Птицы
Основными направлениями орнитологических исследований в заповеднике являются инвентаризация орнитофауны, фенология птиц, кольцевание, контроль за состоянием популяций видов, включенных в Красную книгу России, изучение вопросов динамики численности и др. На стационаре Когончины-2 в пойме р.Негусъях проводится отлов птиц паутинными сетями для кольцевания. В течение 10 лет в заповеднике окольцована 13531 особь 103 видов птиц.
На территории заповедника отмечено 93 вида отрядаворобьиных (вместе с залетными).
Тетеревиные Юганского заповедника представлены типичными таежными видами – рябчик, тетерев, глухарь и белая куропатка. Известны редкие залеты перепела, относящегося к семейству фазановых.
Единственным представителем семейства аистовых является черный аист – представитель Красной книги России. Он хотя и редко, но регулярно встречающийся в заповеднике и в регионе. Очень редко встречается большая выпь из семейства цапель.
Еще в начале 20 века на территории Сургутского района обычным был белый журавль (стерх). Теперь он здесь не встречается. Единственным представителем семейства журавлиных является серый журавль, гнездящийся в небольшом количестве на обширных болотах. Чаще встречаются в заповеднике другие представители этого отряда – виды семейства пастушковых: коростель, погоныш. В регион также залетают лысуха и камышница.
В заповеднике встречается гусь-гуменник таежного подвида. Гуменник из заповедника зимует в Голландии (имеется возврат кольца), т.е. на территории округа гнездится гуменник западного подвида, более малочисленного, чем восточный. Достаточно широко распространен лебедь-кликун. В последние годы стали отмечаться залеты пеганки, которую относят к группе видов, активно осваивающих новые территории.
Самым массовым видом утиных является чирок-свистунок. Он заселяет все водоемы – поймы рек, озера и озерки среди болот. Ему несколько уступает в численности гоголь, который также заселяет все типы водоемов. Сильно варьирует численность свиязи. Но в целом этот вид относится к группе обычных, как и шилохвость, которая заселяет болота с озерками. Группу немногочисленных видов составляют чирок-трескунок, луток, хохлатая чернеть, красноголовый нырок. Кряква, обычная в других местах, в условиях таежных междуречий с узкими поймами встречается редко. На пролете перечисленные виды дополняют морская чернеть, морянка, турпан, синьга, большой и средний крохали, белолобый гусь, а также пискулька и краснозобая казарка, занесенные в Красную книгу.
Самыми обычнымиприречными видами отряда Ржанкообразных являются перевозчик и черныш. На болотах полуколониально гнездятся большие веретенники совместно с чибисами, фифи, турухтанами и обыкновенными бекасами. В глубине болотных массивов обычны средние кроншнепы. Отдельно от других видов на болотах у небольших озерков гнездится большой улит. Изредка на реках заповедника встречается мородунка, а на болотах длиннопалый песочник, гаршнеп и обыкновенный дупель. В последнее десятилетие отмечено сокращение численности единственного лесного кулика – вальдшнепа. Известны залеты лесного дупеля. Кулик-сорока, изредка встречающийся на пролете, требует уточнения подвидовой принадлежности. Материковый подвид кулика-сороки, включен в последнее издание Красной книги. Группу пролетных дополняют бурокрылая ржанка, галстучник, зуёк, щёголь и др. Гнездование зуйка известно на Большом Югане. Большой кроншнеп встречается редко.
Чаще всего объектами наблюдений из отряда Соколообразных являются редкие, но хорошо заметные в природе виды – орлан-белохвост и скопа. Беркут встречается редко. Крайне редко, и только на пролете, встречается сапсан. Пребывание кречета на территории заповедника нуждается в подтверждении. Все эти виды – представители Красной книги России. Самыми обычными представителями дневных хищников являются перепелятник и чеглок. Достаточно обычны – осоед, полевой лунь и обыкновенный канюк. Тетеревятник чаще встречается в зимнее время и на пролете осенью. В летнее время встречи с ним редки. На пролете обычным видом является зимняк и дербник. Известен залет кобчика.
Отряд Совообразных на территории заповедника представлен 7 видами. Филин – самая крупная сова – включен в последнее издание Красной книги России. В последнее время самыми обычными совами являются бородатая неясыть и мохноногий сыч. Длиннохвостая неясыть немногочисленна. Самая маленькая сова – воробьиный сыч, достаточно обычен. Самой малочисленной совой является ястребиная. Болотная сова, совершающая регулярные сезонные миграции, очень подвержена колебаниям численности.
Рыбы
На территории заповедника отмечено постоянное обитание 10 видов рыб, и еще 2 вида изредка регистрируются в прилегающих районах. В различных водоемах заповедника встречаются щука, окунь, ерш, плотва сибирская, язь, елец, золотой и серебряный караси, а также пескарь и гольян. На Большом Югане очень редко отлавливались нельма и налим.