Размещается железнодорожный транспорт неравномерно. Густой и разветвленной железнодорожной сетью обладает европейская часть страны. Конфигурация сети — радиально-кольцевая с центром в Москве. От Московского железнодорожного узла отходят основные магистрали в направлении Донбасса, Одессы, Чопа, Казани, Самары, Саратова, Волгограда, Минска, Риги, Санкт-Петербурга, Архангельска и др. В восточной части страны железнодорожная сеть имеет ярко выраженное широтное направление с малой разветвленностью. Важнейшей магистралью, связывающей Центр с Уралом, Сибирью и Дальним Востоком является Трансконтинентальная железная дорога: Москва — Рязань — Рузаевка — Сызрань — Самара — Уфа — Челябинск — Иркутск — Чита — Хабаровск — Владивосток, длиной 9332 км. Построена Байкало-Амурская магистраль, Усть-Кут — Комсомольск-на-Амуре.
Важное значение для России имеют Южно-Сибирская и Среднесибирская железнодорожные магистрали, проходящие через территорию Казахстана. В меридиональном направлении действует участок Тюмень — Сургут — Уренгой. Плотность железнодорожной сети в Российской Федерации мала —5 км на 1000 км, поэтому очень высока грузонапряженность железных дорог.
Железными дорогами за один год перевезено 1630 млн.т грузов и 2,4 млрд. пассажиров, получено более 50 млн. руб. прибыли. Однако общий объем перевозок упал на 20% по сравнению с предыдущим годом. Пассажирские перевозки убыточны. Идет деградация транспортного хозяйства, замедлилось развитие железнодорожной сети. Резко сокращаются поставки рельс, шпал, транспортных средств. Не хватает средств для расчетов с поставщиками.
Распад СССР и разрыв транспортно-экономических связей имеет тяжелые последствия. Например, даже участок Транссиба проходит через территорию сопредельного государства Казахстан, не говоря уже о Среднесибирской и КЭжно-Сибирской магистралях. А это самые грузонапряженные магистрали, обслуживающие связи «восток—запад» России. Участок дороги через Тюмень, минуя Казахстан, по технико-экономическим данным не в состоянии пропустить грузы Транссиба, а тем более взять хотя бы часть грузов Среднесибирской и Южно-Сибирской железных дорог. Нерациональные перевозки на железнодорожном транспорте сохраняются, так как они связаны с недостатками в размещении и развитии производства во многих отраслях хозяйства страны.
Основные направления развития железнодорожного транспорта разрабатываются в рамках комплексной программы "Транспорт России".
Важную роль во внешнеэкономических связях страны играет морской транспорт. Он является одним из основных источников получения валютных средств. В 90-х годах Россия имела 39 портов и 22 портовых пункта. Длина их причалов составляла 60,5 тыс. км.
Производственные мощности портов позволяют обеспечивать только 54% потребности переработки грузов. Основные грузы, перевозимые морским транспортом, — нефть, руды, стройматериалы, каменный уголь, зерно, лес. Крупные порты — Санкт-Петербург, Мурманск, Архангельск, Астрахань, Новороссийск, Туапсе, Находка, Владивосток, Ванино и др. В связи с освоением природных ресурсов Крайнего Севера и Дальнего Востока обеспечена круглогодичная навигация в Норильск, Ямал, Новую Землю. Здесь наибольшее значение имеют порты: Дудинка, Игарка, Тикси, Певек. Намечено строительство двух портов в Санкт-Петербурге.
Россия имеет перегрузочные комплексы сухогрузов и наливные суда, но после распада СССР страна осталась без комплексов по перевалке калийных солей, нефтяных грузов и сжиженного газа, без железнодорожных переправ на Германию и Болгарию, остался только один припортовый элеватор по приемке импортного зерна и один специализированный комплекс по приемке импортного сахара-сырца. 60% российских портов не в состоянии принимать крупнотоннажные суда из-за недостаточных глубин. Очень нерациональна структура транспортного флота. Проблемы морского транспорта России требуют незамедлительного решения, так как оказывают большое влияние на экономическое положение страны.
Речной транспорт имеет небольшой удельный вес в грузе- и пассажирообороте России. Это связано с тем, что основные потоки массовых грузов осуществляются в широтном направлении, а большинство судоходных рек имеет меридиональное направление. Также негативное влияние оказывает сезонный характер речных перевозок. Ледостав на Волге длится от 100 до 140 дней, на реках Сибири — от 200 до 240 дней. Речной транспорт уступает другим видам и в скорости движения. Но он обладает и преимуществами: более низкой себестоимостью перевозок, требует меньше капитальных затрат на обустройство путей, чем в сухопутных видах транспорта. Основные виды грузов речного транспорта — минеральные стройматериалы, лес, нефть, нефтепродукты, уголь, зерно.
Большая часть оборота речного транспорта приходится на европейскую часть страны. Важнейшей транспортной речной магистралью здесь служит Волга со своим притоком Камой. На севере европейской части России заметную роль играют Северная Двина, Онежское и Ладожское озера, р. Свирь и Нева. Большое значение для развития речного транспорта в стране имело создание единой глубоководной системы и строительство Беломоро-Балтийского, Волго-Балтийского, Московско-Волжского и Волго-Донского каналов.
В связи с освоением природных ресурсов на востоке страны возрастает транспортное значение Оби, Иртыша, Енисея, Лены, Амура. Особенно заметна их роль в обеспечении районов пионерного освоения, где практически отсутствуют сухопутные транспортные магистрали.
В настоящее время в связи с экономическим кризисом идет сокращение объемов перевозок грузов и пассажиров речным транспортом, протяженности внутренних водных судоходных путей, количества причалов.
Автомобильный транспорт в основном используется для перевозки небольших потоков грузов на короткие расстояния. Это связано со сравнительно высокой себестоимостью данного вида транспорта и его малой грузоподъемностью.
К достоинствам автомобильного транспорта следует отнести высокую скорость и возможность доставки грузов от "двери до двери" без дополнительных затрат на перегрузку. Обеспеченность автодорогами с твердым покрытием служит важным показателем развития транспорта в стране. В России 40% сельских населенных пунктов не имеют связи с сетью путей сообщения общего пользования. Качество автодорожной сети невысокое: 11% автодорог грунтовые, 1/3 дорог с твердым покрытием — гравийные, щебеночные, шлаковые и булыжниковые, они не соответствуют техническим нормам. Такие дороги быстро изнашиваются и требуют ремонта, а в условиях экономического кризиса ремонтные работы имеют тенденцию к сокращению. Также необходимо учесть, что в России производится только 10—12% грузовых автомобилей и автобусов от уровня производства в бывшем СССР. Это в ближайшем будущем осложнит развитие автомобильного транспорта.
Трубопроводный транспорт отличается наименьшей себестоимостью и используется для перекачки нефти, нефтепродуктов, газа. Преимуществами этого вида транспорта также являются: возможность функционирования в течение всего года, высокая производительность труда, минимальные потери при транспортировке, возможность прокладки трубопроводов по кратчайшему расстоянию практически вне зависимости от рельефа местности. Развитие сети магистральных нефте- и газопроводов связано с географией добычи нефти и газа и районов их потребления.
Воздушный транспорт занимает третье место по объему пассажирских перевозок. Он также используется в народном хозяйстве для перевозки срочных грузов, при строительстве трубопроводов, мостов, ЛЭП, в проведении работ для сельского хозяйства, геологоразведки, рыбного промысла. Уровень развития воздушного транспорта является показателем степени научно-технического потенциала страны. В последние годы замедлились темпы развития воздушного транспорта. В настоящее время техническая укомплектованность наземной базы составляет 60%, а по аэровокзальным комплексам не более 30%. Износ основных фондов оценивается в 70%.
Транспорт является важным связующим звеном в экономике Российской Федерации, без которого невозможно нормальное функционирование ни одной отрасли хозяйства, ни одного региона страны. Стабилизация экономики и ее подъем невозможны без решения основных проблем транспортного комплекса. В настоящее время разрабатывается комплексная программа "Транспорт России".
В первую очередь требуют решения вопросы увеличения инвестиций в эту отрасль, привлечения иностранного капитала, налаживания работы поставщиков транспортного комплекса — транспортного машиностроения, электротехнической и электронной промышленности, приборостроения, стройиндустрии и др. В самом транспортном комплексе необходима более тесная координация работы всех видов транспорта между собой и с отраслями народного хозяйства.