после 1-го октября.
Таким образом, в руках народа остаётся важный инструмент демократии, позволяющий иметь прямые связи с высшими государственными органами. Поданные прошения должны быть рассмотрены в течение 6 месяцев.
В начале 1600 года Совет, несмотря на признание в документах суверенных прерогатив Аренго, практически лишил его полномочий, и около трёх веков вече не созывалось. 25 марта 1906 года народное собрание глав семейств (аренго), собравшееся в главном храме Сан-Марино, восстановило свои древние права. Было принято решение об избрании членов Большого Генерального Совета путем всеобщего голосования, упразднив, таким образом, переизбрание полностью по кооптации, как это делалось прежде.
Большой Генеральный Совет является парламентом Республики, он состоит из 60 депутатов, избираемых всеобщим голосованием по системе пропорционального представительства сроком на 5 лет.