Значительные изменения в 90-е годы произошли и в структуре аграрного сектора ЦЧР. В посевных площадях района сильно уменьшилась доля такой важнейшей культуры, как сахарная свекла. Из всех технических культур района ее посевные площади сократились в наибольшей степени. В крайне тяжелом положении оказалось и животноводство района, где произошло резкое сокращение поголовья скота и его продуктивности. В результате доля аграрного сектора в ВВП района сильно уменьшилась. Сильное снижение объемов заготавливаемого сельскохозяйственного сырья при систематическом ухудшении технического оснащения предприятий по его переработке не могло не сказаться на состоянии пищевой индустрии ЦЧР: за 90-е годы произошло резкое уменьшение как абсолютных размеров ее производства, так и доли в отраслевой структуре промышленности района – примерно с 25 до 16%. При этом наиболее значительное падение производства произошло в сахарной, молочной и мясоперерабатывающей отраслях.
Различный уровень спада производства в отдельных отраслях промышленности и хозяйственных сферах ЦЧР вызвал значительное межобластное перераспределение ВРП. И хотя, как было выше отмечено, в результате особенностей отраслевой структуры в сфере промышленного производства на первую позицию в ЦЧР вышла Липецкая область, в общехозяйственном ВРП первое место сохранила за собой Воронежская область (27%). Второе и третье места заняли Белгородская и Липецкая области (23% и 21% соответственно), а далее – Курская и Тамбовская (17% и 12% соответственно). Но по величине валового продукта в расчете на душу населения на первые места в 90-е годы вышли Белгородская и Липецкая области.
В целом произошедшую в 1990-е годы трансформацию межобластных и межотраслевых пропорций в хозяйстве ЦЧР, и прежде всего в промышленности, нельзя считать объективно обоснованной, поскольку она была связана не с увеличением физических объемов производства в отраслях, занявших первые места по стоимости всей продукции, а в результате систематического повышения цен на эту продукцию и кризиса в таких ключевых для ЦЧР отраслях, как машиностроение и пищевая промышленность. Обе эти отрасли остро нуждаются в обновлении своих производственных фондов, замене устаревшего оборудования, что, понятно, невозможно без новых инвестиций. Созданный в ЦЧР за многие годы научно-технический, интеллектуальный и еще не полностью разрушенный производственный потенциал позволяет в определенной степени восстановить машиностроительный комплекс района. Наряду с черной металлургией машиностроение должно стать одним из главных приоритетов в региональной промышленной политике.
То же следует сказать и в отношении пищевой индустрии и промышленности строительных материалов, которые имеют все необходимые предпосылки для восстановления своих позиций в производственном комплексе ЦЧР. Все это будет способствовать восстановлению более сбалансированной отраслевой и территориальной структуры хозяйства района, в большей степени отвечающей его объективным природно-географическим и социально-экономическим условиям.