Эта островная часть состоит из Больших Зондских (Суматра, Ява, Калимантан, или Борнео, Сулавеси, или Целебес), Малых Зондских, Молуккских и Филиппинских островов, а также полуострова Малакка, суммарная площадь которых превышает 1700 тыс. км2, а население около 95 млн. человек. Моряки Южной Индии назвали ее Малайя, что значит горная . Острова состоят из высоких глыбовых и вулканических гор, достигающих 3000-4000 м (г. Кинабалу на острове Калимантан, 4101 м), и заболоченных низменностей.В морфоструктурном отношении архипелаг состоит из двух частей. Большая часть Калимантана, за исключением узкой восточной прибрежной полосы, полуостров Малакка, узкая прибрежная северо-восточная полоса Суматры и расположенные между ними острова Банка, Биллитон и другие, сложены докембрийскими, палеозойскими и триасовыми отложениями, которые в мезозое были смяты в складки (яньшаньский орогенез) и прорваны в различных частях гранитными интрузиями, содержащими богатые (свыше 1 млн. т) оловянно-вольфрамовые месторождения (Банка, Биллитон, Синкеп). В ультраосновных породах нижнего мела на Калимантане имеются месторождения алмазов.Остальная часть архипелага возникла в результате альпийско-гималайской складчатости. При этом мезозойская суша страны была разбита сбросами. Одни ее участки погрузились под уровень моря (малаккский пролив возник в послеледниковое время), другие были дифференцированно подняты (глыбовые горы Калимантана, юга Малакки), наконец, третьи испытывали в процессе складчатости синклинальное прогибание (низменности Суматры и Явы, восточное побережье Калимантана) и заполнялись рыхлым материалом. С другой стороны, в непосредственном контакте с предгорными прогибами возникла цепь складчатых гор, подвергшихся в неоген-четвертичное время разломам и сбросам. В результате, некоторые участки гор были подняты до высоты 1500-2000 м, а по линиям разломов антиклинали возникла цепь из 330 вулканов, из которых 124 действующие. Среди них высшая точка Суматры, действующий вулкан Квринчи, или Индрапура (3800 м). На Яве 136 вулканов образуют целые горные, цепи, чередующиеся с вулканическими нагорьями, сложенными продуктами извержения. Самая высокая вершина Явы действующий вулкан Семору (3676 м). В Зондском проливе, отделяющем Яву от Суматры, расположен островной вулкан Кракатау (838 м), известный самым сильным на памяти человечества извержением в 1883 году. Последние его извержения были в 1950 и 1952 годах.В числе действующих вулканов на Малых Зондских островах самыми высокими являются Ринджани (3726 м) и Агунг (3200 м), на острове Минданао (Филиппины)-вулкан Апо (2953 м).
Однако большая часть Сулавеси, Филиппин и внешняя цепь Малых Зондских островов не вулканические; рельеф их очень сильно расчленен. На небольших участках амплитуды высот поверхности земной коры нередко колеблются от 4000-7000 м ниже уровня моря до 3000 м выше уровня моря. Вдоль восточного берега Филиппин располагается одна из глубочайших океанических впадин (-10265 м) и вблизи от нее на восточном берегу Минданао гора Тагубуд возвышается до 2652 м. В поздние фазы альпийско-гималайской складчатости в сферу ее действия были частично вовлечены и песчано-глинистые неогеновые отложения предгорных прогибов. Мощность их на Суматре и Яве достигает 9000 м, а на Борнео даже 15000 м. С этими отложениями связаны основные месторождения нефти, а с неогеновым вулканизмом в антиклиналях- месторождения золота в кварцевых жилах и марганца. Большие отрицательные аномалии силы тяжести над морем по внешней дуге Зондских островов, активная вулканическая деятельность, частые землетрясения и нахождение четвертичных коралловых рифов на высотах до 1200 м свидетельствуют о (продолжающейся оротении. Над архипелагом, хотя он и лежит в экваториальных широтах, наблюдается муссонная циркуляция, что связано с его положением между Азией и Австралией. В зимнее для северного полушария время северо-восточный пассат проникает до 10° ю. ш., а в летний сезон, наоборот, юго-восточный пассат южного полушария вовлекается в систему приэкваториальных муссонов над южной Азией и, перевалив экватор, дует с юго-запада. Однако островное положение страны обусловливает увлажненность ветров круглый год, откуда бы они ни подули. Наряду с фронтально-орографическими и циклоническими дождями идут конвективные дожди. На низменностях выпадает до 2000 мм, в горах от 3000 до 5000 мм осадков в год. Исключение составляет лишь юго-восточная часть архипелага, где с июля по октябрь (южное полушарие) отчетливо выражен засушливый сезон. В это время там дуют сухие юго-восточные ветры из области австралийского антициклона. Годовое количество осадков на Малых Зондских островах снижается до 1000 мм.Во время северо-восточного пассата (декабрь-март) и юго-западного муссона (июнь октябрь) сильнее увлажняются соответствующие наветренные склоны. В сезоны смены воздушных масс на тропическом фронте возникают (особенно возле Филиппин) очень активные циклоны, или тайфуны (до 20 в год), некоторые из них с ураганной силой ветра. Приэкваториальное и островное положения территории обусловливают постоянство теплового режима. Круглый год температура воздуха над низменностями в среднем держится около 25-28°С. Однако суточные амплитуды температур воздуха могут достигать 12°С.
В горах, выше 1500 м, температура воздуха колеблется между 15° и 20°С. Только на плато Пенгаленган (Ява, высота 3500 м) при вторжении в зимнее время полярного воздуха из Азии иногда случаются заморозки (однажды температура понизилась до -2,6°С). В связи с гидротермическим режимом островной страны ее короткие реки полноводны круглый год, гидрографическая сеть густая. Реки хорошо дренируют склоны гор и предгорья, вынося огромное количество аллювия на заболоченные низменности и в море. На прибрежных низменностях реки в сезон дождей широко разливаются, затопляя большие площади. В начале спада половодья крестьяне по колено в воде высаживают на этих площадях молодые побеги риса; хорошо дренируемые участки специально обваловывают, чтобы задержать воду. В зависимости от увлажнения и дренажа территории ее почвенно-растительный покров довольно пестрый. До высоты 1500 м в различных формах доминирует гилея, а в более засушливых с сезонным увлажнением котловинах муссонные листопадные леса и саванны. Заболоченные участки прибрежных низменностей с их болотными и лугово-болотными почвами покрыты мангровыми лесами и зарослями из ризофор, соннератий и низкорослой пальмы нипа.На постоянно увлажняемых и хорошо дренируемых участках низменностей и предгорий, до высоты 700 м, на оподзоленных красноземах произрастают гилейные леса из пальм (в том числе, кокосовой и саговой), бамбуков, панданусов и огромных многоствольных фикусов с воздушными корнями. В местах сезонного увлажнения (котловины, подветренные склоны, особенно на Малых Зондских островах) под муссонными лесами развиваются красноземы. В этих лесах господствуют тик (Tectona grandis), казуарины (Casuarina equisetifotia), терминалии и пальма нибонг. На Малых Зондских островах заметно сильное флористическое влияние Австралии. Светлая гилея и муссонные леса, занимающие наиболее пригодные для земледелия площади, сильно вырублены или выжжены. Возделываемые участки представляют антропогенную саванну, в которой травяной покров заменен зерновыми (преобладает рис), бобовыми культурами 'И сахарным тростником, в древостое преобладают плодовые (кокосовая и саговая пальмы, банан, ананас, хлебное и дынное деревья и др.). Нередко антропогенная саванна переходит в садово-плантационный ландшафт с господством технических культур (гевея, текстильный банан, или абака, из которого получают манильскую пеньку, кофейное, какаовое, перцовое, гвоздичное деревья, мускатный орех и чайный куст). На заброшенных после вырубок леса участках на красно-бурых почвах развиваются саванны, в которых травяной покров представлен главным образом малайским тростником, или аланг-алангом (Imperata arund) и диким сахарным тростником (Saccharum spontaneum).
Образуемые ими заросли настолько густы, что не дают возможности быстро восстанавливаться первоначальному влажнотропическому лесу.Наибольшей пышности, высоты и густоты достигает гилея в поясе от 700 до 1500 м. Располагающийся на оподзоленных латеритах влажный, темный, до 10 ярусов лес слагают фикусы, расамалы, диптерокарповые, мимозовые, сандаловые, полиандровые и другие деревья, перевитые лианами и эпифитами и густо обросшие мхами. В подлеске непроходимые чащи из древовидных папоротников. В поясе от 1500 до 3000 м температура заметно ниже, отчего влажность возрастает. Постоянна густая облачность,.склоны гор окутывают туманы. Это горная гилея. На бурых лесных почвах произрастают вечнозеленые дубы, лавры, рододендроны, папортники, хвойные деревья, иногда каштаны и клены. Верхние участки склонов и вершины невысоких пологих гор покрыты горными разнотравными лугами и кустарниками.В общем, леса занимают в разных районах архипелага от 30% (Ява) до 90% (на Калимантане) территории; они богаты ценными породами (железное, черное, красное, сандаловое, эбеновое, камфарное, тиковое и другие деревья). Так же, как и леса Индокитая, малайские леса богаты разнообразными представителями животного мира влажных экваториальных лесов. Здесь значительно больше обезьян, в том числе из человекообразных в лесах Калимантана и Суматры еще обитает огромный орангутан. Наряду с индомалайскими формами (тигры, слоны, носороги, чепрачный тапир, кабаны, среди них целебесский бабирусс с закрученными клыками, яванские оленьки, серповидная антилопа горал, индийский буйвол, или гаур, и другие), на Малых Зондских островах и Сулавеси распространены мелкие сумчатые (кускусы), представляющие элемент австралийской фауны.В ландшафтном отношении Малайский архипелаг подразделяется на три области: Малые Зондские острова, Большие Зондские острова с полуостровом Малакка и Филиппинские острова. При однородности теплового режима архипелага ландшафтные различия обусловлены главным образом неравномерностью увлажнения различных частей территории в течение года.Малые Зондские острова в биоклиматическом отношении находятся под влиянием Австралии. С июня по октябрь, когда от австралийского максимума давления дует юго-восточный пассат южного полушария, здесь четко выражен сухой сезон с господством тропического воздуха. Наличие сухого сезона обусловливает развитие листопадных муссонных лесов и саванн. В составе флоры и фауны при индо-малайских доминантах появляются австралийские элементы.Для ландшафтов Филиппинских островов характерны субэкваториальные черты северного полушария с тем, однако, дополнением, что дующий в зимние месяцы с океана северо-восточный пассат при подъеме по склонам гор выделяет орографические дожди.